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- EMDB-50584: Cryo-EM structure of the c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex (Bcs... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50584
タイトルCryo-EM structure of the c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex (BcsABR2Q2E2F2G3) for cellulose secretion of E. coli (filtered to 6A)
マップデータCryo-EM map of the assembled c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex of the E. coli Bcs cellulose secretion system (filtered to 6A)
試料
  • 複合体: Purified c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex from E. coli
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
キーワードBacterial cellulose secretion / MEMBRANE PROTEIN
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Anso I / Krasteva PV
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)757507European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for synthase activation and cellulose modification in the E. coli Type II Bcs secretion system.
著者: Itxaso Anso / Samira Zouhir / Thibault Géry Sana / Petya Violinova Krasteva /
要旨: Bacterial cellulosic polymers constitute a prevalent class of biofilm matrix exopolysaccharides that are synthesized by several types of bacterial cellulose secretion (Bcs) systems, which include ...Bacterial cellulosic polymers constitute a prevalent class of biofilm matrix exopolysaccharides that are synthesized by several types of bacterial cellulose secretion (Bcs) systems, which include conserved cyclic diguanylate (c-di-GMP)-dependent cellulose synthase modules together with diverse accessory subunits. In E. coli, the biogenesis of phosphoethanolamine (pEtN)-modified cellulose relies on the BcsRQABEFG macrocomplex, encompassing inner-membrane and cytosolic subunits, and an outer membrane porin, BcsC. Here, we use cryogenic electron microscopy to shed light on the molecular mechanisms of BcsA-dependent recruitment and stabilization of a trimeric BcsG pEtN-transferase for polymer modification, and a dimeric BcsF-dependent recruitment of an otherwise cytosolic BcsERQ regulatory complex. We further demonstrate that BcsE, a secondary c-di-GMP sensor, can remain dinucleotide-bound and retain the essential-for-secretion BcsRQ partners onto the synthase even in the absence of direct c-di-GMP-synthase complexation, likely lowering the threshold for c-di-GMP-dependent synthase activation. Such activation-by-proxy mechanism could allow Bcs secretion system activity even in the absence of substantial intracellular c-di-GMP increase, and is reminiscent of other widespread synthase-dependent polysaccharide secretion systems where dinucleotide sensing and/or synthase stabilization are carried out by key co-polymerase subunits.
履歴
登録2024年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50584.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the assembled c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex of the E. coli Bcs cellulose secretion system (filtered to 6A)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 419.5 Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 419.5 Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 419.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125
最小 - 最大-0.26510385 - 0.7286734
平均 (標準偏差)-0.00044671784 (±0.02919585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 419.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: EM half-map of the assembled c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex...

ファイルemd_50584_half_map_1.map
注釈EM half-map of the assembled c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex of the E. coli Bcs cellulose secretion system (filtered to 6A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half-map of the assembled c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex...

ファイルemd_50584_half_map_2.map
注釈EM half-map of the assembled c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex of the E. coli Bcs cellulose secretion system (filtered to 6A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Purified c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex from E. coli

全体名称: Purified c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex from E. coli
要素
  • 複合体: Purified c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex from E. coli
    • タンパク質・ペプチド: BcsA cellulose synthase
    • タンパク質・ペプチド: BcsB cellulose co-polymerase
    • タンパク質・ペプチド: BcsR essential cellulose secretion regulator
    • タンパク質・ペプチド: BcsR essential cellulose secretion regulator
    • タンパク質・ペプチド: BcsQ essential secretion regulator
    • タンパク質・ペプチド: BcsQ essential secretion regulator
    • タンパク質・ペプチド: BcsB cellulose co-polymerase
    • タンパク質・ペプチド: BcsB cellulose co-polymerase
    • タンパク質・ペプチド: BcsB cellulose co-polymerase
    • タンパク質・ペプチド: BcsB cellulose co-polymerase
    • タンパク質・ペプチド: BcsB cellulose co-polymerase
    • タンパク質・ペプチド: BcsE cellulose secretion enhancer
    • タンパク質・ペプチド: BcsE cellulose secretion enhancer
    • タンパク質・ペプチド: BcsF cellulose secretion enhancer
    • タンパク質・ペプチド: BcsF cellulose secretion enhancer
    • タンパク質・ペプチド: BcsG pEtN-transferase
    • タンパク質・ペプチド: BcsG pEtN-transferase

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超分子 #1: Purified c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex from E. coli

超分子名称: Purified c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex from E. coli
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified c-di-GMP-saturated Bcs macrocomplex from E. coli with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
分子量理論値: 990 KDa

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分子 #1: BcsA cellulose synthase

分子名称: BcsA cellulose synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Purified Bcs macrocomplex with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSILTRWLLI PPVNARLIGR YRDYRRHGAS AFSATLGCFW MILAWIFIPL EHPRWQRIRA EHKNLYPHIN ASRPRPLDPV RYLIQTCWLL IGASRKETPK PRRRAFSGLQ NIRGRYHQWM NELPERVSHK TQHLDEKKEL GHLSAGARRL ILGIIVTFSL ILALICVTQP ...文字列:
MSILTRWLLI PPVNARLIGR YRDYRRHGAS AFSATLGCFW MILAWIFIPL EHPRWQRIRA EHKNLYPHIN ASRPRPLDPV RYLIQTCWLL IGASRKETPK PRRRAFSGLQ NIRGRYHQWM NELPERVSHK TQHLDEKKEL GHLSAGARRL ILGIIVTFSL ILALICVTQP FNPLAQFIFL MLLWGVALIV RRMPGRFSAL MLIVLSLTVS CRYIWWRYTS TLNWDDPVSL VCGLILLFAE TYAWIVLVLG YFQVVWPLNR QPVPLPKDMS LWPSVDIFVP TYNEDLNVVK NTIYASLGID WPKDKLNIWI LDDGGREEFR QFAQNVGVKY IARTTHEHAK AGNINNALKY AKGEFVSIFD CDHVPTRSFL QMTMGWFLKE KQLAMMQTPH HFFSPDPFER NLGRFRKTPN EGTLFYGLVQ DGNDMWDATF FCGSCAVIRR KPLDEIGGIA VETVTEDAHT SLRLHRRGYT SAYMRIPQAA GLATESLSAH IGQRIRWARG MVQIFRLDNP LTGKGLKFAQ RLCYVNAMFH FLSGIPRLIF LTAPLAFLLL HAYIIYAPAL MIALFVLPHM IHASLTNSKI QGKYRHSFWS EIYETVLAWY IAPPTLVALI NPHKGKFNVT AKGGLVEEEY VDWVISRPYI FLVLLNLVGV AVGIWRYFYG PPTEMLTVVV SMVWVFYNLI VLGGAVAVSV ESKQVRRSHR VEMTMPAAIA REDGHLFSCT VQDFSDGGLG IKINGQAQIL EGQKVNLLLK RGQQEYVFPT QVARVMGNEV GLKLMPLTTQ QHIDFVQCTF ARADTWALWQ DSYPEDKPLE SLLDILKLGF RGYRHLAEFA PSSVKGIFRV LTSLVSWVVS FIPRRPERSE TAQPSDQALA QQGSARSSGR TGLEFEEFYP YDVPDYAADY KDDDDKRS

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分子 #2: BcsB cellulose co-polymerase

分子名称: BcsB cellulose co-polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Purified Bcs macrocomplex with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV ...文字列:
MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV RLEFVGHYQD VCENPASTTL WLDVGRSSGL DLTYQTLNVK NDLSHFPVPF FDPRDNRTNT LPMVFAGAPD VGLQQASAIV ASWFGSRSGW RGQNFPVLYN QLPDRNAIVF ATNDKRPDFL RDHPAVKAPV IEMINHPQNP YVKLLVVFGR DDKDLLQAAK GIAQGNILFR GESVVVNEVK PLLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRMD ISLNNQFLQS FNLSSKQEAN RLLLRIPVLQ GLLDGKTDVS IPALKLGATN QLRFDFEYMN PMPGGSVDNC ITFQPVQNHV VIGDDSTIDF SKYYHFIPMP DLRAFANAGF PFSRMADLSQ TITVMPKAPN EAQMETLLNT VGFIGAQTGF PAINLTVTDD GSTIQGKDAD IMIIGGIPDK LKDDKQIDLL VQATESWVKT PMRQTPFPGI VPDESDRAAE TRSTLTSSGA MAAVIGFQSP YNDQRSVIAL LADSPRGYEM LNDAVNDSGK RATMFGSVAV IRESGINSLR VGDVYYVGHL PWFERLWYAL ANHPILLAVL AAISVILLAW VLWRLLRIIS RRRLNPDNE

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分子 #3: BcsR essential cellulose secretion regulator

分子名称: BcsR essential cellulose secretion regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Purified Bcs macrocomplex with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH HHAAGSNNNE PDTLPDPAIG YIFQNDIVAL KQAFSLPDID YADISQREQL AAALKRWPLL AEFAQQK

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分子 #4: BcsR essential cellulose secretion regulator

分子名称: BcsR essential cellulose secretion regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH HHAAGSNNNE PDTLPDPAIG YIFQNDIVAL KQAFSLPDID YADISQREQL AAALKRWPLL AEFAQQK

+
分子 #5: BcsQ essential secretion regulator

分子名称: BcsQ essential secretion regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Purified Bcs macrocomplex with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAVLGLQGVR GGVGTTTITA ALAWSLQMLG ENVLVVDACP DNLLRLSFNV DFTHRQGWAR AMLDGQDWRD AGLRYTSQLD LLPFGQLSIE EQENPQHWQT RLSDICSGLQ QLKASGRYQW ILIDLPRDAS QITHQLLSLC DHSLAIVNVD ANCHIRLHQQ ALPDGAHILI ...文字列:
MAVLGLQGVR GGVGTTTITA ALAWSLQMLG ENVLVVDACP DNLLRLSFNV DFTHRQGWAR AMLDGQDWRD AGLRYTSQLD LLPFGQLSIE EQENPQHWQT RLSDICSGLQ QLKASGRYQW ILIDLPRDAS QITHQLLSLC DHSLAIVNVD ANCHIRLHQQ ALPDGAHILI NNFRIGSQVQ DDIYQLWLQS QRRLLPMLIH RDEAMAECLA AKQPVGEYRS DALAAEEILT LANWCLLNYS GLKTPVGSKS

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分子 #6: BcsQ essential secretion regulator

分子名称: BcsQ essential secretion regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAVLGLQGVR GGVGTTTITA ALAWSLQMLG ENVLVVDACP DNLLRLSFNV DFTHRQGWAR AMLDGQDWRD AGLRYTSQLD LLPFGQLSIE EQENPQHWQT RLSDICSGLQ QLKASGRYQW ILIDLPRDAS QITHQLLSLC DHSLAIVNVD ANCHIRLHQQ ALPDGAHILI ...文字列:
MAVLGLQGVR GGVGTTTITA ALAWSLQMLG ENVLVVDACP DNLLRLSFNV DFTHRQGWAR AMLDGQDWRD AGLRYTSQLD LLPFGQLSIE EQENPQHWQT RLSDICSGLQ QLKASGRYQW ILIDLPRDAS QITHQLLSLC DHSLAIVNVD ANCHIRLHQQ ALPDGAHILI NNFRIGSQVQ DDIYQLWLQS QRRLLPMLIH RDEAMAECLA AKQPVGEYRS DALAAEEILT LANWCLLNYS GLKTPVGSKS

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分子 #7: BcsB cellulose co-polymerase

分子名称: BcsB cellulose co-polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV ...文字列:
MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV RLEFVGHYQD VCENPASTTL WLDVGRSSGL DLTYQTLNVK NDLSHFPVPF FDPRDNRTNT LPMVFAGAPD VGLQQASAIV ASWFGSRSGW RGQNFPVLYN QLPDRNAIVF ATNDKRPDFL RDHPAVKAPV IEMINHPQNP YVKLLVVFGR DDKDLLQAAK GIAQGNILFR GESVVVNEVK PLLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRMD ISLNNQFLQS FNLSSKQEAN RLLLRIPVLQ GLLDGKTDVS IPALKLGATN QLRFDFEYMN PMPGGSVDNC ITFQPVQNHV VIGDDSTIDF SKYYHFIPMP DLRAFANAGF PFSRMADLSQ TITVMPKAPN EAQMETLLNT VGFIGAQTGF PAINLTVTDD GSTIQGKDAD IMIIGGIPDK LKDDKQIDLL VQATESWVKT PMRQTPFPGI VPDESDRAAE TRSTLTSSGA MAAVIGFQSP YNDQRSVIAL LADSPRGYEM LNDAVNDSGK RATMFGSVAV IRESGINSLR VGDVYYVGHL PWFERLWYAL ANHPILLAVL AAISVILLAW VLWRLLRIIS RRRLNPDNE

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分子 #8: BcsB cellulose co-polymerase

分子名称: BcsB cellulose co-polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV ...文字列:
MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV RLEFVGHYQD VCENPASTTL WLDVGRSSGL DLTYQTLNVK NDLSHFPVPF FDPRDNRTNT LPMVFAGAPD VGLQQASAIV ASWFGSRSGW RGQNFPVLYN QLPDRNAIVF ATNDKRPDFL RDHPAVKAPV IEMINHPQNP YVKLLVVFGR DDKDLLQAAK GIAQGNILFR GESVVVNEVK PLLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRMD ISLNNQFLQS FNLSSKQEAN RLLLRIPVLQ GLLDGKTDVS IPALKLGATN QLRFDFEYMN PMPGGSVDNC ITFQPVQNHV VIGDDSTIDF SKYYHFIPMP DLRAFANAGF PFSRMADLSQ TITVMPKAPN EAQMETLLNT VGFIGAQTGF PAINLTVTDD GSTIQGKDAD IMIIGGIPDK LKDDKQIDLL VQATESWVKT PMRQTPFPGI VPDESDRAAE TRSTLTSSGA MAAVIGFQSP YNDQRSVIAL LADSPRGYEM LNDAVNDSGK RATMFGSVAV IRESGINSLR VGDVYYVGHL PWFERLWYAL ANHPILLAVL AAISVILLAW VLWRLLRIIS RRRLNPDNE

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分子 #9: BcsB cellulose co-polymerase

分子名称: BcsB cellulose co-polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV ...文字列:
MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV RLEFVGHYQD VCENPASTTL WLDVGRSSGL DLTYQTLNVK NDLSHFPVPF FDPRDNRTNT LPMVFAGAPD VGLQQASAIV ASWFGSRSGW RGQNFPVLYN QLPDRNAIVF ATNDKRPDFL RDHPAVKAPV IEMINHPQNP YVKLLVVFGR DDKDLLQAAK GIAQGNILFR GESVVVNEVK PLLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRMD ISLNNQFLQS FNLSSKQEAN RLLLRIPVLQ GLLDGKTDVS IPALKLGATN QLRFDFEYMN PMPGGSVDNC ITFQPVQNHV VIGDDSTIDF SKYYHFIPMP DLRAFANAGF PFSRMADLSQ TITVMPKAPN EAQMETLLNT VGFIGAQTGF PAINLTVTDD GSTIQGKDAD IMIIGGIPDK LKDDKQIDLL VQATESWVKT PMRQTPFPGI VPDESDRAAE TRSTLTSSGA MAAVIGFQSP YNDQRSVIAL LADSPRGYEM LNDAVNDSGK RATMFGSVAV IRESGINSLR VGDVYYVGHL PWFERLWYAL ANHPILLAVL AAISVILLAW VLWRLLRIIS RRRLNPDNE

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分子 #10: BcsB cellulose co-polymerase

分子名称: BcsB cellulose co-polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV ...文字列:
MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV RLEFVGHYQD VCENPASTTL WLDVGRSSGL DLTYQTLNVK NDLSHFPVPF FDPRDNRTNT LPMVFAGAPD VGLQQASAIV ASWFGSRSGW RGQNFPVLYN QLPDRNAIVF ATNDKRPDFL RDHPAVKAPV IEMINHPQNP YVKLLVVFGR DDKDLLQAAK GIAQGNILFR GESVVVNEVK PLLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRMD ISLNNQFLQS FNLSSKQEAN RLLLRIPVLQ GLLDGKTDVS IPALKLGATN QLRFDFEYMN PMPGGSVDNC ITFQPVQNHV VIGDDSTIDF SKYYHFIPMP DLRAFANAGF PFSRMADLSQ TITVMPKAPN EAQMETLLNT VGFIGAQTGF PAINLTVTDD GSTIQGKDAD IMIIGGIPDK LKDDKQIDLL VQATESWVKT PMRQTPFPGI VPDESDRAAE TRSTLTSSGA MAAVIGFQSP YNDQRSVIAL LADSPRGYEM LNDAVNDSGK RATMFGSVAV IRESGINSLR VGDVYYVGHL PWFERLWYAL ANHPILLAVL AAISVILLAW VLWRLLRIIS RRRLNPDNE

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分子 #11: BcsB cellulose co-polymerase

分子名称: BcsB cellulose co-polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV ...文字列:
MKRKLFWICA VAMGMSAFPS FMTQATPATQ PLINAEPAVA AQTEQNPQVG QVMPGVQGAD APVVAQNGPS RDVKLTFAQI APPPGSMVLR GINPNGSIEF GMRSDEVVTK AMLNLEYTPS PSLLPVQSQL KVYLNDELMG VLPVTKEQLG KKTLAQMPIN PLFITDFNRV RLEFVGHYQD VCENPASTTL WLDVGRSSGL DLTYQTLNVK NDLSHFPVPF FDPRDNRTNT LPMVFAGAPD VGLQQASAIV ASWFGSRSGW RGQNFPVLYN QLPDRNAIVF ATNDKRPDFL RDHPAVKAPV IEMINHPQNP YVKLLVVFGR DDKDLLQAAK GIAQGNILFR GESVVVNEVK PLLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRMD ISLNNQFLQS FNLSSKQEAN RLLLRIPVLQ GLLDGKTDVS IPALKLGATN QLRFDFEYMN PMPGGSVDNC ITFQPVQNHV VIGDDSTIDF SKYYHFIPMP DLRAFANAGF PFSRMADLSQ TITVMPKAPN EAQMETLLNT VGFIGAQTGF PAINLTVTDD GSTIQGKDAD IMIIGGIPDK LKDDKQIDLL VQATESWVKT PMRQTPFPGI VPDESDRAAE TRSTLTSSGA MAAVIGFQSP YNDQRSVIAL LADSPRGYEM LNDAVNDSGK RATMFGSVAV IRESGINSLR VGDVYYVGHL PWFERLWYAL ANHPILLAVL AAISVILLAW VLWRLLRIIS RRRLNPDNE

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分子 #12: BcsE cellulose secretion enhancer

分子名称: BcsE cellulose secretion enhancer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12
詳細: Purified Bcs macrocomplex with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASWSHPQFE KGSMRDIVDP VFSIGISSLW DELRHMPAGG VWWFNVDRHE DAISLANQTI ASQAETAHVA VISMDSDPAK IFQLDDSQGP EKIKLFSMLN HEKGLYYLTR DLQCSIDPHN YLFILVCANN AWQNIPAERL RSWLDKMNKW SRLNHCSLLV INPGNNNDKQ ...文字列:
MASWSHPQFE KGSMRDIVDP VFSIGISSLW DELRHMPAGG VWWFNVDRHE DAISLANQTI ASQAETAHVA VISMDSDPAK IFQLDDSQGP EKIKLFSMLN HEKGLYYLTR DLQCSIDPHN YLFILVCANN AWQNIPAERL RSWLDKMNKW SRLNHCSLLV INPGNNNDKQ FSLLLEEYRS LFGLASLRFQ GDQHLLDIAF WCNEKGVSAR QQLSVQQQNG IWTLVQSEEA EIQPRSDEKR ILSNVAVLEG APPLSEHWQL FNNNEVLFNE ARTAQAATVV FSLQQNAQIE PLARSIHTLR RQRGSAMKIL VRENTASLRA TDERLLLACG ANMVIPWNAP LSRCLTMIES VQGQKFSRYV PEDITTLLSM TQPLKLRGFQ KWDVFCNAVN NMMNNPLLPA HGKGVLVALR PVPGIRVEQA LTLCRPNRTG DIMTIGGNRL VLFLSFCRIN DLDTALNHIF PLPTGDIFSN RMVWFEDDQI SAELVQMRLL APEQWGMPLP LTQSSKPVIN AEHDGRHWRR IPEPMRLLDD AVERSS

+
分子 #13: BcsE cellulose secretion enhancer

分子名称: BcsE cellulose secretion enhancer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASWSHPQFE KGSMRDIVDP VFSIGISSLW DELRHMPAGG VWWFNVDRHE DAISLANQTI ASQAETAHVA VISMDSDPAK IFQLDDSQGP EKIKLFSMLN HEKGLYYLTR DLQCSIDPHN YLFILVCANN AWQNIPAERL RSWLDKMNKW SRLNHCSLLV INPGNNNDKQ ...文字列:
MASWSHPQFE KGSMRDIVDP VFSIGISSLW DELRHMPAGG VWWFNVDRHE DAISLANQTI ASQAETAHVA VISMDSDPAK IFQLDDSQGP EKIKLFSMLN HEKGLYYLTR DLQCSIDPHN YLFILVCANN AWQNIPAERL RSWLDKMNKW SRLNHCSLLV INPGNNNDKQ FSLLLEEYRS LFGLASLRFQ GDQHLLDIAF WCNEKGVSAR QQLSVQQQNG IWTLVQSEEA EIQPRSDEKR ILSNVAVLEG APPLSEHWQL FNNNEVLFNE ARTAQAATVV FSLQQNAQIE PLARSIHTLR RQRGSAMKIL VRENTASLRA TDERLLLACG ANMVIPWNAP LSRCLTMIES VQGQKFSRYV PEDITTLLSM TQPLKLRGFQ KWDVFCNAVN NMMNNPLLPA HGKGVLVALR PVPGIRVEQA LTLCRPNRTG DIMTIGGNRL VLFLSFCRIN DLDTALNHIF PLPTGDIFSN RMVWFEDDQI SAELVQMRLL APEQWGMPLP LTQSSKPVIN AEHDGRHWRR IPEPMRLLDD AVERSS

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分子 #14: BcsF cellulose secretion enhancer

分子名称: BcsF cellulose secretion enhancer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: Purified Bcs macrocomplex with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MMTISDIIEI IVVCALIFFP LGYLARHSLR RIRDTLRLFF AKPRYVKPAG TLRRTEKARA TKK

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分子 #15: BcsF cellulose secretion enhancer

分子名称: BcsF cellulose secretion enhancer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MMTISDIIEI IVVCALIFFP LGYLARHSLR RIRDTLRLFF AKPRYVKPAG TLRRTEKARA TKK

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分子 #16: BcsG pEtN-transferase

分子名称: BcsG pEtN-transferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16
詳細: Purified Bcs macrocomplex with stoichiometry BcsA-BcsB6-BcsR2-BcsQ2-BcsE2-BcsF2-BcsG3
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQFTQNTAM PSSLWQYWRG LSGWNFYFLV KFGLLWAGYL NFHPLLNLVF AAFLLMPLPR YSLHRLRHWI ALPIGFALFW HDTWLPGPES IMSQGSQVAG FSTDYLIDLV TRFINWQMIG AIFVLLVAWL FLSQWIRITV FVVAILLWLN VLTLAGPSFS LWPAGQPTTT ...文字列:
MTQFTQNTAM PSSLWQYWRG LSGWNFYFLV KFGLLWAGYL NFHPLLNLVF AAFLLMPLPR YSLHRLRHWI ALPIGFALFW HDTWLPGPES IMSQGSQVAG FSTDYLIDLV TRFINWQMIG AIFVLLVAWL FLSQWIRITV FVVAILLWLN VLTLAGPSFS LWPAGQPTTT VTTTGGNAAA TVAATGGAPV VGDMPAQTAP PTTANLNAWL NNFYNAEAKR KSTFPSSLPA DAQPFELLVI NICSLSWSDI EAAGLMSHPL WSHFDIEFKN FNSATSYSGP AAIRLLRASC GQTSHTNLYQ PANNDCYLFD NLSKLGFTQH LMMGHNGQFG GFLKEVRENG GMQSELMDQT NLPVILLGFD GSPVYDDTAV LNRWLDVTEK DKNSRSATFY NTLPLHDGNH YPGVSKTADY KARAQKFFDE LDAFFTELEK SGRKVMVVVV PEHGGALKGD RMQVSGLRDI PSPSITDVPV GVKFFGMKAP HQGAPIVIEQ PSSFLAISDL VVRVLDGKIF TEDNVDWKKL TSGLHKQHRS PRTQMQ

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分子 #17: BcsG pEtN-transferase

分子名称: BcsG pEtN-transferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQFTQNTAM PSSLWQYWRG LSGWNFYFLV KFGLLWAGYL NFHPLLNLVF AAFLLMPLPR YSLHRLRHWI ALPIGFALFW HDTWLPGPES IMSQGSQVAG FSTDYLIDLV TRFINWQMIG AIFVLLVAWL FLSQWIRITV FVVAILLWLN VLTLAGPSFS LWPAGQPTTT ...文字列:
MTQFTQNTAM PSSLWQYWRG LSGWNFYFLV KFGLLWAGYL NFHPLLNLVF AAFLLMPLPR YSLHRLRHWI ALPIGFALFW HDTWLPGPES IMSQGSQVAG FSTDYLIDLV TRFINWQMIG AIFVLLVAWL FLSQWIRITV FVVAILLWLN VLTLAGPSFS LWPAGQPTTT VTTTGGNAAA TVAATGGAPV VGDMPAQTAP PTTANLNAWL NNFYNAEAKR KSTFPSSLPA DAQPFELLVI NICSLSWSDI EAAGLMSHPL WSHFDIEFKN FNSATSYSGP AAIRLLRASC GQTSHTNLYQ PANNDCYLFD NLSKLGFTQH LMMGHNGQFG GFLKEVRENG GMQSELMDQT NLPVILLGFD GSPVYDDTAV LNRWLDVTEK DKNSRSATFY NTLPLHDGNH YPGVSKTADY KARAQKFFDE LDAFFTELEK SGRKVMVVVV PEHGGALKGD RMQVSGLRDI PSPSITDVPV GVKFFGMKAP HQGAPIVIEQ PSSFLAISDL VVRVLDGKIF TEDNVDWKKL TSGLHKQHRS PRTQMQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 120 mM NaCL 20 mM HEPES pH8 5 mM MgCl2 10 uM ApppCp 4 uM c-di-GMP 0.01% LM-NPG
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purification from solubilized membrane fraction using an anti-FLAG M2 affinity resin

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20022 / 平均電子線量: 49.35 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1359795
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab Initio cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Low-pass filtered for visualization of flexible/lower-resoution features
使用した粒子像数: 357003
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: emd-11836

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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