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- EMDB-52723: Human microtubule triplet in centrosomes of HeLa cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52723
タイトルHuman microtubule triplet in centrosomes of HeLa cells
マップデータSubtomogram average of microtubule triplet in human centrosomes of HeLa cells (consensus refinement)
試料
  • 細胞: Microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells
キーワードcentrosome / microtubule nucleation / microtubule triplet / centriole / cell cycle / cytoskeleton / tubulin
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.5 Å
データ登録者Hofer FW / Pfeffer S
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)DFG Schi 295/4-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG SCHI 295/11-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/1-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023
タイトル: ELI trifocal microscope: a precise system to prepare target cryo-lamellae for in situ cryo-ET study.
著者: Shuoguo Li / Ziyan Wang / Xing Jia / Tongxin Niu / Jianguo Zhang / Guoliang Yin / Xiaoyun Zhang / Yun Zhu / Gang Ji / Fei Sun /
要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) has become a powerful approach to study the high-resolution structure of cellular macromolecular machines in situ. However, the current correlative cryo- ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) has become a powerful approach to study the high-resolution structure of cellular macromolecular machines in situ. However, the current correlative cryo-fluorescence and electron microscopy lacks sufficient accuracy and efficiency to precisely prepare cryo-lamellae of target locations for subsequent cryo-ET. Here we describe a precise cryogenic fabrication system, ELI-TriScope, which sets electron (E), light (L) and ion (I) beams at the same focal point to achieve accurate and efficient preparation of a target cryo-lamella. ELI-TriScope uses a commercial dual-beam scanning electron microscope modified to incorporate a cryo-holder-based transfer system and embed an optical imaging system just underneath the vitrified specimen. Cryo-focused ion beam milling can be accurately navigated by monitoring the real-time fluorescence signal of the target molecule. Using ELI-TriScope, we prepared a batch of cryo-lamellae of HeLa cells targeting the centrosome with a success rate of ~91% and discovered new in situ structural features of the human centrosome by cryo-ET.
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52723.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52723.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of microtubule triplet in human centrosomes of HeLa cells (consensus refinement)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.59 Å/pix.
x 128 pix.
= 1099.93 Å		8.59 Å/pix.
x 128 pix.
= 1099.93 Å		8.59 Å/pix.
x 128 pix.
= 1099.93 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.5932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.048
最小 - 最大-0.91579497 - 1.8266711
平均 (標準偏差)0.04379249 (±0.3422255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 1099.9296 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Subtomogram average of proximal region microtubule triplets in...

ファイルemd_52723_additional_1.map
注釈Subtomogram average of proximal region microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells (subclass)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram average of distal region microtubule triplets in...

ファイルemd_52723_additional_2.map
注釈Subtomogram average of distal region microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells (subclass)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram average of central region microtubule triplets in...

ファイルemd_52723_additional_3.map
注釈Subtomogram average of central region microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells (subclass)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map for subtomogram average of microtubule triplet...

ファイルemd_52723_half_map_1.map
注釈Half map for subtomogram average of microtubule triplet in human centrosomes of HeLa cells (consensus refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map for subtomogram average of microtubule triplet...

ファイルemd_52723_half_map_2.map
注釈Half map for subtomogram average of microtubule triplet in human centrosomes of HeLa cells (consensus refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells

全体名称: Microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells
要素
  • 細胞: Microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells

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超分子 #1: Microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells

超分子名称: Microtubule triplets in human centrosomes of HeLa cells
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Obtained from EMPIARC-200003 dataset of human centrosomes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用したサブトモグラム数: 2040
抽出トモグラム数: 12 / 使用した粒子像数: 2040
ソフトウェア: (名称: PyTom (ver. 0.971), Warp (ver. 1.09))
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Subclassification for microtubule triplet topologies
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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