+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5315 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structures of the RNA-guided surveillance complex from a bacterial immune system | |||||||||
マップデータ | reconstruction of the target-bound E. coli Cascade complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Cascade / bacterial immune system / CRISPR / RNA-guided / ribo-nucleoprotein / ssRNA | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wiedenheft B / Lander GC / Zhou K / Jore MM / Brouns SJJ / van der Oost J / Doudna JA / Nogales E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Structures of the RNA-guided surveillance complex from a bacterial immune system. 著者: Blake Wiedenheft / Gabriel C Lander / Kaihong Zhou / Matthijs M Jore / Stan J J Brouns / John van der Oost / Jennifer A Doudna / Eva Nogales / 要旨: Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating short fragments of foreign DNA into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs). These ...Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating short fragments of foreign DNA into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs). These repetitive loci maintain a genetic record of all prior encounters with foreign transgressors. CRISPRs are transcribed and the long primary transcript is processed into a library of short CRISPR-derived RNAs (crRNAs) that contain a unique sequence complementary to a foreign nucleic-acid challenger. In Escherichia coli, crRNAs are incorporated into a multisubunit surveillance complex called Cascade (CRISPR-associated complex for antiviral defence), which is required for protection against bacteriophages. Here we use cryo-electron microscopy to determine the subnanometre structures of Cascade before and after binding to a target sequence. These structures reveal a sea-horse-shaped architecture in which the crRNA is displayed along a helical arrangement of protein subunits that protect the crRNA from degradation while maintaining its availability for base pairing. Cascade engages invading nucleic acids through high-affinity base-pairing interactions near the 5' end of the crRNA. Base pairing extends along the crRNA, resulting in a series of short helical segments that trigger a concerted conformational change. This conformational rearrangement may serve as a signal that recruits a trans-acting nuclease (Cas3) for destruction of invading nucleic-acid sequences. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5315.map.gz | 10.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5315-v30.xml emd-5315.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5315_1.png | 153.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5315 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5315 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5315_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_5315_full_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5315_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5315 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5315 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5315.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | reconstruction of the target-bound E. coli Cascade complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E. coli Cascade complex bound to complementary RNA target
全体 | 名称: E. coli Cascade complex bound to complementary RNA target |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: E. coli Cascade complex bound to complementary RNA target
超分子 | 名称: E. coli Cascade complex bound to complementary RNA target タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: one asymmetric complex / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 415 KDa / 理論値: 415 KDa / 手法: Theoretical |
-超分子 #1: Cascade
超分子 | 名称: Cascade / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Cascade / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
Ref GO | 0: GO:0051607 |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 別称: Escherichia coli |
分子量 | 実験値: 405 KDa / 理論値: 405 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: RNA 詳細: ssRNA was incubated with the Cascade complex prior to gel filtration 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 実験値: 9.735 KDa / 理論値: 9.735 KDa |
配列 | 文字列: TGCCATAACA AGTCTAGGAC CGAACGGTTG TC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 1 mM TCEP |
グリッド | 詳細: 200 mesh Cu grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 78 K / 装置: OTHER 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. blotting at 4 degrees C 手法: 4 microliter aliquot of purified sample placed onto C-flat that had been glow-discharged in a nitrogen atmosphere for 60 sec using an Edwards Carbon Evaporator. The grids were blotted for 3 ...手法: 4 microliter aliquot of purified sample placed onto C-flat that had been glow-discharged in a nitrogen atmosphere for 60 sec using an Edwards Carbon Evaporator. The grids were blotted for 3 seconds using a blotting offset of -1. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
温度 | 最低: 78 K / 最高: 78 K / 平均: 78 K |
日付 | 2011年1月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) 実像数: 1406 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | From an initial set of 389166 automatically selected particles. Pre-processed with Appion. |
---|---|
CTF補正 | 詳細: whole micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 SPARX / 使用した粒子像数: 176090 |