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万見
- EMDB-5014: RyR1 in the closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5014
タイトルRyR1 in the closed state
マップデータ3D structure of RyR1 in the closed state.
試料
  • 試料: ryanodine receptor 1
  • 細胞器官・細胞要素: ryanodine receptor isoform 1
キーワードryanodine receptor / ion channel gating
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.3 Å
データ登録者Samso M / Wagenknecht T / Allen PD
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005
タイトル: Internal structure and visualization of transmembrane domains of the RyR1 calcium release channel by cryo-EM.
著者: Montserrat Samsó / Terence Wagenknecht / P D Allen /
要旨: RyR1 is an intracellular calcium channel with a central role in muscle contraction. We obtained a three-dimensional reconstruction of the RyR1 in the closed state at a nominal resolution of ...RyR1 is an intracellular calcium channel with a central role in muscle contraction. We obtained a three-dimensional reconstruction of the RyR1 in the closed state at a nominal resolution of approximately 10 A using cryo-EM. The cytoplasmic assembly consists of a series of interconnected tubular structures that merge into four columns that extend into the transmembrane assembly. The transmembrane assembly, which has at least six transmembrane alpha-helices per monomer, has four tilted rods that can be fitted with the inner helices of a closed K(+) channel atomic structure. The rods splay out at the lumenal side and converge into a dense ring at the cytoplasmic side. Another set of four rods emerges from this ring and shapes the inner part of the four columns. The resulting constricted axial structure provides direct continuity between cytoplasmic and transmembrane assemblies, and a possible mechanism for control of channel gating through conformational changes in the cytoplasmic assembly.
履歴
登録2008年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年6月23日-
マップ公開2009年4月23日-
更新2011年1月6日-
現状2011年1月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.28
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.28
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5014_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D structure of RyR1 in the closed state.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 180 pix.
= 504. Å		2.8 Å/pix.
x 180 pix.
= 504. Å		2.8 Å/pix.
x 180 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0707 / ムービー #1: 0.28
最小 - 最大-0.111036 - 0.660459
平均 (標準偏差)0.00770472 (±0.0687097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 504 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.000504.000504.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-127-127-127
NX/NY/NZ255255255
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.1110.6600.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ryanodine receptor 1

全体名称: ryanodine receptor 1
要素
  • 試料: ryanodine receptor 1
  • 細胞器官・細胞要素: ryanodine receptor isoform 1

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超分子 #1000: ryanodine receptor 1

超分子名称: ryanodine receptor 1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homotetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 565 KDa

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超分子 #1: ryanodine receptor isoform 1

超分子名称: ryanodine receptor isoform 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: RyR1 / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI
Ref GO0: GO:0005219
Ref INTERPRO0: IPR000699
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: fast twitch skeletal muscle / Organelle: sarcoplasmic reticulum / 細胞中の位置: sarcoplasmic reticulum membrane
分子量実験値: 565 KDa / 理論値: 565 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.00 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Na-MOPS pH 7.4, 0.9 M NaCl, 0.5% (w/v) CHAPS, 2 mM DTT, 2 mM EGTA
グリッド詳細: 300 mesh holey copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: two-side blotting plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 87 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 818 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: after scanning pixels were averaged 2x2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN and SPIDER / 使用した粒子像数: 25722

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1bl8

詳細The inner helices of KcsA (residues 72-119) were fitted by manual docking to the inner helices of RyR1 using program Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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