[日本語] English
万見
- EMDB-53118: Cryo-EM reconstruction of the cofilactin filament core bound by AIP1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53118
タイトルCryo-EM reconstruction of the cofilactin filament core bound by AIP1
マップデータDeepEMhancer-postprocessed (Wide target) density map of the cofilactin filament core bound by AIP1
試料
  • 複合体: Cofilactin filament core bound by AIP1
    • 複合体: Actin filament
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic beta actin
    • 複合体: Cofilin-1
      • タンパク質・ペプチド: Cofilin-1
    • 複合体: AIP1
      • タンパク質・ペプチド: AIP1
キーワードactin / cofilin / filament / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.62 Å
データ登録者Oosterheert W / Boiero Sanders M / Hofnagel O / Bieling P / Raunser S
資金援助 ドイツ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG)BI 1998/2-1 ドイツ
European Research Council (ERC)856118European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Choreography of rapid actin filament disassembly by coronin, cofilin and AIP1
著者: Oosterheert W / Boiero Sanders M / Hofnagel O / Bieling P / Raunser S
履歴
登録2025年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_53118.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer-postprocessed (Wide target) density map of the cofilactin filament core bound by AIP1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 448 pix.
= 304.64 Å		0.68 Å/pix.
x 448 pix.
= 304.64 Å		0.68 Å/pix.
x 448 pix.
= 304.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.215
最小 - 最大-0.0002571995 - 1.8371168
平均 (標準偏差)0.007821338 (±0.06534396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 304.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_53118_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Additional sharpened map of the cofilactin filament core...

ファイルemd_53118_additional_1.map
注釈Additional sharpened map of the cofilactin filament core bound by AIP1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Additional unsharpened map of the cofilactin filament core...

ファイルemd_53118_additional_2.map
注釈Additional unsharpened map of the cofilactin filament core bound by AIP1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A of the cofilactin filament core bound by AIP1

ファイルemd_53118_half_map_1.map
注釈Half map A of the cofilactin filament core bound by AIP1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B of the cofilactin filament core bound by AIP1

ファイルemd_53118_half_map_2.map
注釈Half map B of the cofilactin filament core bound by AIP1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cofilactin filament core bound by AIP1

全体名称: Cofilactin filament core bound by AIP1
要素
  • 複合体: Cofilactin filament core bound by AIP1
    • 複合体: Actin filament
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic beta actin
    • 複合体: Cofilin-1
      • タンパク質・ペプチド: Cofilin-1
    • 複合体: AIP1
      • タンパク質・ペプチド: AIP1

-
超分子 #1: Cofilactin filament core bound by AIP1

超分子名称: Cofilactin filament core bound by AIP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cofilin-1 and AIP1 bound to the actin filament
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: Actin filament

超分子名称: Actin filament / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: Cofilin-1

超分子名称: Cofilin-1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #4: AIP1

超分子名称: AIP1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Cytoplasmic beta actin

分子名称: Cytoplasmic beta actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVTNWDD MEKIWHHTFY NELRVAPEEH PVLLTEAPLN PKANREKMTQ IMFETFNTPA MYVAIQAVLS LYASGRTTGI VMDSGDGVTH ...文字列:
DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVTNWDD MEKIWHHTFY NELRVAPEEH PVLLTEAPLN PKANREKMTQ IMFETFNTPA MYVAIQAVLS LYASGRTTGI VMDSGDGVTH TVPIYEGYAL PHAILRLDLA GRDLTDYLMK ILTERGYSFT TTAEREIVRD IKEKLCYVAL DFEQEMATAA SSSSLEKSYE LPDGQVITIG NERFRCPEAL FQPSFLGMES AGIHETTFNS IMKCDVDIRK DLYANTVLSG GTTMYPGIAD RMQKEITALA PSTMKIKIIA PPERKYSVWI GGSILASLST FQQMWISKQE YDESGPSIVH RKCF

-
分子 #2: Cofilin-1

分子名称: Cofilin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MASGVAVSDG VIKVFNDMKV RKSSTPEEVK KRKKAVLFCL SEDKKNIILE EGKEILVGDV GQTVDDPYAT FVKMLPDKDC RYALYDATYE TKESKKEDLV FIFWAPESAP LKSKMIYASS KDAIKKKLTG IKHELQANCY EEVKDRCTLA EKLGGSAVIS LEGKPL

-
分子 #3: AIP1

分子名称: AIP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAMGSMPYEI KKVFASLPQV ERGVSKIIGG DPKGNNFLYT NGKCVILRNI DNPALADIYT EHAHQVVVAK YAPSGFYIAS GDVSGKLRIW DTTQKEHLLK YEYQPFAGKI KDIAWTEDSK RIAVVGEGRE KFGAVFLWDS GSSVGEITGH NKVINSVDIK QSRPYRLATG ...文字列:
GAMGSMPYEI KKVFASLPQV ERGVSKIIGG DPKGNNFLYT NGKCVILRNI DNPALADIYT EHAHQVVVAK YAPSGFYIAS GDVSGKLRIW DTTQKEHLLK YEYQPFAGKI KDIAWTEDSK RIAVVGEGRE KFGAVFLWDS GSSVGEITGH NKVINSVDIK QSRPYRLATG SDDNCAAFFE GPPFKFKFTI GDHSRFVNCV RFSPDGNRFA TASADGQIYI YDGKTGEKVC ALGGSKAHDG GIYAISWSPD STHLLSASGD KTSKIWDVSV NSVVSTFPMG STVLDQQLGC LWQKDHLLSV SLSGYINYLD RNNPSKPLHV IKGHSKSIQC LTVHKNGGKS YIYSGSHDGH INYWDSETGE NDSFAGKGHT NQVSRMTVDE SGQLISCSMD DTVRYTSLML RDYSGQGVVK LDVQPKCVAV GPGGYAVVVC IGQIVLLKDQ RKCFSIDNPG YEPEVVAVHP GGDTVAIGGV DGNVRLYSIL GTTLKDEGKL LEAKGPVTDV AYSHDGAFLA VCDASKVVTV FSVADGYSEN NVFYGHHAKI VCLAWSPDNE HFASGGMDMM VYVWTLSDPE TRVKIQDAHR LHHVSSLAWL DEHTLVTTSH DASVKEWTIT YGTGGGGSGG GGSMDKDCEM KRTTLDSPLG KLELSGCEQG LHEIKLLGKG TSAADAVEVP APAAVLGGPE PLMQATAWLN AYFHQPEAIE EFPVPALHHP VFQQESFTRQ VLWKLLKVVK FGEVISYQQL AALAGNPAAT AAVKTALSGN PVPILIPCHR VVSSSGAVGG YEGGLAVKEW LLAHEGHRLG KPGLG

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7.1
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMpotassium chlorideKCl
2.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMEGTA
0.5 mMTCEP
0.015 % (v/v)Tween

詳細: 1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.015% Tween)
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: 300 kV Titan Krios G2 microscope (Thermo Fisher Scientific) equipped with an in-column Cs corrector
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 23082 / 平均電子線量: 71.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 8428096
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vao

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 使用した粒子像数: 3643
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6vao


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The final model refinement was performed using Phenix real space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る