[日本語] English
万見
- PDB-9fny: PF30S-PF30S dimer mediated by aRDF from P. furiosus (Structure I) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fny
タイトルPF30S-PF30S dimer mediated by aRDF from P. furiosus (Structure I)
要素
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 26
  • 16S rRNA
  • Archaeal Ribosome Dimerizing Factor (aRDF)
  • Large ribosomal subunit protein eL8
  • RNA-binding protein
キーワードTRANSLATION / Pyrococcus furiosus / ribosomal subunit / dimerization / anti-association / ribosome-associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea ...Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RNA-binding protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RNA-binding protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS27
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hassan, A.H. / Demo, G.
資金援助 チェコ, European Union, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLL2008 チェコ
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Novel archaeal ribosome dimerization factor facilitating unique 30S-30S dimerization.
著者: Ahmed H Hassan / Matyas Pinkas / Chiaki Yaeshima / Sonoko Ishino / Toshio Uchiumi / Kosuke Ito / Gabriel Demo /
要旨: Protein synthesis (translation) consumes a substantial proportion of cellular resources, prompting specialized mechanisms to reduce translation under adverse conditions. Ribosome inactivation often ...Protein synthesis (translation) consumes a substantial proportion of cellular resources, prompting specialized mechanisms to reduce translation under adverse conditions. Ribosome inactivation often involves ribosome-interacting proteins. In both bacteria and eukaryotes, various ribosome-interacting proteins facilitate ribosome dimerization or hibernation, and/or prevent ribosomal subunits from associating, enabling the organisms to adapt to stress. Despite extensive studies on bacteria and eukaryotes, understanding factor-mediated ribosome dimerization or anti-association in archaea remains elusive. Here, we present cryo-electron microscopy structures of an archaeal 30S dimer complexed with an archaeal ribosome dimerization factor (designated aRDF), from Pyrococcus furiosus, resolved at a resolution of 3.2 Å. The complex features two 30S subunits stabilized by aRDF homodimers in a unique head-to-body architecture, which differs from the disome architecture observed during hibernation in bacteria and eukaryotes. aRDF interacts directly with eS32 ribosomal protein, which is essential for subunit association. The binding mode of aRDF elucidates its anti-association properties, which prevent the assembly of archaeal 70S ribosomes.
履歴
登録2024年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: RNA-binding protein
A2: Small ribosomal subunit protein eS32
A3: Archaeal Ribosome Dimerizing Factor (aRDF)
A4: Archaeal Ribosome Dimerizing Factor (aRDF)
A5: Large ribosomal subunit protein eL8
AA: 16S rRNA
AB: Small ribosomal subunit protein uS2
AC: Small ribosomal subunit protein uS3
AD: Small ribosomal subunit protein eS1
AE: Small ribosomal subunit protein uS4
AF: Small ribosomal subunit protein eS4
AG: Small ribosomal subunit protein uS5
AH: Small ribosomal subunit protein eS6
AI: Small ribosomal subunit protein uS7
AJ: Small ribosomal subunit protein uS8
AK: Small ribosomal subunit protein eS8
AL: Small ribosomal subunit protein uS9
AM: Small ribosomal subunit protein uS10
AN: Small ribosomal subunit protein uS11
AO: Small ribosomal subunit protein uS12
AP: Small ribosomal subunit protein uS13
AQ: Small ribosomal subunit protein uS14
AR: Small ribosomal subunit protein uS15
AS: Small ribosomal subunit protein uS17
AT: Small ribosomal subunit protein eS17
AU: Small ribosomal subunit protein uS19
AV: Small ribosomal subunit protein eS19
AW: Small ribosomal subunit protein eS24
AX: Small ribosomal subunit protein eS31
AY: Small ribosomal subunit protein eS27
AZ: Small ribosomal subunit protein eS28
B1: RNA-binding protein
B2: Small ribosomal subunit protein eS32
B3: Archaeal Ribosome Dimerizing Factor (aRDF)
B4: Archaeal Ribosome Dimerizing Factor (aRDF)
B5: Large ribosomal subunit protein eL8
BA: 16S rRNA
BB: Small ribosomal subunit protein uS2
BC: Small ribosomal subunit protein uS3
BD: Small ribosomal subunit protein eS1
BE: Small ribosomal subunit protein uS4
BF: Small ribosomal subunit protein eS4
BG: Small ribosomal subunit protein uS5
BH: Small ribosomal subunit protein eS6
BI: Small ribosomal subunit protein uS7
BJ: Small ribosomal subunit protein uS8
BK: Small ribosomal subunit protein eS8
BL: Small ribosomal subunit protein uS9
BM: Small ribosomal subunit protein uS10
BN: Small ribosomal subunit protein uS11
BO: Small ribosomal subunit protein uS12
BP: Small ribosomal subunit protein uS13
BQ: Small ribosomal subunit protein uS14
BR: Small ribosomal subunit protein uS15
BS: Small ribosomal subunit protein uS17
BT: Small ribosomal subunit protein eS17
BU: Small ribosomal subunit protein uS19
BV: Small ribosomal subunit protein eS19
BW: Small ribosomal subunit protein eS24
BX: Small ribosomal subunit protein eS31
BY: Small ribosomal subunit protein eS27
BZ: Small ribosomal subunit protein eS28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,961,49462
ポリマ－1,961,49462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, na
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 8分子 A1B1A3A4B3B4A5B5

#1: タンパク質 RNA-binding protein


分子量: 6824.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A5C0XRZ8
#3: タンパク質
Archaeal Ribosome Dimerizing Factor (aRDF)


分子量: 34792.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF0560 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3B0
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13414.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U160

+
Small ribosomal subunit protein ... , 26種, 52分子 A2B2ABBBACBCADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJAKBKALBLAMBMANBNAOBO...

#2: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit protein eS32 / 50S ribosomal protein L41e / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 5023.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U232
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 23039.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0F0
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23464.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U004
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 22984.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZE1
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 21381.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: P61993
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4 / 30S ribosomal protein S4e


分子量: 28197.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U011
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5 / PfS5


分子量: 26590.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U017
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6 / 30S ribosomal protein S6e


分子量: 14002.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3H8
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 24701.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0M8
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14684.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U014
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8 / 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14293.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U1Y5
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 15317.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E7
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11769.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: P61885
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 14756.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E3
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 16477.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: P61995
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 16948.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E2
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6634.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U013
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 18640.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZD9
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 13296.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U008
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17 / 30S ribosomal protein S17e


分子量: 7942.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0U1
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 15357.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U002
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 17394.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0T4
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24 / 30S ribosomal protein S24e


分子量: 11698.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U442
#28: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit protein eS31 / 30S ribosomal protein S27ae


分子量: 5864.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U443
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 30S ribosomal protein S27e


分子量: 6888.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U474
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28 / 30S ribosomal protein S28e


分子量: 8116.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U159

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 AABA

#5: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 485455.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌)

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: PF30S-PF30S dimer facilitated by aRDF (Structure I) / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES-KOHHEPES-KOH1
212 mMmagnesium chlorideMgCl21
3100 mMamonium chlorideNH4Cl1
40.5 mMEDTAEDTA1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.6 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11033

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEM1.1.0粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10FREALIGN9.11初期オイラー角割当
11FREALIGN9.11最終オイラー角割当
12FREALIGN9.11分類
13FREALIGN9.11３次元再構成
14PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 792586
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113596 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14V6U

4v6u

14V6U1PDBexperimental model
27ZHG

7zhg

17ZHG2PDBexperimental model
31ITasserin silico model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る