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万見
- EMDB-50613: PF30S ribosomal subunit - control -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50613
タイトルPF30S ribosomal subunit - control
マップデータ
試料
  • 複合体: PF30S control
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
    • RNA: x 1種
キーワードPyrococcus furiosus / ribosomal subunit / dimerization / anti-association / ribosome-associated protein / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea ...Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4 ...RNA-binding protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS27
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hassan AH / Demo G
資金援助 チェコ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLL2008 チェコ
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Novel archaeal ribosome dimerization factor facilitating unique 30S-30S dimerization.
著者: Ahmed H Hassan / Matyas Pinkas / Chiaki Yaeshima / Sonoko Ishino / Toshio Uchiumi / Kosuke Ito / Gabriel Demo /
要旨: Protein synthesis (translation) consumes a substantial proportion of cellular resources, prompting specialized mechanisms to reduce translation under adverse conditions. Ribosome inactivation often ...Protein synthesis (translation) consumes a substantial proportion of cellular resources, prompting specialized mechanisms to reduce translation under adverse conditions. Ribosome inactivation often involves ribosome-interacting proteins. In both bacteria and eukaryotes, various ribosome-interacting proteins facilitate ribosome dimerization or hibernation, and/or prevent ribosomal subunits from associating, enabling the organisms to adapt to stress. Despite extensive studies on bacteria and eukaryotes, understanding factor-mediated ribosome dimerization or anti-association in archaea remains elusive. Here, we present cryo-electron microscopy structures of an archaeal 30S dimer complexed with an archaeal ribosome dimerization factor (designated aRDF), from Pyrococcus furiosus, resolved at a resolution of 3.2 Å. The complex features two 30S subunits stabilized by aRDF homodimers in a unique head-to-body architecture, which differs from the disome architecture observed during hibernation in bacteria and eukaryotes. aRDF interacts directly with eS32 ribosomal protein, which is essential for subunit association. The binding mode of aRDF elucidates its anti-association properties, which prevent the assembly of archaeal 70S ribosomes.
履歴
登録2024年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50613.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 512 pix.
= 400.896 Å		0.78 Å/pix.
x 512 pix.
= 400.896 Å		0.78 Å/pix.
x 512 pix.
= 400.896 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.783 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-3.0953608 - 13.464532
平均 (標準偏差)0.009450952 (±0.7312878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 400.896 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50613_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50613_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PF30S control

全体名称: PF30S control
要素
  • 複合体: PF30S control
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL8
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS6
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS24
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS31
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS27
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS28

+
超分子 #1: PF30S control

超分子名称: PF30S control / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 850 KDa

+
分子 #1: RNA-binding protein

分子名称: RNA-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 6.824008 KDa
配列文字列:
MVEMKFEIPV CTSCGREITP REHATHFICP NCGEAVIWRC ESCRVLAKPY KCPNCGWEGP

UniProtKB: RNA-binding protein

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein eS32

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 5.023395 KDa
配列文字列:
MKRRPRKWKK KGRMRWKWIK KRIRRLKRQR KKERGLI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein eL8

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 13.414664 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPKELAEKAL QAVEIARDTG KIRKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYIYV PSKKELGAA AGIEVAAASV AIIEPGKARD LVEEIAMKVK ELMK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 23.039861 KDa
配列文字列: MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA KFEPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVLIVTD PRADHQAMRE AVEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY ...文字列:
MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA KFEPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVLIVTD PRADHQAMRE AVEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY WILAREILYN RGEIQSREDF KIPVEEFEMK IVRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 23.464352 KDa
配列文字列: MAIERYFIRE AVREMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYAALRA IMNNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSIRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ...文字列:
MAIERYFIRE AVREMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYAALRA IMNNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSIRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ALLKLGVIGV KVAIMPPGAR LPDEIEIIEK PVEEEVVSNE AE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 22.984107 KDa
配列文字列: MAAKRATTTR DKWKLKQWYI IYAPDFFGGV EVGLTPADDP EKVLNRVVEV TLKDVTGDFT KSHVKLYFQV YDVKGQNAYT KFKGMKLAR SYIRSLVRRK TTRIDGIFNI TTKDGYKLRV MAMAIAMRRI QTSQERAIRK IMQEIIYKKA EELNFKDFVL E SVNGKIAA ...文字列:
MAAKRATTTR DKWKLKQWYI IYAPDFFGGV EVGLTPADDP EKVLNRVVEV TLKDVTGDFT KSHVKLYFQV YDVKGQNAYT KFKGMKLAR SYIRSLVRRK TTRIDGIFNI TTKDGYKLRV MAMAIAMRRI QTSQERAIRK IMQEIIYKKA EELNFKDFVL E SVNGKIAA EIAKEAKKIY PLRKAEIRKI KVLEEPQVIA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 21.38191 KDa
配列文字列:
MGDPKRQRKK YETPPHPWIK ERLDRERVLM DKYELKNKKE LWKHETQLKN FRRRARRLLA ARGKQAEIER EQLLARLKRL GLLPEDAVL DDVLSLTIED ILERRLQTIV YKKGLARTMR QARQLIVHGH IEVNGQIIRS PSYLVLKEEE DTITYARTSP F ANPQHPER MMIEKAKQGG EA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein eS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 28.197023 KDa
配列文字列: MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEDE AFIKPLRIRN KRMIKGARVQ LNFHDGTNHI VSIAEKDNYF T SYTVLMKV ...文字列:
MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEDE AFIKPLRIRN KRMIKGARVQ LNFHDGTNHI VSIAEKDNYF T SYTVLMKV PEREILEVLP FEKGAYVFVT QGKNVARKGR IVEIKRFPMG WPDVVTIEDE EGELFDTLKE YAFVVGTDKP KI SLP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 26.590891 KDa
配列文字列: MSQEWKEYAK RVLDEWEPKT KLGMMVKEGQ ITDIHEIFRR GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEVLDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGKEVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFAVEGKE GSVRVRLIPG P RGLGLVIG ...文字列:
MSQEWKEYAK RVLDEWEPKT KLGMMVKEGQ ITDIHEIFRR GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEVLDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGKEVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFAVEGKE GSVRVRLIPG P RGLGLVIG DVGKKILRLA GVQDVWSQTF GETRTTVNFA KAVFNALYNT NRVAISPEMI ERYGIVVGRA MPTTFTLE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein eS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 14.00233 KDa
配列文字列:
MATFKLVISD PKSGIAKQVE ITGAETEKLI GKRIGDQIPA KELNINLNEL FGKEFPEDVK LEIRGGTDKD GFPMRPDIHG PRRVRVLLS KGPGFRPKEK GERRKKTVRG NTISPEIVQV NVKLVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 24.701791 KDa
配列文字列: MAKPLNERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEQRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ...文字列:
MAKPLNERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEQRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ASAKCYRNKM SFAEALAEEI ILAANKDPKS YAYSKKLEIE RIAESSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 14.684174 KDa
配列文字列:
MTLLDPLANA LSHITNSERV GKREVYIKPA SKLIGEVLRV MQKYGYIGEF EFIDDGRAGV YRVQLLGRIN KAGAIKPRFP VKVSEFEKW EKRFLPAFEF GILIVSTSQG VMSHKEAIEK GIGGRLIAYV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein eS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 14.293733 KDa
配列文字列:
MAIWQGRSLK KPSGGRIVLA RKKRKRELGR EPSNTRVAEQ DKRKIIRTYG GNRKVRLTAA AYANVFDKSG KGRKVRIIRV IENPANRQF ARRNIITKGA IIETEIGKAK VTSRPGQDGV VNAILLEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 15.317932 KDa
配列文字列:
MRIIQTTGKR KTAIARAVIR EGKGRVRING KPVEIIEPEI ARFTILEPLI LAGEEIWNSV DIDVKVEGGG FMGQAEAARM AIARALVEW TGDMSLKEKF MKYDRTMLVG DPRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 11.769689 KDa
配列文字列:
MQKARIKIAS TNVRSLDEVA NQIKQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRITTR KSPDGEGSAT FDRWELRVHK RLIDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 14.75695 KDa
配列文字列:
MSEEQVNIKK KEKWGIAHIY SSFNNTIIHI TDITGAETIS RWSGGMVVKA DRDEPSPYAA MLAARRAAEE ALEKGIVGVH IRVRAPGGS KSKTPGPGAQ AAIRALARAG LKIGRVEDVT PIPHDGTRPK GGRRGRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 16.477621 KDa
配列文字列:
MPGKKAPNGE FAGRKLKLKR KKFRWSDIRY KRRVLRLKEK SDPLEGAPQA RGIVLEKIAV EAKQPNSGMR KAVRVQLIKN GKVVTAFCP GDGAIKFIDE HDEVIIEGIG GPKGGSMGDI PGIRYKVVKV NRVSLKELVK GRKEKPRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 16.948904 KDa
配列文字列:
MANFRHIVRV AGVDLDGNKQ LRWALTAIKG IGINFATMVC RVAGLDPFMK AGYLTDEQVK KIEEILADPV AHGIPRWAVN RPKDYETGR DLHLITAKLD MAIREDIMRL RRIRAYRGIR HELGLPVRGQ RTRSNFRRGQ TVGVSRKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #20: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 6.634046 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CIRCGQYGPI IRIQGLMLCR HCFREVAPKL GFRKYE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #21: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 18.640025 KDa
配列文字列:
MARMHARKRG KSGSKRPPRT APPIWVEYTV EEIENLVVKL RKEGYSTAMI GTILRDQYGI PSVKLFKDPD NPNRNLTITR ILEKHGLAP EIPEDLMFLI RRAVNLRKHL EQHPKDLHSM RGLQLIESKI RRLVKYYKRK GKLPKNWRYD PETAKLLVR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #22: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 13.296521 KDa
配列文字列:
MMRDIGLRVQ PPAEKCDDPK CPWHGNLKIH GRVFEGIVVS DKPRKTVTVE RQYYFYLNKY ERYELRRSKI HAHNPPCINA KVGDKVLIA ETRPLSKTKH FVVVAVLERA EERR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #23: Small ribosomal subunit protein eS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 7.942465 KDa
配列文字列:
MGKIRQGFIK RVARELVNKY PNEFTTDFEH NKKKVQELTN VTSKKIRNRI AGYVTKLVRM KMEGKIL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #24: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 15.357399 KDa
配列文字列:
MARKEFRYRG YTLEQLMNMS LEELARLFPA RQRRSLKRGL TPEQKKLLRK IRLAKKGKYK KPIRTHCRDM IILPEMVGLT IYVHNGKEF VPVEIKPEMI GHYLGEFAPT RKKVEHGAPG VGATRSSMFV AVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #25: Small ribosomal subunit protein eS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 17.394236 KDa
配列文字列:
MATVYDVPGD LLVERVAQRL KEIPEIKPPE WAPFVKTGRH KERLPEQEDW WYYRVASILR RVYLDGPVGI ERLRTYYGGR KNRGHAPEK FYKAGGSIIR KALQQLEAAG FVEKVPGKGR VITPKGRSFL DKIATELKKE LEEIIPELKK Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #26: Small ribosomal subunit protein eS24

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 11.698564 KDa
配列文字列:
MEIRIKEIKE NKLIGRKEIY FEIYHPGEPT PSRKDVKGKL VAMLDLNPET TVIQYIRSYF GSYISKGYAK AYDSKERMLY IEPEYILIR DGLIEKKEGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #27: Small ribosomal subunit protein eS31

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 5.864958 KDa
配列文字列:
MGQKWKLYEI KDGKVIRKNK FCPRCGPGVF MADHGDRWAC GKCGYTEWKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS31

+
分子 #28: Small ribosomal subunit protein eS27

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 6.888388 KDa
配列文字列:
MAKPIIPMPR SRFLRVKCID CGNEQIVFSH PATKVRCLIC GATLVEPTGG KGIVKAKILE VLE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #29: Small ribosomal subunit protein eS28

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 8.116332 KDa
配列文字列:
MAEDEGYPAE VIEIIGRTGT TGDVTQVKVR ILEGRDKGRV IRRNVRGPVR IGDILILRET EREAREIKSR R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #4: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 485.4555 KDa
配列文字列: AUUCCGGUUG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC CGACUAAGCC AUGCGAGUCA AGGGGGCGUC CCUUCUGGGA CGCCACCGG CGGACGGCUC AGUAACACGU CGGUAACCUA CCCUCGGGAG GGGGAUAACC CCGGGAAACU GGGGCUAAUC C CCCAUAGG ...文字列:
AUUCCGGUUG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC CGACUAAGCC AUGCGAGUCA AGGGGGCGUC CCUUCUGGGA CGCCACCGG CGGACGGCUC AGUAACACGU CGGUAACCUA CCCUCGGGAG GGGGAUAACC CCGGGAAACU GGGGCUAAUC C CCCAUAGG CCUGGGGUAC UGGAAGGUCC CCAGGCCGAA AGGGAGCCGU AAGGCCCGCC CGAGGAUGCG GCGGCGGCCG AU UAGGUAG UUGGUGGGGU AACGGCCCAC CAAGCCGAAG AUCGGUACGG GCCGUGAGAG CGGGAGCCCG GAGAUGGACA CUG AGACAC GGGUCCAGGC CCUACGGGGC GCAGCAGGCG CGAAACCUCC GCAAUGCGGG AAACCGCGAC GGGGGGACCC CCAG UGCCG UGCCUCUGGC ACGGCUUUUC CGGAGUGUAA AAAGCUCCGG GAAUAAGGGC UGGGCAAGGC CGGUGGCAGC CGCCG CGGU AAUACCGGCG GCCCGAGUGG UGGCCACUAU UAUUGGGCCU AAAGCGGCCG UAGCCGGGCC CGUAAGUCCC UGGCGA AAU CCCACGGCUC AACCGUGGGG CUCGCUGGGG AUACUGCGGG CCUUGGGACC GGGAGAGGCC GGGGGUACCC CCGGGGU AG GGGUGAAAUC CUAUAAUCCC GGGGGGACCG CCAGUGGCGA AGGCGCCCGG CUGGAACGGG UCCGACGGUG AGCGCGGA A GGCCAGGGGA GCGAACCGGA UUAGAUACCC GGGUAGUCCU GGCUGUAAAG GAUGCGGGCU AGGUGUCGGG CGAGCUUCG AGCUCGCCCG GUGCCGUAGG GAAGCCGUUA AGCCCGCCGC CUGGGGAGUA CGGCCGCAAG GCUGAAACUU AAAGGAAUUG GCGGGGGAG CACUACAAGG GGUGGAGCGU GCGGUUUAAU UGGAUUCAAC GCCGGGAACC UCACCGGGGG CGACGGCAGG A UGAAGGCC AGGCUGAAGG UCUUGCCGGA CGCGCCGAGA GGAGGUGCAU GGCCGCCGUC AGCUCGUACC GUGAGGCGUC CA CUUAAGU GUGGUAACGA GCGAGACCCG CGCCCCCAGU UGCCAGUCCC UCCCGCUCGG GAGGAGGCAC UCUGGGGGGA CUG CCGGCG AUAAGCCGGA GGAAGGGGCG GGCGACGGUA GGUCAGUAUG CCCCGAAACC CCCGGGCUAC ACGCGCGCUA CAAU GGGCG GGACAAUGGG ACCCGACCUC GAAAGGGGAA GGGAAUCCCC UAAACCCGCC CUCAGUUCGG AUCGCGGGCU GCAAC UCGC CCGCGUGAAG CUGGAAUCCC UAGUACCCGC GUGUCAUCAU CGCGCGGCGA AUACGUCCCU GCUCCUUGCA CACACC GCC CGUCACUCCA CCCGAGCGGA GUCCGGGUGA GGCCUGAUCU CCUUCGGGAG GUCAGGUCGA GCCCGGGCUC CGUGAGG GG GGAGAAGUCG UAACAAGGUA ACCGUAGGGG AACCUACGGC UCGAUCACCU CCU

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES-KOHHEPES-KOH
12.0 mMMgCl2magnesium chloride
100.0 mMNH4Clamonium chloride
0.5 mMEDTAEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.6 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6697 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 274032
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v6u

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 25356
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4v6u

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7zhg

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: ITasser, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9fo0:
PF30S ribosomal subunit - control

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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