+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5251 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | sindbis virion | |||||||||
マップデータ | sindbis virion | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | alphavirus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 icosahedral viral capsid, spike / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / membrane fusion / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...icosahedral viral capsid, spike / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / membrane fusion / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Alphavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Tang J / Jose J / Zhang W / Chipman P / Kuhn RJ / Baker TS | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011 タイトル: Molecular links between the E2 envelope glycoprotein and nucleocapsid core in Sindbis virus. 著者: Jinghua Tang / Joyce Jose / Paul Chipman / Wei Zhang / Richard J Kuhn / Timothy S Baker / 要旨: A three-dimensional reconstruction of Sindbis virus at 7.0 Å resolution presented here provides a detailed view of the virion structure and includes structural evidence for key interactions that ...A three-dimensional reconstruction of Sindbis virus at 7.0 Å resolution presented here provides a detailed view of the virion structure and includes structural evidence for key interactions that occur between the capsid protein (CP) and transmembrane (TM) glycoproteins E1 and E2. Based on crystal structures of component proteins and homology modeling, we constructed a nearly complete, pseudo-atomic model of the virus. Notably, this includes identification of the 33-residue cytoplasmic domain of E2 (cdE2), which follows a path from the E2 TM helix to the CP where it enters and exits the CP hydrophobic pocket and then folds back to contact the viral membrane. Modeling analysis identified three major contact regions between cdE2 and CP, and the roles of specific residues were probed by molecular genetics. This identified R393 and E395 of cdE2 and Y162 and K252 of CP as critical for virus assembly. The N-termini of the CPs form a contiguous network that interconnects 12 pentameric and 30 hexameric CP capsomers. A single glycoprotein spike cross-links three neighboring CP capsomers as might occur during initiation of virus budding. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5251.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5251-v30.xml emd-5251.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5251_1.jpg | 108.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5251 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5251_validation.pdf.gz | 371 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_5251_full_validation.pdf.gz | 370.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5251_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5251 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sindbis virion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : sindbis virion
全体 | 名称: sindbis virion |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: sindbis virion
超分子 | 名称: sindbis virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 60 |
---|
-超分子 #1: Alphavirus
超分子 | 名称: Alphavirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: sindbis / NCBI-ID: 11019 / 生物種: Alphavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: sindbis |
---|---|
宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM300FEG/T |
---|---|
日付 | 2001年12月12日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 73 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF |
---|