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- EMDB-51084: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51084
タイトルAssembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State B)
マップデータComposite map of state B
試料
  • 複合体: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State B)
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
    • RNA: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 7種
キーワードmitochondrial ribosomal small subunit / assembly intermediate / immature h44 / single-particle cryo-EM / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / rRNA base methylation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation ...rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / rRNA base methylation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / Mitochondrial protein degradation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / apoptotic signaling pathway / rRNA processing / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / tRNA binding / cell population proliferation / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / translation / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / 28S ribosomal protein S26 ...Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
12S rRNA N(4)-cytidine methyltransferase METTL15 / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m ...12S rRNA N(4)-cytidine methyltransferase METTL15 / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Finke AF / Heinrichs M / Aibara S / Richter-Dennerlein R / Hillen HS
資金援助 ドイツ, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RI 2715/1- 1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1190 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
European Research Council (ERC)101116869European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Coupling of ribosome biogenesis and translation initiation in human mitochondria.
著者: Marleen Heinrichs / Anna Franziska Finke / Shintaro Aibara / Angelique Krempler / Angela Boshnakovska / Peter Rehling / Hauke S Hillen / Ricarda Richter-Dennerlein /
要旨: Biogenesis of mitoribosomes requires dedicated chaperones, RNA-modifying enzymes, and GTPases, and defects in mitoribosome assembly lead to severe mitochondriopathies in humans. Here, we characterize ...Biogenesis of mitoribosomes requires dedicated chaperones, RNA-modifying enzymes, and GTPases, and defects in mitoribosome assembly lead to severe mitochondriopathies in humans. Here, we characterize late-step assembly states of the small mitoribosomal subunit (mtSSU) by combining genetic perturbation and mutagenesis analysis with biochemical and structural approaches. Isolation of native mtSSU biogenesis intermediates via a FLAG-tagged variant of the GTPase MTG3 reveals three distinct assembly states, which show how factors cooperate to mature the 12S rRNA. In addition, we observe four distinct primed initiation mtSSU states with an incompletely matured rRNA, suggesting that biogenesis and translation initiation are not mutually exclusive processes but can occur simultaneously. Together, these results provide insights into mtSSU biogenesis and suggest a functional coupling between ribosome biogenesis and translation initiation in human mitochondria.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51084.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of state B
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.339
最小 - 最大-0.24108994 - 2.0352411
平均 (標準偏差)0.014132476 (±0.052563213)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subun...

全体名称: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State B)
要素
  • 複合体: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State B)
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Aurora kinase A-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
    • RNA: 12S mitochondrial rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

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超分子 #1: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subun...

超分子名称: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State B)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
詳細: Early assembly mtSSU intermediate in complex with METTL15, and mtRBFA(in), and missing mS37, with immature h44 and partially disordered h45, and h24.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T
分子量理論値: 970 KDa

+
分子 #1: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.695549 KDa
配列文字列: MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQLNRPRD SQLYAVDYET LTRPFSGRRL PVRAWADVRR ESRLLQLLGR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYTAQNL DHGKAWGILT FKGKTESEAR EIEHVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTPAPED S LASVPYPP ...文字列:
MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQLNRPRD SQLYAVDYET LTRPFSGRRL PVRAWADVRR ESRLLQLLGR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYTAQNL DHGKAWGILT FKGKTESEAR EIEHVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTPAPED S LASVPYPP LLRAMIIAER QKNGDTSTEE PMLNVQRIRM EPWDYPAKQE DKGRAKGTPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS34

+
分子 #2: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.898328 KDa
配列文字列: MAAAALPAWL SLQSRARTLR AFSTAVYSAT PVPTPSLPER TPGNERPPRR KALPPRTEKM AVDQDWPSVY PVAAPFKPSA VPLPVRMGY PVKKGVPMAK EGNLELLKIP NFLHLTPVAI KKHCEALKDF CTEWPAALDS DEKCEKHFPI EIDSTDYVSS G PSVRNPRA ...文字列:
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS35

+
分子 #3: Aurora kinase A-interacting protein

分子名称: Aurora kinase A-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.395326 KDa
配列文字列: MLLGRLTSQL LRAVPWAGGR PPWPVSGVLG SRVCGPLYST SPAGPGRAAS LPRKGAQLEL EEMLVPRKMS VSPLESWLTA RCFLPRLDT GTAGTVAPPQ SYQCPPSQIG EGAEQGDEGV ADAPQIQCKN VLKIRRRKMN HHKYRKLVKK TRFLRRKVQE G RLRRKQIK ...文字列:
MLLGRLTSQL LRAVPWAGGR PPWPVSGVLG SRVCGPLYST SPAGPGRAAS LPRKGAQLEL EEMLVPRKMS VSPLESWLTA RCFLPRLDT GTAGTVAPPQ SYQCPPSQIG EGAEQGDEGV ADAPQIQCKN VLKIRRRKMN HHKYRKLVKK TRFLRRKVQE G RLRRKQIK FEKDLRRIWL KAGLKEAPEG WQTPKIYLRG K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS38

+
分子 #4: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial

分子名称: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.648547 KDa
配列文字列: MAVVSAVRWL GLRSRLGQPL TGRRAGLCEQ ARSCRFYSGS ATLSKVEGTD VTGIEEVVIP KKKTWDKVAV LQALASTVNR DTTAVPYVF QDDPYLMPAS SLESRSFLLA KKSGENVAKF IINSYPKYFQ KDIAEPHIPC LMPEYFEPQI KDISEAALKE R IELRKVKA ...文字列:
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS39

+
分子 #6: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.298238 KDa
配列文字列: MATSSAALPR ILGAGARAPS RWLGFLGKAT PRPARPSRRT LGSATALMIR ESEDSTDFND KILNEPLKHS DFFNVKELFS VRSLFDARV HLGHKAGCRH RFMEPYIFGS RLDHDIIDLE QTATHLQLAL NFTAHMAYRK GIILFISRNR QFSYLIENMA R DCGEYAHT ...文字列:
MATSSAALPR ILGAGARAPS RWLGFLGKAT PRPARPSRRT LGSATALMIR ESEDSTDFND KILNEPLKHS DFFNVKELFS VRSLFDARV HLGHKAGCRH RFMEPYIFGS RLDHDIIDLE QTATHLQLAL NFTAHMAYRK GIILFISRNR QFSYLIENMA R DCGEYAHT RYFRGGMLTN ARLLFGPTVR LPDLIIFLHT LNNIFEPHVA VRDAAKMNIP TVGIVDTNCN PCLITYPVPG ND DSPLAVH LYCRLFQTAI TRAKEKRQQV EALYRLQGQK EPGDQGPAHP PGADMSHSL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2m

+
分子 #7: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.046164 KDa
配列文字列:
MAASVCSGLL GPRVLSWSRE LPCAWRALHT SPVCAKNRAA RVRVSKGDKP VTYEEAHAPH YIAHRKGWLS LHTGNLDGED HAAERTVED VFLRKFMWGT FPGCLADQLV LKRRGNQLEI CAVVLRQLSP HKYYFLVGYS ETLLSYFYKC PVRLHLQTVP S KVVYKYL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3m

+
分子 #8: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.094594 KDa
配列文字列: MATAVRAVGC LPVLCSGTAG HLLGRQCSLN TLPAASILAW KSVLGNGHLS SLGTRDTHPY ASLSRALQTQ CCISSPSHLM SQQYRPYSF FTKLTADELW KGALAETGAG AKKGRGKRTK KKKRKDLNRG QIIGEGRYGF LWPGLNVPLM KNGAVQTIAQ R SKEEQEKV ...文字列:
MATAVRAVGC LPVLCSGTAG HLLGRQCSLN TLPAASILAW KSVLGNGHLS SLGTRDTHPY ASLSRALQTQ CCISSPSHLM SQQYRPYSF FTKLTADELW KGALAETGAG AKKGRGKRTK KKKRKDLNRG QIIGEGRYGF LWPGLNVPLM KNGAVQTIAQ R SKEEQEKV EADMIQQREE WDRKKKMKVK RERGWSGNSW GGISLGPPDP GPCGETYEDF DTRILEVRNV FTMTAKEGRK KS IRVLVAV GNGKGAAGFS IGKATDRMDA FRKAKNRAVH HLHYIERYED HTIFHDISLR FKRTHIKMKK QPKGYGLRCH RAI ITICRL IGIKDMYAKV SGSINMLSLT QGLFRGLSRQ ETHQQLADKK GLHVVEIREE CGPLPIVVAS PRGPLRKDPE PEDE VPDVK LDWEDVKTAQ GMKRSVWSNL KRAAT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5m

+
分子 #9: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.250588 KDa
配列文字列:
MPRYELALIL KAMQRPETAA TLKRTIEALM DRGAIVRDLE NLGERALPYR ISAHSQQHNR GGYFLVDFYA PTAAVESMVE HLSRDIDVI RGNIVKHPLT QELKECEGIV PVPLAEKLYS TKKRKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6m

+
分子 #10: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.186154 KDa
配列文字列: MAAPAVKVAR GWSGLALGVR RAVLQLPGLT QVRWSRYSPE FKDPLIDKEY YRKPVEELTE EEKYVRELKK TQLIKAAPAG KTSSVFEDP VISKFTNMMM IGGNKVLARS LMIQTLEAVK RKQFEKYHAA SAEEQATIER NPYTIFHQAL KNCEPMIGLV P ILKGGRFY ...文字列:
MAAPAVKVAR GWSGLALGVR RAVLQLPGLT QVRWSRYSPE FKDPLIDKEY YRKPVEELTE EEKYVRELKK TQLIKAAPAG KTSSVFEDP VISKFTNMMM IGGNKVLARS LMIQTLEAVK RKQFEKYHAA SAEEQATIER NPYTIFHQAL KNCEPMIGLV P ILKGGRFY QVPVPLPDRR RRFLAMKWMI TECRDKKHQR TLMPEKLSHK LLEAFHNQGP VIKRKHDLHK MAEANRALAH YR WW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7m

+
分子 #11: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.909859 KDa
配列文字列: MAAPCVSYGG AVSYRLLLWG RGSLARKQGL WKTAAPELQT NVRSQILRLR HTAFVIPKKN VPTSKRETYT EDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPVMKHPE QIFPRQRAIQ WGEDGRPFHY LFYTGKQSYY S LMHDVYGM ...文字列:
MAAPCVSYGG AVSYRLLLWG RGSLARKQGL WKTAAPELQT NVRSQILRLR HTAFVIPKKN VPTSKRETYT EDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPVMKHPE QIFPRQRAIQ WGEDGRPFHY LFYTGKQSYY S LMHDVYGM LLNLEKHQSH LQAKSLLPEK TVTRDVIGSR WLIKEELEEM LVEKLSDLDY MQFIRLLEKL LTSQCGAAEE EF VQRFRRS VTLESKKQLI EPVQYDEQGM AFSKSEGKRK TAKAEAIVYK HGSGRIKVNG IDYQLYFPIT QDREQLMFPF HFV DRLGKH DVTCTVSGGG RSAQAGAIRL AMAKALCSFV TEDEVEWMRQ AGLLTTDPRV RERKKPGQEG ARRKFTWKKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9m

+
分子 #12: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.0335 KDa
配列文字列: MAARTAFGAV CRRLWQGLGN FSVNTSKGNT AKNGGLLLST NMKWVQFSNL HVDVPKDLTK PVVTISDEPD ILYKRLSVLV KGHDKAVLD SYEYFAVLAA KELGISIKVH EPPRKIERFT LLQSVHIYKK HRVQYEMRTL YRCLELEHLT GSTADVYLEY I QRNLPEGV ...文字列:
MAARTAFGAV CRRLWQGLGN FSVNTSKGNT AKNGGLLLST NMKWVQFSNL HVDVPKDLTK PVVTISDEPD ILYKRLSVLV KGHDKAVLD SYEYFAVLAA KELGISIKVH EPPRKIERFT LLQSVHIYKK HRVQYEMRTL YRCLELEHLT GSTADVYLEY I QRNLPEGV AMEVTKTQLE QLPEHIKEPI WETLSEEKEE SKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10m

+
分子 #13: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.648793 KDa
配列文字列: MQAVRNAGSR FLRSWTWPQT AGRVVARTPA GTICTGARQL QDAAAKQKVE QNAAPSHTKF SIYPPIPGEE SSLRWAGKKF EEIPIAHIK ASHNNTQIQV VSASNEPLAF ASCGTEGFRN AKKGTGIAAQ TAGIAAAARA KQKGVIHIRV VVKGLGPGRL S AMHGLIMG ...文字列:
MQAVRNAGSR FLRSWTWPQT AGRVVARTPA GTICTGARQL QDAAAKQKVE QNAAPSHTKF SIYPPIPGEE SSLRWAGKKF EEIPIAHIK ASHNNTQIQV VSASNEPLAF ASCGTEGFRN AKKGTGIAAQ TAGIAAAARA KQKGVIHIRV VVKGLGPGRL S AMHGLIMG GLEVISITDN TPIPHNGCRP RKARKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11m

+
分子 #14: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.200947 KDa
配列文字列:
MSWSGLLHGL NTSLTCGPAL VPRLWATCSM ATLNQMHRLG PPKRPPRKLG PTEGRPQLKG VVLCTFTRKP KKPNSANRKC CRVRLSTGR EAVCFIPGEG HTLQEHQIVL VEGGRTQDLP GVKLTVVRGK YDCGHVQKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12m

+
分子 #15: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.168788 KDa
配列文字列:
MAAFMLGSLL RTFKQMVPSS ASGQVRSHYV DWRMWRDVKR RKMAYEYADE RLRINSLRKN TILPKILQDV ADEEIAALPR DSCPVRIRN RCVMTSRPRG VKRRWRLSRI VFRHLADHGQ LSGIQRATW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14m

+
分子 #16: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.903293 KDa
配列文字列: MLRVAWRTLS LIRTRAVTQV LVPGLPGGGS AKFPFNQWGL QPRSLLLQAA RGYVVRKPAQ SRLDDDPPPS TLLKDYQNVP GIEKVDDVV KRLLSLEMAN KKEMLKIKQE QFMKKIVANP EDTRSLEARI IALSVKIRSY EEHLEKHRKD KAHKRYLLMS I DQRKKMLK ...文字列:
MLRVAWRTLS LIRTRAVTQV LVPGLPGGGS AKFPFNQWGL QPRSLLLQAA RGYVVRKPAQ SRLDDDPPPS TLLKDYQNVP GIEKVDDVV KRLLSLEMAN KKEMLKIKQE QFMKKIVANP EDTRSLEARI IALSVKIRSY EEHLEKHRKD KAHKRYLLMS I DQRKKMLK NLRNTNYDVF EKICWGLGIE YTFPPLYYRR AHRRFVTKKA LCIRVFQETQ KLKKRRRALK AAAAAQKQAK RR NPDSPAK AIPKTLKDSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15m

+
分子 #17: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.371899 KDa
配列文字列:
MVHLTTLLCK AYRGGHLTIR LALGGCTNRP FYRIVAAHNK CPRDGRFVEQ LGSYDPLPNS HGEKLVALNL DRIRHWIGCG AHLSKPMEK LLGLAGFFPL HPMMITNAER LRRKRAREVL LASQKTDAEA TDTEATET

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16m

+
分子 #18: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.526078 KDa
配列文字列:
MSVVRSSVHA RWIVGKVIGT KMQKTAKVRV TRLVLDPYLL KYFNKRKTYF AHDALQQCTV GDIVLLRALP VPRAKHVKHE LAEIVFKVG KVIDPVTGKP CAGTTYLESP LSSETTQLSK NLEELNISSA Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17m

+
分子 #19: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.440629 KDa
配列文字列: MAASVLNTVL RRLPMLSLFR GSHRVQVPLQ TLCTKAPSEE DSLSSVPISP YKDEPWKYLE SEEYQERYGS RPVWADYRRN HKGGVPPQR TRKTCIRRNK VVGNPCPICR DHKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFYAPY TGVCVKQHKR LTQAIQKARD H GLLIYHIP ...文字列:
MAASVLNTVL RRLPMLSLFR GSHRVQVPLQ TLCTKAPSEE DSLSSVPISP YKDEPWKYLE SEEYQERYGS RPVWADYRRN HKGGVPPQR TRKTCIRRNK VVGNPCPICR DHKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFYAPY TGVCVKQHKR LTQAIQKARD H GLLIYHIP QVEPRDLDFS TSHGAVSATP PAPTLVSGDP WYPWYNWKQP PERELSRLRR LYQGHLQEES GPPPESMPKM PP RTPAEAS STGQTGPQSA L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS40

+
分子 #20: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.876786 KDa
配列文字列:
MAAVVAVCGG LGRKKLTHLV TAAVSLTHPG THTVLWRRGC SQQVSSNEDL PISMENPYKE PLKKCILCGK HVDYKNVQLL SQFVSPFTG CIYGRHITGL CGKKQKEITK AIKRAQIMGF MPVTYKDPAY LKDPKVCNIR YRE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18m

+
分子 #21: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.633456 KDa
配列文字列:
AKHLKFIART VMVQEGNVES AYRTLNRILT MDGLIEDIKH RRYYEKPCRR RQRESYERCR RIYNMEMARK INFLMRKNRA DPWQGC

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21m

+
分子 #22: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.337316 KDa
配列文字列: MAPLGTTVLL WSLLRSSPGV ERVCFRARIQ PWHGGLLQPL PCSFEMGLPR RRFSSEAAES GSPETKKPTF MDEEVQSILT KMTGLNLQK TFKPAIQELK PPTYKLMTQA QLEEATRQAV EAAKVRLKMP PVLEERVPIN DVLAEDKILE GTETTKYVFT D ISYSIPHR ...文字列:
MAPLGTTVLL WSLLRSSPGV ERVCFRARIQ PWHGGLLQPL PCSFEMGLPR RRFSSEAAES GSPETKKPTF MDEEVQSILT KMTGLNLQK TFKPAIQELK PPTYKLMTQA QLEEATRQAV EAAKVRLKMP PVLEERVPIN DVLAEDKILE GTETTKYVFT D ISYSIPHR ERFIVVREPS GTLRKASWEE RDRMIQVYFP KEGRKILTPI IFKEENLRTM YSQDRHVDVL NLCFAQFEPD ST EYIKVHH KTYEDIDKRG KYDLLRSTRY FGGMVWYFVN NKKIDGLLID QIQRDLIDDA TNLVQLYHVL HPDGQSAQGA KDQ AAEGIN LIKVFAKTEA QKGAYIELTL QTYQEALSRH SAAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS22

+
分子 #23: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.805664 KDa
配列文字列: MAGSRLETVG SIFSRTRDLV RAGVLKEKPL WFDVYDAFPP LREPVFQRPR VRYGKAKAPI QDIWYHEDRI RAKFYSVYGS GQRAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYTELQKL GETDEEKLFV ETGKALLAEG VILRRVGEAR TQHGGSHVSR KSEHLSVRPQ T ALEENETQ ...文字列:
MAGSRLETVG SIFSRTRDLV RAGVLKEKPL WFDVYDAFPP LREPVFQRPR VRYGKAKAPI QDIWYHEDRI RAKFYSVYGS GQRAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYTELQKL GETDEEKLFV ETGKALLAEG VILRRVGEAR TQHGGSHVSR KSEHLSVRPQ T ALEENETQ KEVPQDQHLE APADQSKGLL PP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS23

+
分子 #24: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.146428 KDa
配列文字列:
MPMKGRFPIR RTLQYLSQGN VVFKDSVKVM TVNYNTHGEL GEGARKFVFF NIPQIQYKNP WVQIMMFKNM TPSPFLRFYL DSGEQVLVD VETKSNKEIM EHIRKILGKN EETLREEEEE KKQLSHPANF GPRKYCLREC ICEVEGQVPC PSLVPLPKEM R GKYKAALK ADAQD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS25

+
分子 #25: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.25982 KDa
配列文字列: MLRALSRLGA GTPCRPRAPL VLPARGRKTR HDPLAKSKIE RVNMPPAVDP AEFFVLMERY QHYRQTVRAL RMEFVSEVQR KVHEARAGV LAERKALKDA AEHRELMAWN QAENRRLHEL RIARLRQEER EQEQRQALEQ ARKAEEVQAW AQRKEREVLQ L QEEVKNFI ...文字列:
MLRALSRLGA GTPCRPRAPL VLPARGRKTR HDPLAKSKIE RVNMPPAVDP AEFFVLMERY QHYRQTVRAL RMEFVSEVQR KVHEARAGV LAERKALKDA AEHRELMAWN QAENRRLHEL RIARLRQEER EQEQRQALEQ ARKAEEVQAW AQRKEREVLQ L QEEVKNFI TRENLEARVE AALDSRKNYN WAITREGLVV RPQRRDS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS26

+
分子 #26: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.669262 KDa
配列文字列: MAASIVRRGM LLARQVVLPQ LSPAGKRYLL SSAYVDSHKW EAREKEHYCL ADLASLMDKT FERKLPVSSL TISRLIDNIS SREEIDHAE YYLYKFRHSP NCWYLRNWTI HTWIRQCLKY DAQDKALYTL VNKVQYGIFP DNFTFNLLMD SFIKKENYKD A LSVVFEVM ...文字列:
MAASIVRRGM LLARQVVLPQ LSPAGKRYLL SSAYVDSHKW EAREKEHYCL ADLASLMDKT FERKLPVSSL TISRLIDNIS SREEIDHAE YYLYKFRHSP NCWYLRNWTI HTWIRQCLKY DAQDKALYTL VNKVQYGIFP DNFTFNLLMD SFIKKENYKD A LSVVFEVM MQEAFEVPST QLLSLYVLFH CLAKKTDFSW EEERNFGASL LLPGLKQKNS VGFSSQLYGY ALLGKVELQQ GL RAVYHNM PLIWKPGYLD RALQVMEKVA ASPEDIKLCR EALDVLGAVL KALTSADGAS EEQSQNDEDN QGSEKLVEQL DIE ETEQSK LPQYLERFKA LHSKLQALGK IESEGLLSLT TQLVKEKLST CEAEDIATYE QNLQQWHLDL VQLIQREQQQ REQA KQEYQ AQKAAKASA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS27

+
分子 #27: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.878846 KDa
配列文字列:
MAALCRTRAV AAESHFLRVF LFFRPFRGVG TESGSESGSS NAKEPKTRAG GFASALERHS ELLQKVEPLQ KGSPKNVESF ASMLRHSPL TQMGPAKDKL VIGRIFHIVE NDLYIDFGGK FHCVCRRPEV DGEKYQKGTR VRLRLLDLEL TSRFLGATTD T TVLEANAV LLGIQESKDS RSKEEHHEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS1m

+
分子 #28: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.634406 KDa
配列文字列: MMLKGITRLI SRIHKLDPGR FLHMGTQARQ SIAAHLDNQV PVESPRAISR TNENDPAKHG DQHEGQHYNI SPQDLETVFP HGLPPRFVM QVKTFSEACL MVRKPALELL HYLKNTSFAY PAIRYLLYGE KGTGKTLSLC HVIHFCAKQD WLILHIPDAH L WVKNCRDL ...文字列:
MMLKGITRLI SRIHKLDPGR FLHMGTQARQ SIAAHLDNQV PVESPRAISR TNENDPAKHG DQHEGQHYNI SPQDLETVFP HGLPPRFVM QVKTFSEACL MVRKPALELL HYLKNTSFAY PAIRYLLYGE KGTGKTLSLC HVIHFCAKQD WLILHIPDAH L WVKNCRDL LQSSYNKQRF DQPLEASTWL KNFKTTNERF LNQIKVQEKY VWNKRESTEK GSPLGEVVEQ GITRVRNATD AV GIVLKEL KRQSSLGMFH LLVAVDGINA LWGRTTLKRE DKSPIAPEEL ALVHNLRKMM KNDWHGGAIV SALSQTGSLF KPR KAYLPQ ELLGKEGFDA LDPFIPILVS NYNPKEFESC IQYYLENNWL QHEKAPTEEG KKELLFLSNA NPSLLERHCA YL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

+
分子 #29: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.391473 KDa
配列文字列: MFPRVSTFLP LRPLSRHPLS SGSPETSAAA IMLLTVRHGT VRYRSSALLA RTKNNIQRYF GTNSVICSKK DKQSVRTEET SKETSESQD SEKENTKKDL LGIIKGMKVE LSTVNVRTTK PPKRRPLKSL EATLGRLRRA TEYAPKKRIE PLSPELVAAA S AVADSLPF ...文字列:
MFPRVSTFLP LRPLSRHPLS SGSPETSAAA IMLLTVRHGT VRYRSSALLA RTKNNIQRYF GTNSVICSKK DKQSVRTEET SKETSESQD SEKENTKKDL LGIIKGMKVE LSTVNVRTTK PPKRRPLKSL EATLGRLRRA TEYAPKKRIE PLSPELVAAA S AVADSLPF DKQTTKSELL SQLQQHEEES RAQRDAKRPK ISFSNIISDM KVARSATARV RSRPELRIQF DEGYDNYPGQ EK TDDLKKR KNIFTGKRLN IFDMMAVTKE APETDTSPSL WDVEFAKQLA TVNEQPLQNG FEELIQWTKE GKLWEFPINN EAG FDDDGS EFHEHIFLEK HLESFPKQGP IRHFMELVTC GLSKNPYLSV KQKVEHIEWF RNYFNEKKDI LKESNIQFN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS31

+
分子 #30: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.657776 KDa
配列文字列:
MSSLSEYAFR MSRLSARLFG EVTRPTNSKS MKVVKLFSEL PLAKKKETYD WYPNHHTYAE LMQTLRFLGL YRDEHQDFMD EQKRLKKLR GKEKPKKGEG KRAAKRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS33

+
分子 #31: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial

分子名称: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.417434 KDa
配列文字列: MWAAAGGLWR SRAGLRALFR SRDAALFPGC ERGLHCSAVS CKNWLKKFAS KTKKKVWYES PSLGSHSTYK PSKLEFLMRS TSKKTRKED HARLRALNGL LYKALTDLLC TPEVSQELYD LNVELSKVSL TPDFSACRAY WKTTLSAEQN AHMEAVLQRS A AHMRHLLM ...文字列:
MWAAAGGLWR SRAGLRALFR SRDAALFPGC ERGLHCSAVS CKNWLKKFAS KTKKKVWYES PSLGSHSTYK PSKLEFLMRS TSKKTRKED HARLRALNGL LYKALTDLLC TPEVSQELYD LNVELSKVSL TPDFSACRAY WKTTLSAEQN AHMEAVLQRS A AHMRHLLM SQQTLRNVPP IVFVQDKGNA ALAELDQLLA VADFGPRDER DNFVQNDFRD PDAPQPCGTT EPTTSSSLCG ID HEALNKQ IMEYKRRKDK GLGGLVWQGQ VAELTTQMKK GRKRAKPRLE QDSSLKSYLS GEEVEDDLDL VGAPEYECYA PDT EELEAE RGGGRTEDGH SCGASRE

UniProtKB: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial

+
分子 #32: 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase

分子名称: 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.18402 KDa
配列文字列: MLRYPYFCRM YKECLSCWLE SGIPNLGVWP NRIHTTAEKY REYEAREQTD QTQAQELHRS QDRDFETMAK LHIPVMVDEV VHCLSPQKG QIFLDMTFGS GGHTKAILQK ESDIVLYALD RDPTAYALAE HLSELYPKQI RAMLGQFSQA EALLMKAGVQ P GTFDGVLM ...文字列:
MLRYPYFCRM YKECLSCWLE SGIPNLGVWP NRIHTTAEKY REYEAREQTD QTQAQELHRS QDRDFETMAK LHIPVMVDEV VHCLSPQKG QIFLDMTFGS GGHTKAILQK ESDIVLYALD RDPTAYALAE HLSELYPKQI RAMLGQFSQA EALLMKAGVQ P GTFDGVLM DLGCSSMQLD TPERGFSLRK DGPLDMRMDG GRYPDMPTAA DVVNALDQQA LASILRTYGE EKHAKKIASA IV QARSIYP ITRTQQLASI VAGAFPPSAI YTRKDLLQRS THIATKTFQA LRIFVNNELN ELYTGLKTAQ KFLRPGGRLV ALS FHSLED RIVKRFLLGI SMTERFNLSV RQQVMKTSQL GSDHENTEEV SMRRAPLMWE LIHKKVLSPQ DQDVQDNPRG RSAK LRAAI KL

UniProtKB: 12S rRNA N(4)-cytidine methyltransferase METTL15

+
分子 #5: 12S mitochondrial rRNA

分子名称: 12S mitochondrial rRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 306.449312 KDa
配列文字列: AAUAGGUUUG GUCCUAGCCU UUCUAUUAGC UCUUAGUAAG AUUACACAUG CAAGCAUCCC CGUUCCAGUG AGUUCACCCU CUAAAUCAC CACGAUCAAA AGGGACAAGC AUCAAGCACG CAGCAAUGCA GCUCAAAACG CUUAGCCUAG CCACACCCCC A CGGGAAAC ...文字列:
AAUAGGUUUG GUCCUAGCCU UUCUAUUAGC UCUUAGUAAG AUUACACAUG CAAGCAUCCC CGUUCCAGUG AGUUCACCCU CUAAAUCAC CACGAUCAAA AGGGACAAGC AUCAAGCACG CAGCAAUGCA GCUCAAAACG CUUAGCCUAG CCACACCCCC A CGGGAAAC AGCAGUGAUU AACCUUUAGC AAUAAACGAA AGUUUAACUA AGCUAUACUA ACCCCAGGGU UGGUCAAUUU CG UGCCAGC CACCGCGGUC ACACGAUUAA CCCAAGUCAA UAGAAGCCGG CGUAAAGAGU GUUUUAGAUC ACCCCCUCCC CAA UAAAGC UAAAACUCAC CUGAGUUGUA AAAAACUCCA GUUGACACAA AAUAGACUAC GAAAGUGGCU UUAACAUAUC UGAA CACAC AAUAGCUAAG ACCCAAACUG GGAUUAGAUA CCCCACUAUG CUUAGCCCUA AACCUCAACA GUUAAAUCAA CAAAA CUGC UCGCCAGAAC ACUACGAGCC ACAGCUUAAA ACUCAAAGGA CCUGGCGGUG CUUCAUAUCC CUCUAGAGGA GCCUGU UCU GUAAUCGAUA AACCCCGAUC AACCUCACCA CCUCUUGCUC AGCCUAUAUA CCGCCAUCUU CAGCAAACCC UGAUGAA GG CUACAAAGUA AGCGCAAGUA CCCACGUAAA GACGUUAGGU CAAGGUGUAG CCCAUGAGGU GGCAAGAAAU GGGCUACA U UUUCUACCCC AGAAAACUAC GAUAGCCCUU AUGAAACUUA AGGGUCGAAG GUGGAUUUAG CAGUAAACUG AGAGUAGAG UGCUUAGUUG AACAGGGCCC UGAAGCGCGU ACACACCGCC CGUCACCCUC CUCAAGUAUA CUUCAAAGGA CAUUUAACUA AAACCCCUA CGCAUUUAUA UAGAGGAGAC AAGUCGUAAC AUGGUAAGUG UACUGGAAAG UGCACUUGGA CGAACC

GENBANK: GENBANK: MN849517.1

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 23 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #35: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #36: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #37: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #38: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #39: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

分子名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: SAH
分子量理論値: 384.411 Da
Chemical component information

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes-HCl
100.0 mMPotassium chlorideKCl
20.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
0.02 %DDM
1.0 mMPMSF
1.0 Xprotease-inhibitor mix
0.5 mMGMP-PNP

詳細: 20mM HEPES-HCl, 100mM KCl, 20mM MgCl2, 0.02% DDM, 1mM PMSF, 1x protease-inhibitor mix, 0.5mM GMP-PNP
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: The grid was precoated with a 2-3 nm carbon layer.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was crosslinked with 0.15% glutaraldehyde for 10 min on ice. The reaction was stopped by adding 50 mM lysine pH 7.5 and 50 mM aspartate pH 7.5, and subsequently desalted against the final buffer prior to vitrification.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5730547
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio reconstruction after 2D classification
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1.) / 使用した粒子像数: 80994
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 77919 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7po1

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: M, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: N, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: O, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: P, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: Q, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

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7po1

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7po1

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7po1

chain_id: U, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: V, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: W, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: X, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

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7po1

chain_id: Z, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

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7po1

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7po1

chain_id: 3, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7po1

chain_id: 4, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8csr

chain_id: a, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7pnx

chain_id: b, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9g5c:
Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State B)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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