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万見
- EMDB-53111: Cryo-EM reconstruction of the Coronin-1B-decorated actin filament... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53111
タイトルCryo-EM reconstruction of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
マップデータMain, unsharpened cryo-EM density map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
    • 複合体: Actin filament
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic beta actin
    • 複合体: Coronin-1B
      • タンパク質・ペプチド: Coronin-1B
    • 複合体: Cofilin-1
      • タンパク質・ペプチド: Cofilin-1
キーワードactin / coronin / cofilin / filament / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å
データ登録者Oosterheert W / Boiero Sanders M / Hofnagel O / Bieling P / Raunser S
資金援助 ドイツ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG)BI 1998/2-1 ドイツ
European Research Council (ERC)856118European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Choreography of rapid actin filament disassembly by coronin, cofilin and AIP1
著者: Oosterheert W / Boiero Sanders M / Hofnagel O / Bieling P / Raunser S
履歴
登録2025年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main, unsharpened cryo-EM density map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 600 pix.
= 408. Å		0.68 Å/pix.
x 600 pix.
= 408. Å		0.68 Å/pix.
x 600 pix.
= 408. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.145
最小 - 最大-0.10810867 - 0.47198388
平均 (標準偏差)0.0016916585 (±0.027568147)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53111_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Additional sharpened map of the Coronin-1B-decorated actin filament...

ファイルemd_53111_additional_1.map
注釈Additional sharpened map of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the Coronin-1B-decorated actin filament...

ファイルemd_53111_half_map_1.map
注釈Half map B of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of the Coronin-1B-decorated actin filament...

ファイルemd_53111_half_map_2.map
注釈Half map A of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament boun...

全体名称: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
    • 複合体: Actin filament
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic beta actin
    • 複合体: Coronin-1B
      • タンパク質・ペプチド: Coronin-1B
    • 複合体: Cofilin-1
      • タンパク質・ペプチド: Cofilin-1

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament boun...

超分子名称: Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by two Cofilin-1 molecules (crosslinked)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Actin filament

超分子名称: Actin filament / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Assembled as a double stranded helix of beta-actin subunits.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Coronin-1B

超分子名称: Coronin-1B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Cofilin-1

超分子名称: Cofilin-1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cytoplasmic beta actin

分子名称: Cytoplasmic beta actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVTNWDD MEKIWHHTFY NELRVAPEEH PVLLTEAPLN PKANREKMTQ IMFETFNTPA MYVAIQAVLS LYASGRTTGI VMDSGDGVTH ...文字列:
DDDIAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRHQ GVMVGMGQKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI E(HIC)GIVTNWDD MEKIWHHTFY NELRVAPEEH PVLLTEAPLN PKANREKMTQ IMFETFNTPA MYVAIQAVLS LYASGRTTGI VMDSGDGVTH TVPIYEGYAL PHAILRLDLA GRDLTDYLMK ILTERGYSFT TTAEREIVRD IKEKLCYVAL DFEQEMATAA SSSSLEKSYE LPDGQVITIG NERFRCPEAL FQPSFLGMES AGIHETTFNS IMKCDVDIRK DLYANTVLSG GTTMYPGIAD RMQKEITALA PSTMKIKIIA PPERKYSVWI GGSILASLST FQQMWISKQE YDESGPSIVH RKCF

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分子 #2: Coronin-1B

分子名称: Coronin-1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Coronin-1B with C-terminal SNAP-tag. / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAMGSMSFRK VVRQSKFRHV FGQPVKNDQC YEDIRVSRVT WDSTFCAVNP KFLAVIVEAS GGGAFLVLPL SKTGRIDKAY PTVCGHTGPV LDIDWCPHND EVIASGSEDC TVMVWQIPEN GLTSPLTEPV VVLEGHTKRV GIIAWHPTAR NVLLSAGCDN VVLIWNVGTA ...文字列:
GAMGSMSFRK VVRQSKFRHV FGQPVKNDQC YEDIRVSRVT WDSTFCAVNP KFLAVIVEAS GGGAFLVLPL SKTGRIDKAY PTVCGHTGPV LDIDWCPHND EVIASGSEDC TVMVWQIPEN GLTSPLTEPV VVLEGHTKRV GIIAWHPTAR NVLLSAGCDN VVLIWNVGTA EELYRLDSLH PDLIYNVSWN HNGSLFCSAC KDKSVRIIDP RRGTLVAERE KAHEGARPMR AIFLADGKVF TTGFSRMSER QLALWDPENL EEPMALQELD SSNGALLPFY DPDTSVVYVC GKGDSSIRYF EITEEPPYIH FLNTFTSKEP QRGMGSMPKR GLEVSKCEIA RFYKLHERKC EPIVMTVPRK SDLFQDDLYP DTAGPEAALE AEEWVSGRDA DPILISLREA YVPSKQRDLK ISRRNVLSDS RPAMAPGSSH LGAPASTTTA ADATPSGSLA RAGEAGKLEE VMQELRALRA LVKEQGDRIC RLEEQLGRME NGDAGTGGGG SGGGGSMDKD CEMKRTTLDS PLGKLELSGC EQGLHEIKLL GKGTSAADAV EVPAPAAVLG GPEPLMQATA WLNAYFHQPE AIEEFPVPAL HHPVFQQESF TRQVLWKLLK VVKFGEVISY QQLAALAGNP AATAAVKTAL SGNPVPILIP CHRVVSSSGA VGGYEGGLAV KEWLLAHEGH RLGKPGLG

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分子 #3: Cofilin-1

分子名称: Cofilin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Cofilin-1 purified from E. Coli. / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MASGVAVSDG VIKVFNDMKV RKSSTPEEVK KRKKAVLFCL SEDKKNIILE EGKEILVGDV GQTVDDPYAT FVKMLPDKDC RYALYDATYE TKESKKEDLV FIFWAPESAP LKSKMIYASS KDAIKKKLTG IKHELQANCY EEVKDRCTLA EKLGGSAVIS LEGKPL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.1
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMpotassium chlorideKCl
2.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMEGTA
0.5 mMTCEP
0.02 % (v/v)Tween20

詳細: 1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20).
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: The used Titan Krios G2 microscope contains an in-column Cs corrector.
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22906 / 平均電子線量: 62.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8030748
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

53105

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 使用した粒子像数: 4245
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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