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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) | |||||||||||||||
![]() | Main, unsharpened cryo-EM density map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) | |||||||||||||||
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![]() | actin / coronin / cofilin / filament / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() actin filament branching / MGMT-mediated DNA damage reversal / cellular response to ether / cofilin-actin rod / positive regulation of protein localization to cell leading edge / positive regulation of establishment of cell polarity regulating cell shape / negative regulation of unidimensional cell growth / positive regulation of barbed-end actin filament capping / neural fold formation / negative regulation of lamellipodium assembly ...actin filament branching / MGMT-mediated DNA damage reversal / cellular response to ether / cofilin-actin rod / positive regulation of protein localization to cell leading edge / positive regulation of establishment of cell polarity regulating cell shape / negative regulation of unidimensional cell growth / positive regulation of barbed-end actin filament capping / neural fold formation / negative regulation of lamellipodium assembly / protein localization to cell leading edge / negative regulation of postsynaptic density organization / actin filament fragmentation / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / Arp2/3 complex binding / positive regulation of actin filament depolymerization / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of embryonic development / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / positive regulation of synaptic plasticity / endothelial cell chemotaxis / negative regulation of actin filament depolymerization / bBAF complex / cellular response to cytochalasin B / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / actin filament severing / regulation of transepithelial transport / Formation of annular gap junctions / morphogenesis of a polarized epithelium / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / GBAF complex / Gap junction degradation / regulation of G0 to G1 transition / Folding of actin by CCT/TriC / Cell-extracellular matrix interactions / regulation of dendritic spine morphogenesis / protein localization to adherens junction / establishment of spindle localization / host-mediated activation of viral process / actin filament depolymerization / dense body / cell projection organization / postsynaptic actin cytoskeleton / Tat protein binding / ruffle organization / negative regulation of cell adhesion / negative regulation of cell motility / DNA alkylation repair / RHO GTPases Activate ROCKs / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / negative regulation of cell size / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / cellular response to interleukin-6 / regulation of cell morphogenesis / Adherens junctions interactions / negative regulation of dendritic spine maintenance / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / apical protein localization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / neural crest cell migration / Interaction between L1 and Ankyrins / tight junction / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of cell motility / positive regulation of T cell differentiation / apical junction complex / cortical actin cytoskeleton / phosphatidylinositol bisphosphate binding / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of double-strand break repair / transporter regulator activity / maintenance of blood-brain barrier / establishment of cell polarity / nitric-oxide synthase binding / positive regulation of dendritic spine development / cortical cytoskeleton / establishment or maintenance of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of stem cell population maintenance / cell leading edge / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Recycling pathway of L1 / brush border / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å | |||||||||||||||
![]() | Oosterheert W / Boiero Sanders M / Hofnagel O / Bieling P / Raunser S | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Choreography of rapid actin filament disassembly by coronin, cofilin and AIP1 著者: Oosterheert W / Boiero Sanders M / Hofnagel O / Bieling P / Raunser S | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 407.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 29 KB 29 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 20 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 824 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 778 MB 765.5 MB 765.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9qfkMC ![]() 9qewC ![]() 9qeyC ![]() 9qf2C ![]() 9qfbC ![]() 9qfdC ![]() 9qfeC ![]() 9qfgC ![]() 9qfjC ![]() 9qfoC ![]() 9qfqC ![]() 9qfwC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main, unsharpened cryo-EM density map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Additional sharpened map of the Coronin-1B-decorated actin filament...
ファイル | emd_53114_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional sharpened map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of the Coronin-1B-decorated actin filament...
ファイル | emd_53114_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of the Coronin-1B-decorated actin filament...
ファイル | emd_53114_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament boun...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament boun...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Actin filament
超分子 | 名称: Actin filament / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: Assembled as a double stranded helix of beta-actin subunits. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Coronin-1B
超分子 | 名称: Coronin-1B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #4: Cofilin-1
超分子 | 名称: Cofilin-1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
分子 | 名称: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41.632422 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVT NWD DMEKIWHHTF YNELRVAPEE HPVLLTEAPL NPKANREKMT QIMFETFNTP AMYVAIQAVL SLYASGRTTG IVMDSGD GV ...文字列: DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVT NWD DMEKIWHHTF YNELRVAPEE HPVLLTEAPL NPKANREKMT QIMFETFNTP AMYVAIQAVL SLYASGRTTG IVMDSGD GV THTVPIYEGY ALPHAILRLD LAGRDLTDYL MKILTERGYS FTTTAEREIV RDIKEKLCYV ALDFEQEMAT AASSSSLE K SYELPDGQVI TIGNERFRCP EALFQPSFLG MESAGIHETT FNSIMKCDVD IRKDLYANTV LSGGTTMYPG IADRMQKEI TALAPSTMKI KIIAPPERKY SVWIGGSILA SLSTFQQMWI SKQEYDESGP SIVHRKCF UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1 |
-分子 #2: Coronin-1B,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
分子 | 名称: Coronin-1B,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 74.788086 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GAMGSMSFRK VVRQSKFRHV FGQPVKNDQC YEDIRVSRVT WDSTFCAVNP KFLAVIVEAS GGGAFLVLPL SKTGRIDKAY PTVCGHTGP VLDIDWCPHN DEVIASGSED CTVMVWQIPE NGLTSPLTEP VVVLEGHTKR VGIIAWHPTA RNVLLSAGCD N VVLIWNVG ...文字列: GAMGSMSFRK VVRQSKFRHV FGQPVKNDQC YEDIRVSRVT WDSTFCAVNP KFLAVIVEAS GGGAFLVLPL SKTGRIDKAY PTVCGHTGP VLDIDWCPHN DEVIASGSED CTVMVWQIPE NGLTSPLTEP VVVLEGHTKR VGIIAWHPTA RNVLLSAGCD N VVLIWNVG TAEELYRLDS LHPDLIYNVS WNHNGSLFCS ACKDKSVRII DPRRGTLVAE REKAHEGARP MRAIFLADGK VF TTGFSRM SERQLALWDP ENLEEPMALQ ELDSSNGALL PFYDPDTSVV YVCGKGDSSI RYFEITEEPP YIHFLNTFTS KEP QRGMGS MPKRGLEVSK CEIARFYKLH ERKCEPIVMT VPRKSDLFQD DLYPDTAGPE AALEAEEWVS GRDADPILIS LREA YVPSK QRDLKISRRN VLSDSRPAMA PGSSHLGAPA STTTAADATP SGSLARAGEA GKLEEVMQEL RALRALVKEQ GDRIC RLEE QLGRMENGDA GTGGGGSGGG GSMDKDCEMK RTTLDSPLGK LELSGCEQGL HEIKLLGKGT SAADAVEVPA PAAVLG GPE PLMQATAWLN AYFHQPEAIE EFPVPALHHP VFQQESFTRQ VLWKLLKVVK FGEVISYQQL AALAGNPAAT AAVKTAL SG NPVPILIPCH RVVSSSGAVG GYEGGLAVKE WLLAHEGHRL GKPGLG UniProtKB: Coronin-1B, Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase |
-分子 #3: Cofilin-1
分子 | 名称: Cofilin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Cofilin-1 with disordered N-terminus / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.532531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASGVAVSDG VIKVFNDMKV RKSSTPEEVK KRKKAVLFCL SEDKKNIILE EGKEILVGDV GQTVDDPYAT FVKMLPDKDC RYALYDATY ETKESKKEDL VFIFWAPESA PLKSKMIYAS SKDAIKKKLT GIKHELQANC YEEVKDRCTL AEKLGGSAVI S LEGKPL UniProtKB: Cofilin-1 |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.1 構成要素:
詳細: 1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). | |||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: The used Titan Krios G2 microscope contains an in-column Cs corrector. エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22906 / 平均電子線量: 62.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |