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- EMDB-51767: Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 ... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51767
タイトルMethyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 component after incubation with ATP
マップデータ
試料
  • 複合体: Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 component after incubation with ATP
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 8種
キーワードMethyl-coenzyme M reductase / activation complex / ATPase / Iron-sulfur clusters / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


organic phosphonate catabolic process / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl coenzyme M reductase system, component A2 / Methyl-coenzyme M reductase, protein C / Uncharacterised conserved protein UCP019164, methanogenesis / Uncharacterised protein family UPF0288, methanogenesis / Uncharacterised conserved protein UCP019464, methanogenesis / Uncharacterised conserved protein UCP037053 / Protein of unknown function DUF2098 / Methyl-coenzyme M reductase, protein C-like / Methyl-coenzyme M reductase operon protein C / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2098) ...Methyl coenzyme M reductase system, component A2 / Methyl-coenzyme M reductase, protein C / Uncharacterised conserved protein UCP019164, methanogenesis / Uncharacterised protein family UPF0288, methanogenesis / Uncharacterised conserved protein UCP019464, methanogenesis / Uncharacterised conserved protein UCP037053 / Protein of unknown function DUF2098 / Methyl-coenzyme M reductase, protein C-like / Methyl-coenzyme M reductase operon protein C / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2098) / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2113) / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein OpuCA / DUF2098 domain-containing protein / Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha / Methyl-coenzyme M reductase subunit beta / Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma / UPF0288 protein MmarC6_0796 / Methyl-coenzyme M reductase operon protein C / Methanogenesis marker protein 17 / Methanogenesis marker protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Ramirez-Amador F / Paul S / Kumar A / Schuller JM
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101075992European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structure of the ATP-driven methyl-coenzyme M reductase activation complex.
著者: Fidel Ramírez-Amador / Sophia Paul / Anuj Kumar / Christian Lorent / Sebastian Keller / Stefan Bohn / Thinh Nguyen / Stefano Lometto / Dennis Vlegels / Jörg Kahnt / Darja Deobald / Frank ...著者: Fidel Ramírez-Amador / Sophia Paul / Anuj Kumar / Christian Lorent / Sebastian Keller / Stefan Bohn / Thinh Nguyen / Stefano Lometto / Dennis Vlegels / Jörg Kahnt / Darja Deobald / Frank Abendroth / Olalla Vázquez / Georg Hochberg / Silvan Scheller / Sven T Stripp / Jan Michael Schuller /
要旨: Methyl-coenzyme M reductase (MCR) is the enzyme responsible for nearly all biologically generated methane. Its active site comprises coenzyme F, a porphyrin-based cofactor with a central nickel ion ...Methyl-coenzyme M reductase (MCR) is the enzyme responsible for nearly all biologically generated methane. Its active site comprises coenzyme F, a porphyrin-based cofactor with a central nickel ion that is active exclusively in the Ni(I) state. How methanogenic archaea perform the reductive activation of F represents a major gap in our understanding of one of the most ancient bioenergetic systems in nature. Here we purified and characterized the MCR activation complex from Methanococcus maripaludis. McrC, a small subunit encoded in the mcr operon, co-purifies with the methanogenic marker proteins Mmp7, Mmp17, Mmp3 and the A2 component. We demonstrated that this complex can activate MCR in vitro in a strictly ATP-dependent manner, enabling the formation of methane. In addition, we determined the cryo-electron microscopy structure of the MCR activation complex exhibiting different functional states with local resolutions reaching 1.8-2.1 Å. Our data revealed three complex iron-sulfur clusters that formed an electron transfer pathway towards F. Topology and electron paramagnetic resonance spectroscopy analyses indicate that these clusters are similar to the [8Fe-9S-C] cluster, a maturation intermediate of the catalytic cofactor in nitrogenase. Altogether, our findings offer insights into the activation mechanism of MCR and prospects on the early evolution of nitrogenase.
履歴
登録2024年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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対称性空間群: 1
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EMDB XML:

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Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
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試料の構成要素

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全体 : Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 ...

全体名称: Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 component after incubation with ATP
要素
  • 複合体: Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 component after incubation with ATP
    • タンパク質・ペプチド: UPF0288 protein MmarC6_0796
    • タンパク質・ペプチド: Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Methyl-coenzyme M reductase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Methanogenesis marker protein 17
    • タンパク質・ペプチド: Methanogenesis marker protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Methyl-coenzyme M reductase operon protein C
    • タンパク質・ペプチド: Glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein OpuCA
    • タンパク質・ペプチド: DUF2098 domain-containing protein
  • リガンド: FACTOR 430
  • リガンド: 1-THIOETHANESULFONIC ACID
  • リガンド: Coenzyme B
  • リガンド: O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE
  • リガンド: FeFe cofactor
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 ...

超分子名称: Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 component after incubation with ATP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 500 KDa

+
分子 #1: UPF0288 protein MmarC6_0796

分子名称: UPF0288 protein MmarC6_0796 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Methanogenesis marker protein 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 56.520801 KDa
配列文字列: MNVLVNNNPK SGKTLEDVIK DEYYIPGSNI VIIKGTATVI KEETKKYLIK TTKGSFVVGI TEENETVDFW NKNYKSFEDK SLIWKSISD VSFGSIEIPL PVSSVKQNFK KWDVVLSVSG LDTSEGNLIF VQRDVLELYG LENPKIGILI GGKRVLKTLT A DDRIISIE ...文字列:
MNVLVNNNPK SGKTLEDVIK DEYYIPGSNI VIIKGTATVI KEETKKYLIK TTKGSFVVGI TEENETVDFW NKNYKSFEDK SLIWKSISD VSFGSIEIPL PVSSVKQNFK KWDVVLSVSG LDTSEGNLIF VQRDVLELYG LENPKIGILI GGKRVLKTLT A DDRIISIE QMRESKENID YEITTNLNKE IQDTWKIYTY CKAEFDGPPQ STEHALAILE NGTLEISENT NTYVADCRLQ TL FIDEENP EDRDRGTITV RNIGNGVGKV YIYQESRASS LSHTVVGKVT DGIEIVDFSN SGHITVKTNP ERLSVIGKTQ KDA KILFEK HGITLKMEGN IDEDAIIVEQ VPEYTMDILK SKEVTTKGIE PEKLLYVEIY DKDAPTTSWY FRKVTGLTTK RIGT LKIYF KHDDISMFER DWDYSKGLLP ENTPEKSIDS GIIAVTNMVK KYKGYIGVRT SSNDKYGPTG ETFEGTNIVG KVVKN SEIL KSVKQGENIY ILEVNSN

UniProtKB: UPF0288 protein MmarC6_0796

+
分子 #2: Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma

分子名称: Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 29.665488 KDa
配列文字列: MAYTPQFYPG ATKVAENRRN HLNPNYELEK LREIPDEDVV KIMGHRQPGE DYKTVHPPLE EMDFVEDYAR DLVEPLNGAK EGHRVRYIQ FADSMYFAPA QPYDRSRSYM SRLRGVDAGT LSGRQVVECR ESDLEEFSKN ILMDTELFDP ATSGMRGATV H GHSLRLDE ...文字列:
MAYTPQFYPG ATKVAENRRN HLNPNYELEK LREIPDEDVV KIMGHRQPGE DYKTVHPPLE EMDFVEDYAR DLVEPLNGAK EGHRVRYIQ FADSMYFAPA QPYDRSRSYM SRLRGVDAGT LSGRQVVECR ESDLEEFSKN ILMDTELFDP ATSGMRGATV H GHSLRLDE NGMMFDALQR CVFDEKTGHV MYVKDQVGKP LDAPVDVGEP IPEAKLREIT TIYRNDGVAM RADPDVIEVV KR IHRARTL GGYIPTNETF KGL

UniProtKB: Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma

+
分子 #3: Methyl-coenzyme M reductase subunit beta

分子名称: Methyl-coenzyme M reductase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Methyl-coenzyme M reductase subunit beta / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 46.701203 KDa
配列文字列: MVKYEDKISL YDAKGNLVAE NVPLEAISPL YNPTIKSMVK NIKRTVAVNL AGIEGTLAAG KIGGKGCQVP GRTLDISAVS NAQAIADEV EKILKVSEDD DTAVKIINGG KQLAVQVPTA RLEVAAEYSV SMLSTAMALK EALIKTFNID MFDGSTVHAA I VGNYPQVM ...文字列:
MVKYEDKISL YDAKGNLVAE NVPLEAISPL YNPTIKSMVK NIKRTVAVNL AGIEGTLAAG KIGGKGCQVP GRTLDISAVS NAQAIADEV EKILKVSEDD DTAVKIINGG KQLAVQVPTA RLEVAAEYSV SMLSTAMALK EALIKTFNID MFDGSTVHAA I VGNYPQVM DYAGGNIASL LGAPSMMEGL GYALRNIPVN HAVATTKKNM MNAIAFSSVM EQTATFEMGD AVGSFERQHL LG LAYQGLN ADNLVIDFIK ANAKGTVGSV VETVIDRAIA DGVIVVDKTM SSGFNMYKPA DVNKWNAYAA AGLVAAVAVS CGA ARAAQN VASVILYFND ILEYETGLPG VDYGRSMGTA VGFSFFSHSI YGGGGPGIFN GNHVVTRHSK GFAIPPVCAA MCAD AGTQM FSPEHTSGLV GSVYSAFDEF REPMKYVIEG ALSIKDQF

UniProtKB: Methyl-coenzyme M reductase subunit beta

+
分子 #4: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha

分子名称: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 61.230703 KDa
配列文字列: MEAEKRLFLK ALKEKFEEDP KEKYTKFYTF GGWEQSARKR EFVEANEKIV SEKRQGIPLY NPDIGVPLGQ RKLMPYKLSN TDDYCEGDD LHFLNNAAIQ QLWDDIRRTV IVGMDTAHSV LEKRLGVEVT PETINEYMHT INHSLPGGAV VQEHMVEVHP S LAWDCYAR ...文字列:
MEAEKRLFLK ALKEKFEEDP KEKYTKFYTF GGWEQSARKR EFVEANEKIV SEKRQGIPLY NPDIGVPLGQ RKLMPYKLSN TDDYCEGDD LHFLNNAAIQ QLWDDIRRTV IVGMDTAHSV LEKRLGVEVT PETINEYMHT INHSLPGGAV VQEHMVEVHP S LAWDCYAR IFTGDDELAD ELDSRFLIDI NKLFPEEQAE TLKAAIGKKT YQVSRVPSLV GRVCDGGTIS RWSAMQIGMS FI TAYKLCA GEAATADFSY ASK(MHS)ADVIQM GNALPGR(AGM)AR GPNEPGGIRF GILSDVVQTT RVSEDPVEQS LEVVA TGAA LYDQIWLGAY MSGGIGFTQY ATASYTDDIL DDFSYYALDY VEKKYGRMGT KATMDVVEDV AGEVTLYALE QYDDYP ALL EDHFGGS(MGN)RA AVAAAASGIG VCMATGNSNA GVNGWYLSQI LHKEYHSRLG FY(GL3)YDLQDQ(SMC) GASNS LAIR NDEAAPLELR GPNYPNYAMN VGHQGEYAGI AQAAHSARGD AFALNPLVKV AFADPMLVFD FSKPRKEIAR GALREF EAA GERDVILPAK

UniProtKB: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha

+
分子 #5: Methanogenesis marker protein 17

分子名称: Methanogenesis marker protein 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Methanogenesis marker protein 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 21.119539 KDa
配列文字列:
MAYIDVECND EAGKAIYERI IQTSLEDLVL GKSIIKAKMI CKQDVPYFII GILPKSTSKL IRLRDIATID ESKKSDGKTI TKLNIDDET YATELLAKIN VMDQPSRFEV VTDSEVDLNM VIHDAKEDFI DRVLDFMNRV FPEGMRIRKT IRDKTIVMVA S EKPIEEEW MNEAVKLQEE LKIFK

UniProtKB: Methanogenesis marker protein 17

+
分子 #6: Methanogenesis marker protein 7

分子名称: Methanogenesis marker protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Methanogenesis marker protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 35.024746 KDa
配列文字列: MYQIIRYEGG VYKNNILKEW IEDVGGFIIQ EHVMQLDVYM TIAIPQNEIE NFKEEAKKYK GKIVETPLAG IEIAIVSPSL SRHHLPHIA CDVSEYVRKF GAKPNMIGLA HGAGKNISEI REKEKRLIQE HDIAIYVMGN FESCILDKTH LFKVDIPLVV T GGPETLDI ...文字列:
MYQIIRYEGG VYKNNILKEW IEDVGGFIIQ EHVMQLDVYM TIAIPQNEIE NFKEEAKKYK GKIVETPLAG IEIAIVSPSL SRHHLPHIA CDVSEYVRKF GAKPNMIGLA HGAGKNISEI REKEKRLIQE HDIAIYVMGN FESCILDKTH LFKVDIPLVV T GGPETLDI PYTYVGNLGR RAQRLRKGEE IRALRQMIDE VTKKINDKRM ELSYDPPIIP PVVLKDEIEK RIDEVRGILA PM PIVTQLD GLRIKMDYDR NHEEIENVKI GKYLLKDIAY VTRSEMKNYI LIKLKSTSEL KTDENKA

UniProtKB: Methanogenesis marker protein 7

+
分子 #7: Methyl-coenzyme M reductase operon protein C

分子名称: Methyl-coenzyme M reductase operon protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: Methyl-coenzyme M reductase subunit C / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 24.906715 KDa
組換発現生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KSAGSGMPVG RKEQIVDCRA VMGLGEGGGL AQRGTFAEGL RNDVVVVAMS PGRRHITKP VCEITYGIRE AGIQTSVLVL DAGGGIPSDA PQGSLGSTFG LKPEEAKQVN RHKLCVIHFG NVKSHIIYKA R LFLKYVDI ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KSAGSGMPVG RKEQIVDCRA VMGLGEGGGL AQRGTFAEGL RNDVVVVAMS PGRRHITKP VCEITYGIRE AGIQTSVLVL DAGGGIPSDA PQGSLGSTFG LKPEEAKQVN RHKLCVIHFG NVKSHIIYKA R LFLKYVDI PTIIVCQTPV DMEDFAAIGI KTKNVMPLES KTEGKIVEII TGVIRGESAP QKKIDEIIES IKKHLG

UniProtKB: Methyl-coenzyme M reductase operon protein C

+
分子 #8: Glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein OpuCA

分子名称: Glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein OpuCA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: Methyl-coenzyme M reductase system component A2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 59.572562 KDa
配列文字列: MLLLEVKNVS KSYGDTEVLK NVSFELNEGD VMGVLGRSGA GKSVLLHMLR GMEGYEPTSG QIIYHVAYCP HCENVEAPSQ VGKKCECET EYVAKSVDFW NNNEITYALK KKIAIMLQRT FALYGEKTVA ENIMEALTAA GYEGKDATEW ALNLIKMVKL E HRVAHISR ...文字列:
MLLLEVKNVS KSYGDTEVLK NVSFELNEGD VMGVLGRSGA GKSVLLHMLR GMEGYEPTSG QIIYHVAYCP HCENVEAPSQ VGKKCECET EYVAKSVDFW NNNEITYALK KKIAIMLQRT FALYGEKTVA ENIMEALTAA GYEGKDATEW ALNLIKMVKL E HRVAHISR DLSGGEKQRV VLARQIAKNP VIFLADEPTG TLDPKTAKFV HNALTEAVIK HNIAMVITSH WPEVIEELCQ KA IWLDKGE MRLVGESKHV VEEFMKTVTS MKEFEKVEVK DELLKLENVE KRYVSVDRGI VKAVDGIDVS INEKEIFGLV GVS GAGKTT LSKIIAAVIP PSKGNYEFRL ADEWVDMTKV GPLYRGRAKR YIGMLFQEYS LYPHRTILYN LTESIGLEMP GEFA KMKAE HTLVSVGFTE EEAENMLEKH PSELSVGEKH RVALAQVLIR EPHLILLDEP TGTMDPITRN QVAESIQKSR SELDQ TYVI VSHDMDFVLN VCDRAALVRG GKIIKTGKPD EIVKILSEEE KDEMIGH

UniProtKB: Glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein OpuCA

+
分子 #9: DUF2098 domain-containing protein

分子名称: DUF2098 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: DUF2098 domain-containing protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量理論値: 10.640849 KDa
配列文字列:
MTLDRNGKLI EIGSYVRYIN TGTHGTVKAI EPKNDEEWVL LENDIYYRPE LLELVERRKI EKKESEEELI ERITNEDIDL EAAENGCGC SGAG

UniProtKB: DUF2098 domain-containing protein

+
分子 #10: FACTOR 430

分子名称: FACTOR 430 / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: F43
分子量理論値: 906.58 Da
Chemical component information

ChemComp-F43:
FACTOR 430

+
分子 #11: 1-THIOETHANESULFONIC ACID

分子名称: 1-THIOETHANESULFONIC ACID / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: COM
分子量理論値: 142.197 Da
Chemical component information

ChemComp-COM:
1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸

+
分子 #12: Coenzyme B

分子名称: Coenzyme B / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: TP7
分子量理論値: 343.334 Da
Chemical component information

ChemComp-TP7:
Coenzyme B / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン

+
分子 #13: O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE

分子名称: O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: SHT
分子量理論値: 481.499 Da
Chemical component information

ChemComp-SHT:
O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE

+
分子 #14: FeFe cofactor

分子名称: FeFe cofactor / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: S5Q
分子量理論値: 747.356 Da
Chemical component information

ChemComp-S5Q:
FeFe cofactor

+
分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #16: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

濃度1.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vitrification setup inside a Coy Lab's Vinyl anaerobic chamber to preserve the protein sample under strict anaerobic conditions (95% N2/ 5% H2).

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 28171 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Dataset obtained with 25 degree of pretilting to overcome preferred orientation issues
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 944627
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ModelAngelo and AlphaFold
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 118247
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Rigid body fitting in Chimera and Coot. Real-space refinement iterative rounds in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9h1l:
Methyl-coenzyme M reductase activation complex binding to the A2 component after incubation with ATP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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