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- EMDB-51229: CryoEM structure of the human INO80 core- H2A.Z nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51229
タイトルCryoEM structure of the human INO80 core- H2A.Z nucleosome complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Human INO80 remodeller with H2A.Z containing nucleosomes
    • 複合体: Human INO80 remodeller
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • 複合体: Histone Octamer
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • 複合体: Synthetic deoxyribonucleic acid
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードHomo sapiens / ATP-dependent chromatin remodeller / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / Swr1 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex ...positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / Swr1 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Ino80 complex / regulation of double-strand break repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / UV-damage excision repair / box C/D snoRNP assembly / protein folding chaperone complex / nucleosomal DNA binding / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of DNA replication / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / TFIID-class transcription factor complex binding / mitotic sister chromatid segregation / MLL1 complex / regulation of embryonic development / Telomere Extension By Telomerase / alpha-tubulin binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of megakaryocyte differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / regulation of DNA repair / heterochromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / spindle assembly / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / cellular response to ionizing radiation / Interleukin-7 signaling / telomere maintenance / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / DNA helicase activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / positive regulation of DNA repair / TBP-class protein binding / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage Recognition in GG-NER / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / cellular response to estradiol stimulus / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / euchromatin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / ADP binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / beta-catenin binding / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Pre-NOTCH Transcription and Translation / spindle / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear matrix / fibrillar center / Transcriptional regulation of granulopoiesis / UCH proteinases
類似検索 - 分子機能
HIT zinc finger / DBINO domain / DNA helicase Ino80 / DNA-binding domain / DBINO domain profile. / INO80 complex, subunit Ies6 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 ...HIT zinc finger / DBINO domain / DNA helicase Ino80 / DNA-binding domain / DBINO domain profile. / INO80 complex, subunit Ies6 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / Zinc finger, HIT-type / : / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin / Actin family / Actin / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A.Z / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone H2B type 2-E / INO80 complex subunit C / INO80 complex subunit B / Actin-related protein 5 / Chromatin-remodeling ATPase INO80 / RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Aggarwal P / Sharma M / Hopfner KP
資金援助European Union, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)833613 INO3DEuropean Union
German Research Foundation (DFG)HO 2489/9-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Recognition and remodelling of nucleosomes and hexasomes by the human INO80 complex
著者: Aggarwal P / Sharma M / Hopfner KP
履歴
登録2024年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51229.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 414.92 Å		0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 414.92 Å		0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 414.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.943 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.26807985 - 0.59248126
平均 (標準偏差)0.00092375773 (±0.015893376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 414.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51229_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51229_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human INO80 remodeller with H2A.Z containing nucleosomes

全体名称: Human INO80 remodeller with H2A.Z containing nucleosomes
要素
  • 複合体: Human INO80 remodeller with H2A.Z containing nucleosomes
    • 複合体: Human INO80 remodeller
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 1
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 2
      • タンパク質・ペプチド: INO80 complex subunit C
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase INO80
      • タンパク質・ペプチド: INO80 complex subunit B
      • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 5
    • 複合体: Histone Octamer
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.Z
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 2-E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.Z
    • 複合体: Synthetic deoxyribonucleic acid
      • DNA: Nucleosomal DNA Strand 1 (152-MER)
      • DNA: Nucleosomal DNA Strand 2 (152-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Human INO80 remodeller with H2A.Z containing nucleosomes

超分子名称: Human INO80 remodeller with H2A.Z containing nucleosomes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13

+
超分子 #2: Human INO80 remodeller

超分子名称: Human INO80 remodeller / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Histone Octamer

超分子名称: Histone Octamer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#13
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Synthetic deoxyribonucleic acid

超分子名称: Synthetic deoxyribonucleic acid / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: RuvB-like 1

分子名称: RuvB-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.296914 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK ...文字列:
MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK QLKLDPSIFE SLQKERVEAG DVIYIEANSG AVKRQGRCDT YATEFDLEAE EYVPLPKGDV HKKKEIIQDV TL HDLDVAN ARPQGGQDIL SMMGQLMKPK KTEITDKLRG EINKVVNKYI DQGIAELVPG VLFVDEVHML DIECFTYLHR ALE SSIAPI VIFASNRGNC VIRGTEDITS PHGIPLDLLD RVMIIRTMLY TPQEMKQIIK IRAQTEGINI SEEALNHLGE IGTK TTLRY SVQLLTPANL LAKINGKDSI EKEHVEEISE LFYDAKSSAK ILADQQDKYM K

UniProtKB: RuvB-like 1

+
分子 #2: RuvB-like 2

分子名称: RuvB-like 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.222465 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ...文字列:
MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ETIYDLGTKM IESLTKDKVQ AGDVITIDKA TGKISKLGRS FTRARDYDAM GSQTKFVQCP DGELQKRKEV VH TVSLHEI DVINSRTQGF LALFSGDTGE IKSEVREQIN AKVAEWREEG KAEIIPGVLF IDEVHMLDIE SFSFLNRALE SDM APVLIM ATNRGITRIR GTSYQSPHGI PIDLLDRLLI VSTTPYSEKD TKQILRIRCE EEDVEMSEDA YTVLTRIGLE TSLR YAIQL ITAASLVCRK RKGTEVQVDD IKRVYSLFLD ESRSTQYMKE YQDAFLFNEL KGETMDTS

UniProtKB: RuvB-like 2

+
分子 #3: INO80 complex subunit C

分子名称: INO80 complex subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.672553 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAQIPIVAT TSTPGIVRNS KKRPASPSHN GSSGGGYGAS KKKKASASSF AQGISMEAMS ENKMVPSEFS TGPVEKAAKP LPFKDPNFV HSGHGGAVAG KKNRTWKNLK QILASERALP WQLNDPNYFS IDAPPSFKPA KKYSDVSGLL ANYTDPQSKL R FSTIEEFS ...文字列:
MAAQIPIVAT TSTPGIVRNS KKRPASPSHN GSSGGGYGAS KKKKASASSF AQGISMEAMS ENKMVPSEFS TGPVEKAAKP LPFKDPNFV HSGHGGAVAG KKNRTWKNLK QILASERALP WQLNDPNYFS IDAPPSFKPA KKYSDVSGLL ANYTDPQSKL R FSTIEEFS YIRRLPSDVV TGYLALRKAT SIVP

UniProtKB: INO80 complex subunit C

+
分子 #4: Chromatin-remodeling ATPase INO80

分子名称: Chromatin-remodeling ATPase INO80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 177.032812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASELGARDD GGCTELAKPL YLQYLERALR LDHFLRQTSA IFNRNISSDD SEDGLDDSNP LLPQSGDPLI QVKEEPPNSL LGETSGAGS SGMLNTYSLN GVLQSESKCD KGNLYNFSKL KKSRKWLKSI LLSDESSEAD SQSEDDDEEE LNLSREELHN M LRLHKYKK ...文字列:
MASELGARDD GGCTELAKPL YLQYLERALR LDHFLRQTSA IFNRNISSDD SEDGLDDSNP LLPQSGDPLI QVKEEPPNSL LGETSGAGS SGMLNTYSLN GVLQSESKCD KGNLYNFSKL KKSRKWLKSI LLSDESSEAD SQSEDDDEEE LNLSREELHN M LRLHKYKK LHQNKYSKDK ELQQYQYYSA GLLSTYDPFY EQQRHLLGPK KKKFKEEKKL KAKLKKVKKK RRRDEELSSE ES PRRHHHQ TKVFAKFSHD APPPGTKKKH LSIEQLNARR RKVWLSIVKK ELPKANKQKA SARNLFLTNS RKLAHQCMKE VRR AALQAQ KNCKETLPRA RRLTKEMLLY WKKYEKVEKE HRKRAEKEAL EQRKLDEEMR EAKRQQRKLN FLITQTELYA HFMS RKRDM GHDGIQEEIL RKLEDSSTQR QIDIGGGVVV NITQEDYDSN HFKAQALKNA ENAYHIHQAR TRSFDEDAKE SRAAA LRAA NKSGTGFGES YSLANPSIRA GEDIPQPTIF NGKLKGYQLK GMNWLANLYE QGINGILADE MGLGKTVQSI ALLAHL AER ENIWGPFLII SPASTLNNWH QEFTRFVPKF KVLPYWGNPH DRKVIRRFWS QKTLYTQDAP FHVVITSYQL VVQDVKY FQ RVKWQYMVLD EAQALKSSSS VRWKILLQFQ CRNRLLLTGT PIQNTMAELW ALLHFIMPTL FDSHEEFNEW FSKDIESH A ENKSAIDENQ LSRLHMILKP FMLRRIKKDV ENELSDKIEI LMYCQLTSRQ KLLYQALKNK ISIEDLLQSS MGSTQQAQN TTSSLMNLVM QFRKVCNHPE LFERQETWSP FHISLKPYHI SKFIYRHGQI RVFNHSRDRW LRVLSPFAPD YIQRSLFHRK GINEESCFS FLRFIDISPA EMANLMLQGL LARWLALFLS LKASYRLHQL RSWGAPEGES HQRYLRNKDF LLGVNFPLSF P NLCSCPLL KSLVFSSHCK AVSGYSDQVV HQRRSATSSL RRCLLTELPS FLCVASPRVT AVPLDSYCND RSAEYERRVL KE GGSLAAK QCLLNGAPEL AADWLNRRSQ FFPEPAGGLW SIRPQNGWSF IRIPGKESLI TDSGKLYALD VLLTRLKSQG HRV LIYSQM TRMIDLLEEY MVYRKHTYMR LDGSSKISER RDMVADFQNR NDIFVFLLST RAGGLGINLT AADTVIFYDS DWNP TVDQQ AMDRAHRLGQ TKQVTVYRLI CKGTIEERIL QRAKEKSEIQ RMVISGGNFK PDTLKPKEVV SLLLDDEELE KKLRL RQEE KRQQEETNRV KERKRKREKY AEKKKKEDEL DGKRRKEGVN LVIPFVPSAD NSNLSADGDD SFISVDSAMP SPFSEI SIS SELHTGSIPL DESSSDMLVI VDDPASSAPQ SRATNSPASI TGSVSDTVNG ISIQEMPAAG RGHSARSRGR PKGSGST AK GAGKGRSRKS TAGSAAAMAG AKAGAAAASA AAYAAYGYNV SKGISASSPL QTSLVRPAGL ADFGPSSASS PLSSPLSK G NNVPGNPKNL HMTSSLAPDS LVRKQGKGTN PSGGR

UniProtKB: Chromatin-remodeling ATPase INO80

+
分子 #5: INO80 complex subunit B

分子名称: INO80 complex subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.704172 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSKLWRRGST SGAMEAPEPG EALELSLAGA HGHGVHKKKH KKHKKKHKKK HHQEEDAGPT QPSPAKPQLK LKIKLGGQVL GTKSVPTFT VIPEGPRSPS PLMVVDNEEE PMEGVPLEQY RAWLDEDSNL SPSPLRDLSG GLGGQEEEEE QRWLDALEKG E LDDNGDLK ...文字列:
MSKLWRRGST SGAMEAPEPG EALELSLAGA HGHGVHKKKH KKHKKKHKKK HHQEEDAGPT QPSPAKPQLK LKIKLGGQVL GTKSVPTFT VIPEGPRSPS PLMVVDNEEE PMEGVPLEQY RAWLDEDSNL SPSPLRDLSG GLGGQEEEEE QRWLDALEKG E LDDNGDLK KEINERLLTA RQRALLQKAR SQPSPMLPLP VAEGCPPPAL TEEMLLKREE RARKRRLQAA RRAEEHKNQT IE RLTKTAA TSGRGGRGGA RGERRGGRAA APAPMVRYCS GAQGSTLSFP PGVPAPTAVS QRPSPSGPPP RCSVPGCPHP RRY ACSRTG QALCSLQCYR INLQMRLGGP EGPGSPLLAT

UniProtKB: INO80 complex subunit B

+
分子 #6: Actin-related protein 5

分子名称: Actin-related protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.372336 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAANVFPFRD ARAAPDPVLE AGPVAHGPLP VPLVLDNGSF QVRAGWACPG QDPGPEPRLQ FRAVCARGRG GARGASGPQV GNALGSLEP LRWMLRSPFD RNVPVNLELQ ELLLDYSFQH LGVSSQGCVD HPIVLTEAVC NPLYSRQMMS ELLFECYGIP K VAYGIDSL ...文字列:
MAANVFPFRD ARAAPDPVLE AGPVAHGPLP VPLVLDNGSF QVRAGWACPG QDPGPEPRLQ FRAVCARGRG GARGASGPQV GNALGSLEP LRWMLRSPFD RNVPVNLELQ ELLLDYSFQH LGVSSQGCVD HPIVLTEAVC NPLYSRQMMS ELLFECYGIP K VAYGIDSL FSFYHNKPKN SMCSGLIISS GYQCTHVLPI LEGRLDAKNC KRINLGGSQA AGYLQRLLQL KYPGHLAAIT LS RMEEILH EHSYIAEDYV EELHKWRCPD YYENNVHKMQ LPFSSKLLGS TLTSEEKQER RQQQLRRLQE LNARRREEKL QLD QERLDR LLYVQELLED GQMDQFHKAL IELNMDSPEE LQSYIQKLSI AVEQAKQKIL QAEVNLEVDV VDSKPETPDL EQLE PSLED VESMNDFDPL FSEETPGVEK PVTTVQPVFN LAAYHQLFVG TERIRAPEII FQPSLIGEEQ AGIAETLQYI LDRYP KDIQ EMLVQNVFLT GGNTMYPGMK ARMEKELLEM RPFRSSFQVQ LASNPVLDAW YGARDWALNH LDDNEVWITR KEYEEK GGE YLKEHCASNI YVPIRLPKQA SRSSDAQASS KGSAAGGGGA GEQA

UniProtKB: Actin-related protein 5

+
分子 #9: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #10: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #11: Histone H2A.Z

分子名称: Histone H2A.Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.450601 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AGGKAGKDSG KAKTKAVSRS QRAGLQFPVG RIHRHLKSRT TSHGRVGATA AVYSAAILEY LTAEVLELAG NASKDLKVKR ITPRHLQLA IRGDEELDSL IKATIAGGGV IPHIHKSLIG KKGQQKTV

UniProtKB: Histone H2A.Z

+
分子 #12: Histone H2B type 2-E

分子名称: Histone H2B type 2-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.820045 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 2-E

+
分子 #13: Histone H2A.Z

分子名称: Histone H2A.Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.450601 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AGGKAGKDSG KAKTKAVSRS QRAGLQFPVG RIHRHLKSRT TSHGRVGATA AVYSAAILEY LTAEVLELAG NASKDLKVKR ITPRHLQLA IRGDEELDSL IKATIAGGGV LPHIHKSLIG KKGQQKTV

UniProtKB: Histone H2A.Z

+
分子 #7: Nucleosomal DNA Strand 1 (152-MER)

分子名称: Nucleosomal DNA Strand 1 (152-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.121051 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)

+
分子 #8: Nucleosomal DNA Strand 2 (152-MER)

分子名称: Nucleosomal DNA Strand 2 (152-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.715758 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)

+
分子 #14: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 7 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #15: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
50.0 mMNaClSodium Chloride
0.5 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 7 sec. / 詳細: Negative Polarity
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 12419217
詳細: Minimum particle diameter (A) = 120 Maximum particle diameter (A) = 240
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF Estimation / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7zi4

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94892
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 134.96
当てはまり具合の基準: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
得られたモデル

PDB-9gcg:
CryoEM structure of the human INO80 core- H2A.Z nucleosome complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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