[日本語] English
万見
- EMDB-53114: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament boun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53114
タイトルCryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
マップデータMain, unsharpened cryo-EM density map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
    • 複合体: Actin filament
      • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
    • 複合体: Coronin-1B
      • タンパク質・ペプチド: Coronin-1B,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
    • 複合体: Cofilin-1
      • タンパク質・ペプチド: Cofilin-1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードactin / coronin / cofilin / filament / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament branching / MGMT-mediated DNA damage reversal / cellular response to ether / cofilin-actin rod / positive regulation of protein localization to cell leading edge / positive regulation of establishment of cell polarity regulating cell shape / negative regulation of unidimensional cell growth / positive regulation of barbed-end actin filament capping / neural fold formation / negative regulation of lamellipodium assembly ...actin filament branching / MGMT-mediated DNA damage reversal / cellular response to ether / cofilin-actin rod / positive regulation of protein localization to cell leading edge / positive regulation of establishment of cell polarity regulating cell shape / negative regulation of unidimensional cell growth / positive regulation of barbed-end actin filament capping / neural fold formation / negative regulation of lamellipodium assembly / negative regulation of postsynaptic density organization / protein localization to cell leading edge / actin filament fragmentation / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / Arp2/3 complex binding / positive regulation of actin filament depolymerization / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / positive regulation of embryonic development / positive regulation of norepinephrine uptake / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / positive regulation of synaptic plasticity / endothelial cell chemotaxis / negative regulation of actin filament depolymerization / cellular response to cytochalasin B / bBAF complex / npBAF complex / actin filament severing / nBAF complex / brahma complex / regulation of transepithelial transport / Formation of annular gap junctions / morphogenesis of a polarized epithelium / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / Gap junction degradation / GBAF complex / Folding of actin by CCT/TriC / protein localization to adherens junction / establishment of spindle localization / regulation of G0 to G1 transition / regulation of dendritic spine morphogenesis / Cell-extracellular matrix interactions / host-mediated activation of viral process / actin filament depolymerization / dense body / Tat protein binding / cell projection organization / ruffle organization / postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of cell adhesion / DNA alkylation repair / negative regulation of cell motility / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of cell size / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / cellular response to interleukin-6 / regulation of cell morphogenesis / Adherens junctions interactions / RHOF GTPase cycle / negative regulation of dendritic spine maintenance / adherens junction assembly / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / apical protein localization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / neural crest cell migration / Interaction between L1 and Ankyrins / tight junction / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of cell motility / positive regulation of T cell differentiation / cortical actin cytoskeleton / apical junction complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of double-strand break repair / maintenance of blood-brain barrier / regulation of norepinephrine uptake / nitric-oxide synthase binding / transporter regulator activity / establishment of cell polarity / positive regulation of dendritic spine development / cortical cytoskeleton / NuA4 histone acetyltransferase complex / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of stem cell population maintenance / cell leading edge / Recycling pathway of L1 / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / brush border / mitotic cytokinesis
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / ADF/Cofilin / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily ...Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / ADF/Cofilin / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Cofilin-1 / Actin, cytoplasmic 1 / Coronin-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Oosterheert W / Boiero Sanders M / Hofnagel O / Bieling P / Raunser S
資金援助 ドイツ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG)BI 1998/2-1 ドイツ
European Research Council (ERC)856118European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Choreography of rapid actin filament disassembly by coronin, cofilin, and AIP1.
著者: Wout Oosterheert / Micaela Boiero Sanders / Oliver Hofnagel / Peter Bieling / Stefan Raunser /
要旨: Rapid remodeling of actin filament (F-actin) networks is essential for the movement and morphogenesis of eukaryotic cells. The conserved actin-binding proteins coronin, cofilin, and actin-interacting ...Rapid remodeling of actin filament (F-actin) networks is essential for the movement and morphogenesis of eukaryotic cells. The conserved actin-binding proteins coronin, cofilin, and actin-interacting protein 1 (AIP1) act in synergy to promote rapid F-actin network disassembly, but the underlying mechanisms have remained elusive. Here, using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we uncover the concerted molecular actions of coronin, cofilin, and AIP1 that lead to actin filament aging and severing. We find that the cooperative binding of coronin allosterically promotes inorganic phosphate release from F-actin and induces filament undertwisting, thereby priming the filament for cofilin binding. Cofilin then displaces coronin from the filament via a strand-restricted cooperative binding mechanism. The resulting cofilactin serves as a high-affinity platform for AIP1, which induces severing by acting as a clamp that disrupts inter-subunit filament contacts. In this "molecular squeezing" mechanism, AIP1 and not cofilin is responsible for filament severing. Our work redefines the role of key disassembly factors in actin dynamics.
履歴
登録2025年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_53114.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main, unsharpened cryo-EM density map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 600 pix.
= 408. Å		0.68 Å/pix.
x 600 pix.
= 408. Å		0.68 Å/pix.
x 600 pix.
= 408. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.175
最小 - 最大-0.15111166 - 0.5485468
平均 (標準偏差)0.0016606597 (±0.029497266)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_53114_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Additional sharpened map of the Coronin-1B-decorated actin filament...

ファイルemd_53114_additional_1.map
注釈Additional sharpened map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B of the Coronin-1B-decorated actin filament...

ファイルemd_53114_half_map_1.map
注釈Half map B of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A of the Coronin-1B-decorated actin filament...

ファイルemd_53114_half_map_2.map
注釈Half map A of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament boun...

全体名称: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
    • 複合体: Actin filament
      • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
    • 複合体: Coronin-1B
      • タンパク質・ペプチド: Coronin-1B,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
    • 複合体: Cofilin-1
      • タンパク質・ペプチド: Cofilin-1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament boun...

超分子名称: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: Actin filament

超分子名称: Actin filament / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Assembled as a double stranded helix of beta-actin subunits.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: Coronin-1B

超分子名称: Coronin-1B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #4: Cofilin-1

超分子名称: Cofilin-1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed

分子名称: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.632422 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVT NWD DMEKIWHHTF YNELRVAPEE HPVLLTEAPL NPKANREKMT QIMFETFNTP AMYVAIQAVL SLYASGRTTG IVMDSGD GV ...文字列:
DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVT NWD DMEKIWHHTF YNELRVAPEE HPVLLTEAPL NPKANREKMT QIMFETFNTP AMYVAIQAVL SLYASGRTTG IVMDSGD GV THTVPIYEGY ALPHAILRLD LAGRDLTDYL MKILTERGYS FTTTAEREIV RDIKEKLCYV ALDFEQEMAT AASSSSLE K SYELPDGQVI TIGNERFRCP EALFQPSFLG MESAGIHETT FNSIMKCDVD IRKDLYANTV LSGGTTMYPG IADRMQKEI TALAPSTMKI KIIAPPERKY SVWIGGSILA SLSTFQQMWI SKQEYDESGP SIVHRKCF

UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1

-
分子 #2: Coronin-1B,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

分子名称: Coronin-1B,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.788086 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAMGSMSFRK VVRQSKFRHV FGQPVKNDQC YEDIRVSRVT WDSTFCAVNP KFLAVIVEAS GGGAFLVLPL SKTGRIDKAY PTVCGHTGP VLDIDWCPHN DEVIASGSED CTVMVWQIPE NGLTSPLTEP VVVLEGHTKR VGIIAWHPTA RNVLLSAGCD N VVLIWNVG ...文字列:
GAMGSMSFRK VVRQSKFRHV FGQPVKNDQC YEDIRVSRVT WDSTFCAVNP KFLAVIVEAS GGGAFLVLPL SKTGRIDKAY PTVCGHTGP VLDIDWCPHN DEVIASGSED CTVMVWQIPE NGLTSPLTEP VVVLEGHTKR VGIIAWHPTA RNVLLSAGCD N VVLIWNVG TAEELYRLDS LHPDLIYNVS WNHNGSLFCS ACKDKSVRII DPRRGTLVAE REKAHEGARP MRAIFLADGK VF TTGFSRM SERQLALWDP ENLEEPMALQ ELDSSNGALL PFYDPDTSVV YVCGKGDSSI RYFEITEEPP YIHFLNTFTS KEP QRGMGS MPKRGLEVSK CEIARFYKLH ERKCEPIVMT VPRKSDLFQD DLYPDTAGPE AALEAEEWVS GRDADPILIS LREA YVPSK QRDLKISRRN VLSDSRPAMA PGSSHLGAPA STTTAADATP SGSLARAGEA GKLEEVMQEL RALRALVKEQ GDRIC RLEE QLGRMENGDA GTGGGGSGGG GSMDKDCEMK RTTLDSPLGK LELSGCEQGL HEIKLLGKGT SAADAVEVPA PAAVLG GPE PLMQATAWLN AYFHQPEAIE EFPVPALHHP VFQQESFTRQ VLWKLLKVVK FGEVISYQQL AALAGNPAAT AAVKTAL SG NPVPILIPCH RVVSSSGAVG GYEGGLAVKE WLLAHEGHRL GKPGLG

UniProtKB: Coronin-1B, Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

-
分子 #3: Cofilin-1

分子名称: Cofilin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Cofilin-1 with disordered N-terminus / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.532531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MASGVAVSDG VIKVFNDMKV RKSSTPEEVK KRKKAVLFCL SEDKKNIILE EGKEILVGDV GQTVDDPYAT FVKMLPDKDC RYALYDATY ETKESKKEDL VFIFWAPESA PLKSKMIYAS SKDAIKKKLT GIKHELQANC YEEVKDRCTL AEKLGGSAVI S LEGKPL

UniProtKB: Cofilin-1

-
分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7.1
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMpotassium chlorideKCl
2.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMEGTA
0.5 mMTCEP
0.02 % (v/v)Tween20

詳細: 1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20).
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: The used Titan Krios G2 microscope contains an in-column Cs corrector.
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22906 / 平均電子線量: 62.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 8030748
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

53105

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 使用した粒子像数: 9374
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9qfb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Phenix real space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9qfk:
Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る