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Structure paper

タイトルStructural basis of Nuclear Factor 1-X DNA recognition provides prototypic insight into the NFI family.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 10170, Year 2025
掲載日2025年11月19日
著者Michele Tiberi / Michela Lapi / Louise Jane Gourlay / Antonio Chaves-Sanjuan / Maurizio Polentarutti / Nicola Demitri / Miriam Cavinato / Diane Marie Valérie Bonnet / Valentina Taglietti / Anna Righetti / Rachele Sala / Silvia Cauteruccio / Amit Kumawat / Rosaria Russo / Alberto Giuseppe Barbiroli / Nerina Gnesutta / Carlo Camilloni / Martino Bolognesi / Graziella Messina / Marco Nardini /
PubMed 要旨Nuclear Factor I (NFI) proteins are involved in adenovirus DNA replication and regulate gene transcription, stem cell proliferation, and differentiation. They play key roles in development, cancer, ...Nuclear Factor I (NFI) proteins are involved in adenovirus DNA replication and regulate gene transcription, stem cell proliferation, and differentiation. They play key roles in development, cancer, and congenital disorders. Within the NFI family, NFI-X is critical for neural stem cell biology, hematopoiesis, muscle development, muscular dystrophies, and oncogenesis. Here, we present the structural characterization of the NFI transcription factor NFI-X, both alone and bound to its consensus palindromic DNA site. Our analyses reveal a MH1-like fold within NFI-X DNA-binding domain (DBD) and identify crucial structural determinants for activity, such as a Zn²⁺ binding site, dimeric assembly, and DNA-binding specificity. Given the ~85% sequence identity within the NFI DBDs, our structural data are prototypic for the entire family, a NFI Rosetta Stone that allows decoding a wealth of biochemical and functional data and provides a precise target for drug design in a wider disease context.
リンクNat Commun / PubMed:41261119 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度2.7 - 3.86 Å
構造データ

53223

9qky

EMDB-53223, PDB-9qky:
The structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bound to NFI consensus DNA sequence
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.86 Å

PDB-7qqd:
Nuclear factor one X - NFIX in P21
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription Factor / NFI / NFIX / NF-1 / TRANSCRIPTION / DNA-binding domain / MH1-like domain / CCCH motif / Zinc ion binding site

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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