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万見
- EMDB-5307: Three-dimensional cryo-electron microscopy density map of the 70S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5307
タイトルThree-dimensional cryo-electron microscopy density map of the 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis
マップデータReconstruction of 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis
試料
  • 試料: 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis
  • 複合体: 70S ribosome with P-site tRNA
キーワードcryoEM / prokaryotic / ribosome / 3D-structure
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Shasmal M / Sengupta J
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2012
タイトル: Structural diversity in bacterial ribosomes: mycobacterial 70S ribosome structure reveals novel features.
著者: Manidip Shasmal / Jayati Sengupta /
要旨: Here we present analysis of a 3D cryo-EM map of the 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis, a saprophytic cousin of the etiological agent of tuberculosis in humans, Mycobacterium tuberculosis. In ...Here we present analysis of a 3D cryo-EM map of the 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis, a saprophytic cousin of the etiological agent of tuberculosis in humans, Mycobacterium tuberculosis. In comparison with the 3D structures of other prokaryotic ribosomes, the density map of the M. smegmatis 70S ribosome reveals unique structural features and their relative orientations in the ribosome. Dramatic changes in the periphery due to additional rRNA segments and extra domains of some of the peripheral ribosomal proteins like S3, S5, S16, L17, L25, are evident. One of the most notable features appears in the large subunit near L1 stalk as a long helical structure next to helix 54 of the 23S rRNA. The sharp upper end of this structure is located in the vicinity of the mRNA exit channel. Although the M. smegmatis 70S ribosome possesses conserved core structure of bacterial ribosome, the new structural features, unveiled in this study, demonstrates diversity in the 3D architecture of bacterial ribosomes. We postulate that the prominent helical structure related to the 23S rRNA actively participates in the mechanisms of translation in mycobacteria.
履歴
登録2011年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月27日-
マップ公開2012年6月4日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 38
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 38
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5307_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 215 pix.
= 363.35 Å		1.69 Å/pix.
x 215 pix.
= 363.35 Å		1.69 Å/pix.
x 215 pix.
= 363.35 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 38.0 / ムービー #1: 38
最小 - 最大-151.530227660000008 - 292.594116209999981
平均 (標準偏差)4.70615911 (±27.37070847)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-106-106-106
サイズ215215215
Spacing215215215
セルA=B=C: 363.35 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z215215215
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z363.350363.350363.350
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-106-106-106
NC/NR/NS215215215
D min/max/mean-151.530292.5944.706

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis

全体名称: 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis
要素
  • 試料: 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis
  • 複合体: 70S ribosome with P-site tRNA

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超分子 #1000: 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis

超分子名称: 70S ribosome from Mycobacterium smegmatis / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: 70S ribosome with P-site tRNA

超分子名称: 70S ribosome with P-site tRNA / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 2.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 30 mM ammonium chloride, 5 mM 2-mercaptoethanol
グリッド詳細: Holey grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 94 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Cryo plunger. Rapid-freezing in liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2010年11月2日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 269 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 88466 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 89000
試料ステージ試料ホルダー: Cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correction of 3D map
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2i2u
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: PyMol
詳細Manual fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2i2v
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: PyMol
詳細Manual fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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