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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53223
タイトルThe structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bound to NFI consensus DNA sequence
マップデータ
試料
  • 複合体: Transcription factor NFI-X/DNA superhelical complex
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear factor 1 X-type
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードTranscription factor / DNA-binding domain / MH1-like domain / CCCH motif / Zinc ion binding site / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regeneration / glial cell fate specification / skeletal muscle satellite cell differentiation / epithelium development / osteoclast proliferation / atrioventricular canal morphogenesis / neuroblast migration / glial cell development / cerebellar granule cell differentiation / lateral ventricle development ...regeneration / glial cell fate specification / skeletal muscle satellite cell differentiation / epithelium development / osteoclast proliferation / atrioventricular canal morphogenesis / neuroblast migration / glial cell development / cerebellar granule cell differentiation / lateral ventricle development / cell proliferation in forebrain / neuron fate specification / neuroblast differentiation / collateral sprouting / ear development / cerebellar Purkinje cell layer development / cerebellar cortex morphogenesis / endochondral ossification / olfactory bulb development / tissue homeostasis / cellular response to BMP stimulus / forebrain radial glial cell differentiation / skeletal muscle tissue regeneration / exit from mitosis / camera-type eye development / astrocyte differentiation / brain morphogenesis / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / generation of neurons / stem cell population maintenance / spinal cord development / bone mineralization / forebrain development / oligodendrocyte differentiation / macrophage differentiation / social behavior / neuroblast proliferation / phagocytosis / glial cell proliferation / skeletal muscle tissue development / cell maturation / Rho protein signal transduction / neurogenesis / homeostasis of number of cells within a tissue / osteoclast differentiation / cerebellum development / skeletal system development / learning / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / brain development / cerebral cortex development / response to wounding / multicellular organism growth / memory / cell morphogenesis / neuron differentiation / retina development in camera-type eye / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / DNA replication / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
CTF transcription factor/nuclear factor 1 / CTF transcription factor/nuclear factor 1, N-terminal / CTF transcription factor/nuclear factor 1, conserved site / CTF/NF-I family transcription modulation region / Nuclear factor I protein pre-N-terminus / CTF/NF-I DNA-binding domain signature. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor 1 X-type
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Tiberi M / Nardini M / Chaves-Sanjuan A / Gourlay LJ / Bonnet DMV
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determinants of dimerization, activation and sequence-specific DNA binding by the transcription factor NFI-X: a prototype for the NFI family
著者: Tiberi M / Nardini M / Chaves-Sanjuan A / Gourlay LJ / Bonnet DMV
履歴
登録2025年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53223.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 355.6 Å		0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 355.6 Å		0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 355.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.889 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-1.8689255 - 3.4112422
平均 (標準偏差)0.0039982474 (±0.09866348)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 355.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53223_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_53223_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53223_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53223_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transcription factor NFI-X/DNA superhelical complex

全体名称: Transcription factor NFI-X/DNA superhelical complex
要素
  • 複合体: Transcription factor NFI-X/DNA superhelical complex
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear factor 1 X-type
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Transcription factor NFI-X/DNA superhelical complex

超分子名称: Transcription factor NFI-X/DNA superhelical complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 62.5 KDa

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分子 #1: Nuclear factor 1 X-type

分子名称: Nuclear factor 1 X-type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The first histidine belongs to the tag / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 21.329928 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HMPFIEALLP HVRAFSYTWF NLQARKRKYF KKHEKRMSKD EERAVKDELL GEKPEIKQKW ASRLLAKLRK DIRPEFREDF VLTITGKKP PCCVLSNPDQ KGKIRRIDCL RQADKVWRLD LVMVILFKGI PLESTDGERL YKSPQCSNPG LCVQPHHIGV T IKELDLYL AYFVHTPESG QSDS

UniProtKB: Nuclear factor 1 X-type

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分子 #2: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.547148 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA) (DA)(DA)

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分子 #3: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.520106 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DC)(DC)

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris-HCltris(hydroxymethyl)aminomethane
1.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1225 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 44.618 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 142.672 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 164794
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 201833 / ソフトウェア - 名称: RELION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qqd


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9qky:
The structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bound to NFI consensus DNA sequence

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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