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万見
- EMDB-5206: Epsilon15 icosahedral reconstruction using Zernike phase contrast... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5206
タイトルEpsilon15 icosahedral reconstruction using Zernike phase contrast electron microscopy
マップデータepsilon15 icosahedral capsid density map reconstructed from ZPC-cryoEM images
試料
  • 試料: Epsilon 15
  • ウイルス: epsilon15 (ファージ)
キーワードPhase contrast / cryoEM / electron microscopy / bacteriophage / epsilon15
生物種epsilon15 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Murata K / Liu X / Danev R / Jakana J / Schmid MF / King J / Nagayama K / Chiu W
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Zernike phase contrast cryo-electron microscopy and tomography for structure determination at nanometer and subnanometer resolutions.
著者: Kazuyoshi Murata / Xiangan Liu / Radostin Danev / Joanita Jakana / Michael F Schmid / Jonathan King / Kuniaki Nagayama / Wah Chiu /
要旨: Zernike phase contrast cryo-electron microscopy (ZPC-cryoEM) is an emerging technique that is capable of producing higher image contrast than conventional cryoEM. By combining this technique with ...Zernike phase contrast cryo-electron microscopy (ZPC-cryoEM) is an emerging technique that is capable of producing higher image contrast than conventional cryoEM. By combining this technique with advanced image processing methods, we achieved subnanometer resolution for two biological specimens: 2D bacteriorhodopsin crystal and epsilon15 bacteriophage. For an asymmetric reconstruction of epsilon15 bacteriophage, ZPC-cryoEM can reduce the required amount of data by a factor of approximately 3, compared with conventional cryoEM. The reconstruction was carried out to 13 A resolution without the need to correct the contrast transfer function. New structural features at the portal vertex of the epsilon15 bacteriophage are revealed in this reconstruction. Using ZPC cryo-electron tomography (ZPC-cryoET), a similar level of data reduction and higher resolution structures of epsilon15 bacteriophage can be obtained relative to conventional cryoET. These results show quantitatively the benefits of ZPC-cryoEM and ZPC-cryoET for structural determinations of macromolecular machines at nanometer and subnanometer resolutions.
履歴
登録2010年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年7月19日-
マップ公開2010年9月1日-
更新2011年7月8日-
現状2011年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5206_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5206.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 339.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈epsilon15 icosahedral capsid density map reconstructed from ZPC-cryoEM images
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.95 Å/pix.
x 450 pix.
= 877.5 Å		1.95 Å/pix.
x 450 pix.
= 877.5 Å		1.95 Å/pix.
x 450 pix.
= 877.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.66684 - 1.75931
平均 (標準偏差)0.102424 (±0.304026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-225-225-225
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 877.5 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.951.951.95
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z877.500877.500877.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-225-225-225
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-1.6671.7590.102

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Epsilon 15

全体名称: Epsilon 15
要素
  • 試料: Epsilon 15
  • ウイルス: epsilon15 (ファージ)

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超分子 #1000: Epsilon 15

超分子名称: Epsilon 15 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / Number unique components: 1

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超分子 #1: epsilon15

超分子名称: epsilon15 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: epsilon15 / 生物種: epsilon15 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: epsilon15
宿主生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度平均: 90 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2009年12月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 431 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.3 mm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using the consistency criterion of MPSA
CTF補正詳細: no CTF correction
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA
詳細: There is no ctf correction in the final reconstruction, but we used cross common line correlation algorithm to threw away some large defocus particles whose first ctf-zeros fall within 10A.
使用した粒子像数: 2900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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