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- EMDB-50294: Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex, focused on Pol II-ELOF1 -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50294
タイトルStructure of Pol II-TC-NER-STK19 complex, focused on Pol II-ELOF1
マップデータsharpened map (deepEMhancer)
試料
  • 複合体: Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, focused on Pol II-ELOF1
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
キーワードTranscription-coupled DNA repair / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase inhibitor activity / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway ...RNA polymerase inhibitor activity / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / chromatin-protein adaptor activity / nuclear lumen / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / site of DNA damage / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / response to UV / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated transcription initiation / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / chromosome / protein-macromolecule adaptor activity / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / protein dimerization activity / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Zinc finger UVSSA-type profile. / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / ENTH/VHS ...UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Zinc finger UVSSA-type profile. / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / ENTH/VHS / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta ...DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / UV-stimulated scaffold protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Lee S-H / Sixma TK
資金援助 オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)TOP 714.017.003 オランダ
Oncode Institute オランダ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: STK19 drives transcription-coupled repair by stimulating repair complex stability, RNA Pol II ubiquitylation, and TFIIH recruitment.
著者: Anisha R Ramadhin / Shun-Hsiao Lee / Di Zhou / Anita Salmazo / Camila Gonzalo-Hansen / Marjolein van Sluis / Cindy M A Blom / Roel C Janssens / Anja Raams / Dick Dekkers / Karel Bezstarosti / ...著者: Anisha R Ramadhin / Shun-Hsiao Lee / Di Zhou / Anita Salmazo / Camila Gonzalo-Hansen / Marjolein van Sluis / Cindy M A Blom / Roel C Janssens / Anja Raams / Dick Dekkers / Karel Bezstarosti / Dea Slade / Wim Vermeulen / Alex Pines / Jeroen A A Demmers / Carrie Bernecky / Titia K Sixma / Jurgen A Marteijn /
要旨: Transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) efficiently eliminates DNA damage that impedes gene transcription by RNA polymerase II (RNA Pol II). TC-NER is initiated by the recognition ...Transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) efficiently eliminates DNA damage that impedes gene transcription by RNA polymerase II (RNA Pol II). TC-NER is initiated by the recognition of lesion-stalled RNA Pol II by CSB, which recruits the CRL4 ubiquitin ligase and UVSSA. RNA Pol II ubiquitylation at RPB1-K1268 by CRL4 serves as a critical TC-NER checkpoint, governing RNA Pol II stability and initiating DNA damage excision by TFIIH recruitment. However, the precise regulatory mechanisms of CRL4 activity and TFIIH recruitment remain elusive. Here, we reveal human serine/threonine-protein kinase 19 (STK19) as a TC-NER factor, which is essential for correct DNA damage removal and subsequent transcription restart. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) studies demonstrate that STK19 is an integral part of the RNA Pol II-TC-NER complex, bridging CSA, UVSSA, RNA Pol II, and downstream DNA. STK19 stimulates TC-NER complex stability and CRL4 activity, resulting in efficient RNA Pol II ubiquitylation and correct UVSSA and TFIIH binding. These findings underscore the crucial role of STK19 as a core TC-NER component.
履歴
登録2024年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50294.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map (deepEMhancer)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.029039634 - 2.0104222
平均 (標準偏差)0.00093140115 (±0.020953694)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50294_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: raw map

ファイルemd_50294_additional_1.map
注釈raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_50294_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_50294_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, focused on Pol II-ELOF1

全体名称: Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, focused on Pol II-ELOF1
要素
  • 複合体: Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, focused on Pol II-ELOF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit RPB7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor 1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: UV-stimulated scaffold protein A
    • DNA: Template strand DNA
    • DNA: Non-template strand DNA
    • RNA: RNA

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超分子 #1: Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, focused on Pol II-ELOF1

超分子名称: Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, focused on Pol II-ELOF1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Focused map contains Pol II, ELOF1 and the C-terminal parts of UVSSA.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTG RCQTCAGNMT ECPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV D SNNPKIKD ILAKSKGQPK KRLTHVYDLC KGKNICEGGE EMDNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTG RCQTCAGNMT ECPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV D SNNPKIKD ILAKSKGQPK KRLTHVYDLC KGKNICEGGE EMDNKFGVEQ PEGDEDLTKE KG HGGCGRY QPRIRRSGLE LYAEWKHVNE DSQEKKILLS PERVHEIFKR ISDEECFVLG MEP RYARPE WMIVTVLPVP PLSVRPAVVM QGSARNQDDL THKLADIVKI NNQLRRNEQN GAAA HVIAE DVKLLQFHVA TMVDNELPGL PRAMQKSGRP LKSLKQRLKG KEGRVRGNLM GKRVD FSAR TVITPDPNLS IDQVGVPRSI AANMTFAEIV TPFNIDRLQE LVRRGNSQYP GAKYII RDN GDRIDLRFHP KPSDLHLQTG YKVERHMCDG DIVIFNRQPT LHKMSMMGHR VRILPWS TF RLNLSVTTPY NADFDGDEMN LHLPQSLETR AEIQELAMVP RMIVTPQSNR PVMGIVQD T LTAVRKFTKR DVFLERGEVM NLLMFLSTWD GKVPQPAILK PRPLWTGKQI FSLIIPGHI NCIRTHSTHP DDEDSGPYKH ISPGDTKVVV ENGELIMGIL CKKSLGTSAG SLVHISYLEM GHDITRLFY SNIQTVINNW LLIEGHTIGI GDSIADSKTY QDIQNTIKKA KQDVIEVIEK A HNNELEPT PGNTLRQTFE NQVNRILNDA RDKTGSSAQK SLSEYNNFKS MVVSGAKGSK IN ISQVIAV VGQQNVEGKR IPFGFKHRTL PHFIKDDYGP ESRGFVENSY LAGLTPTEFF FHA MGGREG LIDTAVKTAE TGYIQRRLIK SMESVMVKYD ATVRNSINQV VQLRYGEDGL AGES VEFQN LATLKPSNKA FEKKFRFDYT NERALRRTLQ EDLVKDVLSN AHIQNELERE FERMR EDRE VLRVIFPTGD SKVVLPCNLL RMIWNAQKIF HINPRLPSDL HPIKVVEGVK ELSKKL VIV NGDDPLSRQA QENATLLFNI HLRSTLCSRR MAEEFRLSGE AFDWLLGEIE SKFNQAI AH PGEMVGALAA QSLGEPATQM TLNTFHYAGV SAKNVTLGVP RLKELINISK KPKTPSLT V FLLGQSARDA ERAKDILCRL EHTTLRKVTA NTAIYYDPNP QSTVVAEDQE WVNVYYEMP DFDVARISPW LLRVELDRKH MTDRKLTMEQ IAEKINAGFG DDLNCIFNDD NAEKLVLRIR IMNSDENKM QEEEEVVDKM DDDVFLRCIE SNMLTDMTLQ GIEQISKVYM HLPQTDNKKK I IITEDGEF KALQEWILET DGVSLMRVLS EKDVDPVRTT SNDIVEIFTV LGIEAVRKAL ER ELYHVIS FDGSYVNYRH LALLCDTMTC RGHLMAITRH GVNRQDTGPL MKCSFEETVD VLM EAAAHG ESDPMKGVSE NIMLGQLAPA GTGCFDLLLD AEKCKYGMEI PTNIPGLGAA GPTG MFFGS APSPMGGISP AMTPWNQGAT PAYGAWSPSV GSGMTPGAAG FSPSAASDAS GFSPG YSPA WSPTPGSPGS PGPSSPYIPS PGGAMSPSYS PTSPAYEPRS PGGYTPQSPS YSPTSP SYS PTSPSYSPTS PNYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSP TS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPS Y SPTSPNYSPT SPNYTPTSPS YSPTSPSYSP TSPNYTPTSP NYSPTSPSYS PTSPSYSPT SPSYSPSSPR YTPQSPTYTP SSPSYSPSSP SYSPTSPKYT PTSPSYSPSS PEYTPTSPKY SPTSPKYSP TSPKYSPTSP TYSPTTPKYS PTSPTYSPTS PVYTPTSPKY SPTSPTYSPT S PKYSPTSP TYSPTSPKGS TYSPTSPGYS PTSPTYSLTS PAISPDDSDE EN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
配列文字列: MKPLRPENPP KAELKGLLFV QQHCKTRLHS VAVTRPRGAA TEESTPKLRM CSTNLSQALA YFRAGANLTA ASLWAGFRGS RRIFWERRKR KSLCLALRPG GACWRWLLAV SCVSLRGLGA PGSCANMYDA DEDMQYDEDD DEITPDLWQE ACWIVISSYF DEKGLVRQQL ...文字列:
MKPLRPENPP KAELKGLLFV QQHCKTRLHS VAVTRPRGAA TEESTPKLRM CSTNLSQALA YFRAGANLTA ASLWAGFRGS RRIFWERRKR KSLCLALRPG GACWRWLLAV SCVSLRGLGA PGSCANMYDA DEDMQYDEDD DEITPDLWQE ACWIVISSYF DEKGLVRQQL DSFDEFIQMS VQRIVEDAPP IDLQAEAQHA SGEVEEPPRY LLKFEQIYLS KPTHWERDGA PSPMMPNEAR LRNLTYSAPL YVDITKTVIK EGEEQLQTQH QKTFIGKIPI MLRSTYCLLN GLTDRDLCEL NECPLDPGGY FIINGSEKVL IAQEKMATNT VYVFAKKDSK YAYTGECRSC LENSSRPTST IWVSMLARGG QGAKKSAIGQ RIVATLPYIK QEVPIIIVFR ALGFVSDRDI LEHIIYDFED PEMMEMVKPS LDEAFVIQEQ NVALNFIGSR GAKPGVTKEK RIKYAKEVLQ KEMLPHVGVS DFCETKKAYF LGYMVHRLLL AALGRRELDD RDHYGNKRLD LAGPLLAFLF RGMFKNLLKE VRIYAQKFID RGKDFNLELA IKTRIISDGL KYSLATGNWG DQKKAHQARA GVSQVLNRLT FASTLSHLRR LNSPIGRDGK LAKPRQLHNT LWGMVCPAET PEGHAVGLVK NLALMAYISV GSQPSPILEF LEEWSMENLE EISPAAIADA TKIFVNGCWV GIHKDPEQLM NTLRKLRRQM DIIVSEVSMI RDIREREIRI YTDAGRICRP LLIVEKQKLL LKKRHIDQLK EREYNNYSWQ DLVASGVVEY IDTLEEETVM LAMTPDDLQE KEVAYCSTYT HCEIHPSMIL GVCASIIPFP DHNQSPRNTY QSAMGKQAMG VYITNFHVRM DTLAHVLYYP QKPLVTTRSM EYLRFRELPA GINSIVAIAS YTGYNQEDSV IMNRSAVDRG FFRSVFYRSY KEQESKKGFD QEEVFEKPTR ETCQGMRHAI YDKLDDDGLI APGVRVSGDD VIIGKTVTLP ENEDELEGTN RRYTKRDCST FLRTSETGIV DQVMVTLNQE GYKFCKIRVR SVRIPQIGDK FASRHGQKGT CGIQYRQEDM PFTCEGITPD IIINPHAIPS RMTIGHLIEC LQGKVSANKG EIGDATPFND AVNVQKISNL LSDYGYHLRG NEVLYNGFTG RKITSQIFIG PTYYQRLKHM VDDKIHSRAR GPIQILNRQP MEGRSRDGGL RFGEMERDCQ IAHGAAQFLR ERLFEASDPY QVHVCNLCGI MAIANTRTHT YECRGCRNKT QISLVRMPYA CKLLFQELMS MSIAPRMMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCTC EEFCPECSVE FTLDVRCNED QTRHVTSRDL ISNSPRVIPV TSRNRDNDPS DYVEQDDILI VKLRKGQELR LRAYAKKGFG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCTC EEFCPECSVE FTLDVRCNED QTRHVTSRDL ISNSPRVIPV TSRNRDNDPS DYVEQDDILI VKLRKGQELR LRAYAKKGFG KEHAKWNPTA GVAFEYDPDN ALRHTVYPKP EEWPKSEYSE LDEDESQAPY DPNGKPERFY YNVESCGSLR PETIVLSALS GLKKKLSDLQ TQLSHEIQSD VLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQK KLHKFELACL ANLCPETAEE SKALIPSLEG RFEDEELQQI LDDIQTKRSF QY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKVY CQRMQEENIT RALIVVQQGM TPSAKQSLVD MAPKYILEQF LQQELLINIT EHELVPEHVV MTKEEVTELL ARYKLRENQL ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKVY CQRMQEENIT RALIVVQQGM TPSAKQSLVD MAPKYILEQF LQQELLINIT EHELVPEHVV MTKEEVTELL ARYKLRENQL PRIQAGDPVA RYFGIKRGQV VKIIRPSETA GRYITYRLVQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDPL LIAMKELKAR KIPIIIRRYL PDGSYEDWGV DELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVVT QVNKVGLFTE IGPMSCFISR HSIPSEMEFD PNSNPPCYKT MDEDIVIQQD DEIRLKIVGT RVDKNDIFAI GSLMDDYLGL VS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFEY VMYGKVYRIE GDETSTEAAT RLSAYVSYGG LLMRLQGDAN NLHGFEVDSR VYLLMKKLAF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKCG HKEAVFFQSH SARAEDAMRL YYVCTAPHCG HRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

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分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTNA ITDLISELSL LEERFRVAIK DKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

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分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

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分子 #13: Transcription elongation factor 1 homolog

分子名称: Transcription elongation factor 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13
詳細: The first two residues (Gly, Ala) are residual residues after TEV protease treatment. ELOF1 sequence starts from residue 3 (Met).
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GAMGRRKSKR KPPPKKKMTG TLETQFTCPF CNHEKSCDVK MDRARNTGVI SCTVCLEEFQ TPITYLSEPV DVYSDWIDAC EAANQ

UniProtKB: Transcription elongation factor 1 homolog

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分子 #14: UV-stimulated scaffold protein A

分子名称: UV-stimulated scaffold protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: The construct contains a His tag at the N-terminus / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLELT LGTDPAQPLP PPREAAQRLR QATTRAVEGW NEKFGEAYKK LALGYHFLRH NKKVDFQDTN ...文字列:
MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLELT LGTDPAQPLP PPREAAQRLR QATTRAVEGW NEKFGEAYKK LALGYHFLRH NKKVDFQDTN ARSLAERKRE EEKQKHLDKI YQERASQAER EMQEMSGEIE SCLTEVESCF RLLVPFDFDP NPETESLGMA SGMSDALRSS CAGQVGPCRS GTPDPRDGEQ PCCSRDLPAS AGHPRAGGGA QPSQTATGDP SDEDEDSDLE EFVRSHGLGS HKYTLDVELC SEGLKVQENE DNLALIHAAR DTLKLIRNKF LPAVCSWIQR FTRVGTHGGC LKRAIDLKAE LELVLRKYKE LDIEPEGGER RRTEALGDAE EDEDDEDFVE VPEKEGYEPH IPDHLRPEYG LEAAPEKDTV VRCLRTRTRM DEEVSDPTSA AAQLRQLRDH LPPPSSASPS RALPEPQEAQ KLAAERARAP VVPYGVDLHY WGQELPTAGK IVKSDSQHRF WKPSEVEEEV VNADISEMLR SRHITFAGKF EPVQHWCRAP RPDGRLCERQ DRLKCPFHGK IVPRDDEGRP LDPEDRAREQ RRQLQKQERP EWQDPELMRD VEAATGQDLG SSRYSGKGRG KKRRYPSLTN LKAQADTARA RIGRKVFAKA AVRRVVAAMN RMDQKKHEKF SNQFNYALN

UniProtKB: UV-stimulated scaffold protein A

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分子 #15: Template strand DNA

分子名称: Template strand DNA / タイプ: dna / ID: 15 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GATCAAGCTC AAGCGCTCTG CTCCTTCTCC CATCCTCTCG ATGGCTATGA GATCAACTAG

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分子 #16: Non-template strand DNA

分子名称: Non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 16 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CTAGTTGATC TCATATTTCA TTCCTACTCA GGAGAAGGAG CAGAGCGCTT GAGCTTGATC

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分子 #17: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 17
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GAAUAUAUAU ACAAAAUCGA GAGGA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
10.0 uMZnSO4zinc sulfate
1.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The final concentration of Pol II is around 0.15 mg/ml. The other components were added in different molar ratio. This sample was glutaraldehyde crosslinked.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13029 / 平均露光時間: 3.43 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Two datasets were collected from the same sample using the same parameters.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2866913 / 詳細: Particles were combined from two datasets.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 159581
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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