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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex I from respiratory supercomplex | |||||||||
![]() | Chimeric map from focused refinements | |||||||||
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![]() | Mitochondria / respiratory complex / respiration / alga / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / NADH dehydrogenase / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / acyl binding / acyl carrier activity ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / NADH dehydrogenase / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / acyl binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / phosphopantetheine binding / protein transmembrane transporter activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.51 Å | |||||||||
![]() | Waltz F / Righetto R / Kotecha A / Engel BD | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In-cell architecture of the mitochondrial respiratory chain. 著者: Florent Waltz / Ricardo D Righetto / Lorenz Lamm / Thalia Salinas-Giegé / Ron Kelley / Xianjun Zhang / Martin Obr / Sagar Khavnekar / Abhay Kotecha / Benjamin D Engel / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, ...Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, working in concert to transfer electrons and pump protons. The precise organization of these complexes in native cells is debated. We used in situ cryo-electron tomography to visualize the native structures and organization of several major mitochondrial complexes in cells. ATP synthases and respiratory complexes segregate into curved and flat crista membrane domains, respectively. Respiratory complexes I, III, and IV assemble into a respirasome supercomplex, from which we determined a native 5-angstrom (Å) resolution structure showing binding of electron carrier cytochrome . Combined with single-particle cryo-electron microscopy at 2.4-Å resolution, we model how the respiratory complexes organize inside native mitochondria. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 67.1 KB 67.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 21.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 775.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 15.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 189 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 188.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 503 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 450 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Chimeric map from focused refinements | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.00272 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Chlamydomonas reinhardtii respirasome
+超分子 #1: Chlamydomonas reinhardtii respirasome
+分子 #1: NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit
+分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #3: NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit
+分子 #4: NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein
+分子 #5: NADH:ubiquinone oxidoreductase 49 kD subunit
+分子 #6: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10
+分子 #7: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8
+分子 #8: B14.5a
+分子 #9: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit
+分子 #10: Acyl carrier protein
+分子 #11: NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit
+分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
+分子 #13: NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit
+分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #15: NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit
+分子 #16: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit
+分子 #17: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #18: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
+分子 #19: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #20: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #21: NADH dehydrogenase subunit 4L
+分子 #22: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #23: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #24: ASHI
+分子 #25: P9
+分子 #26: KFYI
+分子 #27: AGGG
+分子 #28: ESSS
+分子 #29: B9
+分子 #30: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit
+分子 #31: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit
+分子 #32: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit
+分子 #33: Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit
+分子 #34: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit
+分子 #35: NADH:ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit-like
+分子 #36: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
+分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
+分子 #38: NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit
+分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
+分子 #40: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit
+分子 #41: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit
+分子 #42: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit
+分子 #43: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit
+分子 #44: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit
+分子 #45: CAG2 - CA-like
+分子 #46: CAG1
+分子 #47: P10
+分子 #48: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit
+分子 #49: NUOP8
+分子 #50: NUOP7
+分子 #51: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #52: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #53: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #54: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #55: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...
+分子 #56: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #57: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14...
+分子 #58: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...
+分子 #59: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #60: CARDIOLIPIN
+分子 #61: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
+分子 #62: CROTONYL COENZYME A
+分子 #63: ZINC ION
+分子 #64: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |