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- EMDB-50433: Cryo-EM structure of Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Glu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50433
タイトルCryo-EM structure of Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody - Local refinement
マップデータLysozyme:homoDiGb local refinement
試料
  • 複合体: Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody GbLysozyme - one copy
    • タンパク質・ペプチド: anti-Lysozyme Gluebody
    • タンパク質・ペプチド: Lysozyme C
  • リガンド: GLYCEROL
キーワードGluebody / Nanobody / cryo-EM SPA / small protein / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Yi G / Ye M / Mamalis D / Carrique L / Fairhead M / Li H / Duerr K / Zhang P / Sauer DB / von Delft F ...Yi G / Ye M / Mamalis D / Carrique L / Fairhead M / Li H / Duerr K / Zhang P / Sauer DB / von Delft F / Davis BG / Gilbert RJC
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 英国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: Covalently constrained 'Di-Gembodies' enable parallel structure solutions by cryo-EM.
著者: Gangshun Yi / Dimitrios Mamalis / Mingda Ye / Loic Carrique / Michael Fairhead / Huanyu Li / Katharina L Duerr / Peijun Zhang / David B Sauer / Frank von Delft / Benjamin G Davis / Robert J C Gilbert /
要旨: Whilst cryo-electron microscopy(cryo-EM) has become a routine methodology in structural biology, obtaining high-resolution cryo-EM structures of small proteins (<100 kDa) and increasing overall throughput remain challenging. One approach to augment protein size and improve particle alignment involves the use of binding proteins or protein-based scaffolds. However, a given imaging scaffold or linking module may prove inadequate for structure solution and availability of such scaffolds remains limited. Here, we describe a strategy that exploits covalent dimerization of nanobodies to trap an engineered, predisposed nanobody-to-nanobody interface, giving Di-Gembodies as modular constructs created in homomeric and heteromeric forms. By exploiting side-chain-to-side-chain assembly, they can simultaneously display two copies of the same or two distinct proteins through a subunit interface that provides sufficient constraint required for cryo-EM structure determination. We validate this method with multiple soluble and membrane structural targets, down to 14 kDa, demonstrating a flexible and scalable platform for expanded protein structure determination.
履歴
登録2024年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50433.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Lysozyme:homoDiGb local refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.518521 - 2.0506275
平均 (標準偏差)-0.000075123266 (±0.014983202)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 292.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_50433_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_50433_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody GbLysozyme - on...

全体名称: Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody GbLysozyme - one copy
要素
  • 複合体: Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody GbLysozyme - one copy
    • タンパク質・ペプチド: anti-Lysozyme Gluebody
    • タンパク質・ペプチド: Lysozyme C
  • リガンド: GLYCEROL

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超分子 #1: Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody GbLysozyme - on...

超分子名称: Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody GbLysozyme - one copy
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 57 KDa

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分子 #1: anti-Lysozyme Gluebody

分子名称: anti-Lysozyme Gluebody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.863432 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SDVQLVENGG GCVKAGGSLR LSCAASGSTD SIEYMTWFRQ APGKAREGVA ALYTHTGNTY YTDSVKGRFT ISQDKAKNMA YLRMDSVKS EDTAIYTCGA TRKAVPVRFA LDQSSYDYWG QGTQVMVSS

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分子 #2: Lysozyme C

分子名称: Lysozyme C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 14.33116 KDa
配列文字列:
KVFGRCELAA AMKRHGLDNY RGYSLGNWVC AAKFESNFNT QATNRNTDGS TDYGILQINS RWWCNDGRTP GSRNLCNIPC SALLSSDIT ASVNCAKKIV SDGNGMNAWV AWRNRCKGTD VQAWIRGCRL

UniProtKB: Lysozyme C

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分子 #3: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 7 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 233961
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 33720 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6bj2


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9fgy:
Cryo-EM structure of Lysozyme homo-dimer assembled by homo Di-Gluebody - Local refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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