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万見
- EMDB-1274: Structure of Ca2+ release channel at 14 A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1274
タイトルStructure of Ca2+ release channel at 14 A resolution.
マップデータThe map is rendered from the cytoplasmic side (top view) along 4-fold axis of the protein
試料
  • 試料: ryanodine receptor 1
  • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor type 1
機能・相同性ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / RIH domain
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Serysheva II / Hamilton SL / Chiu W / Ludtke SJ
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2005
タイトル: Structure of Ca2+ release channel at 14 A resolution.
著者: Irina I Serysheva / Susan L Hamilton / Wah Chiu / Steven J Ludtke /
要旨: The 14 A resolution structure of the 2.3 MDa Ca2+ release channel (also known as RyR1) was determined by electron cryomicroscopy and single particle reconstruction. This structure was produced using ...The 14 A resolution structure of the 2.3 MDa Ca2+ release channel (also known as RyR1) was determined by electron cryomicroscopy and single particle reconstruction. This structure was produced using collected data used for our previous published structures at 22-30 A resolution, but now taking advantage of recent algorithmic improvements in the EMAN software suite. This improved map clearly exhibits more structural detail and allows better defined docking of computationally predicted structural domain folds. Using sequence-based fold recognition, the N-terminal region of RyR1, residues 216-572, was predicted to have significant structural similarity with the IP3-binding core region of the type 1 IP3R. This putative structure was computationally localized to the clamp-shaped region of RyR1, which has been implicated to have a regulatory role in the channel activity.
履歴
登録2006年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月12日-
マップ公開2006年10月12日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1274.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map is rendered from the cytoplasmic side (top view) along 4-fold axis of the protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.67 Å/pix.
x 100 pix.
= 462.033 Å		4.67 Å/pix.
x 100 pix.
= 462.033 Å		4.67 Å/pix.
x 100 pix.
= 462.033 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.366 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.02439 - 3.1551
平均 (標準偏差)0.0582325 (±0.324772)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 462.033 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.6674.6674.667
M x/y/z999999
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z462.033462.033462.033
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-2.0243.1550.058

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ryanodine receptor 1

全体名称: ryanodine receptor 1
要素
  • 試料: ryanodine receptor 1
  • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor type 1

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超分子 #1000: ryanodine receptor 1

超分子名称: ryanodine receptor 1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified after solubiliztion with detergent from rabbit skeletal muscle
集合状態: Homotetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 565 KDa

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分子 #1: Ryanodine receptor type 1

分子名称: Ryanodine receptor type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Skeletal muscle calcium release channel / 詳細: detergent solubilized membrane protein / コピー数: 4 / 集合状態: Homotetramer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: White New Zealand / 別称: rabbit / 組織: fast twitch skeletal muscle / 細胞: muscle cell / Organelle: sarcoplasmic reticulum / 細胞中の位置: sarcoplasmic reticulum membrane
分子量実験値: 565 KDa
配列GO: ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / InterPro: RIH domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 300 mM KCl, 1 mM DTT, 0.4 % CHAPS, 5% sucrose, 1mM EGTA, 20 mM Mops
グリッド詳細: thin carbon film support by holey carbon 400 mesh Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 101 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual Plunger / 手法: Blot for about 3 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EX
温度最低: 109 K / 最高: 110 K / 平均: 109 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 300,000X
詳細Electron Microscope JEM2010F
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.667 µm / 実像数: 52 / 平均電子線量: 7 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correction of each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 22000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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