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万見
- EMDB-50129: Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50129
タイトルMammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK - local refinement
マップデータmap of the quaternary RNC-NAC-MetAP1-NatAE-HYPK complex refined with a mask on NatA/E-NAC-MetAP1
試料
  • 複合体: Quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK
    • 複合体: Rabbit ribosome-nascent chain complex
    • 複合体: Human NAC heterodimer
    • 複合体: Human NatA/E-HYPK complex
      • 複合体: Human NatA complex
      • 複合体: Human HYPK
      • 複合体: Human NatE with GST tag
キーワードtranslation / ribosome / NAC / N-terminal acetyltransferase / NatA / NatE / MetAP1 / HYPK
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.75 Å
データ登録者Yudin D / Scaiola A / Ban N
資金援助 米国, ドイツ, スイス, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR35 GM136321 米国
German Research Foundation (DFG)SFB969/A01 and A07 ドイツ
Swiss National Science Foundation310030_212308 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40-205601 スイス
European Research Council (ERC)Synergy Grant 101072047European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: NAC guides a ribosomal multienzyme complex for nascent protein processing.
著者: Alfred M Lentzsch / Denis Yudin / Martin Gamerdinger / Sowmya Chandrasekar / Laurenz Rabl / Alain Scaiola / Elke Deuerling / Nenad Ban / Shu-Ou Shan /
要旨: Approximately 40% of the mammalian proteome undergoes N-terminal methionine excision and acetylation, mediated sequentially by methionine aminopeptidase (MetAP) and N-acetyltransferase A (NatA), ...Approximately 40% of the mammalian proteome undergoes N-terminal methionine excision and acetylation, mediated sequentially by methionine aminopeptidase (MetAP) and N-acetyltransferase A (NatA), respectively. Both modifications are strictly cotranslational and essential in higher eukaryotic organisms. The interaction, activity and regulation of these enzymes on translating ribosomes are poorly understood. Here we perform biochemical, structural and in vivo studies to demonstrate that the nascent polypeptide-associated complex (NAC) orchestrates the action of these enzymes. NAC assembles a multienzyme complex with MetAP1 and NatA early during translation and pre-positions the active sites of both enzymes for timely sequential processing of the nascent protein. NAC further releases the inhibitory interactions from the NatA regulatory protein huntingtin yeast two-hybrid protein K (HYPK) to activate NatA on the ribosome, enforcing cotranslational N-terminal acetylation. Our results provide a mechanistic model for the cotranslational processing of proteins in eukaryotic cells.
履歴
登録2024年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50129.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of the quaternary RNC-NAC-MetAP1-NatAE-HYPK complex refined with a mask on NatA/E-NAC-MetAP1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 560 pix.
= 593.6 Å		1.06 Å/pix.
x 560 pix.
= 593.6 Å		1.06 Å/pix.
x 560 pix.
= 593.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.20138386 - 0.5516588
平均 (標準偏差)0.0016283634 (±0.018514024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 593.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50129_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_50129_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: main map lowpass filtered to 8 A resolution

ファイルemd_50129_additional_1.map
注釈main map lowpass filtered to 8 A resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: resampled map used during the refinement of the...

ファイルemd_50129_additional_2.map
注釈resampled map used during the refinement of the quaternary complex model - see the methods section of the manuscript for details
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap A

ファイルemd_50129_half_map_1.map
注釈halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap B

ファイルemd_50129_half_map_2.map
注釈halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and...

全体名称: Quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK
要素
  • 複合体: Quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK
    • 複合体: Rabbit ribosome-nascent chain complex
    • 複合体: Human NAC heterodimer
    • 複合体: Human NatA/E-HYPK complex
      • 複合体: Human NatA complex
      • 複合体: Human HYPK
      • 複合体: Human NatE with GST tag

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超分子 #1: Quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and...

超分子名称: Quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#91
分子量理論値: 3.50 MDa

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超分子 #2: Rabbit ribosome-nascent chain complex

超分子名称: Rabbit ribosome-nascent chain complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #14-#91
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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超分子 #3: Human NAC heterodimer

超分子名称: Human NAC heterodimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Human NatA/E-HYPK complex

超分子名称: Human NatA/E-HYPK complex / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10-#13

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超分子 #5: Human NatA complex

超分子名称: Human NatA complex / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 4 / 含まれる分子: #11-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #6: Human HYPK

超分子名称: Human HYPK / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 4 / 含まれる分子: #13
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #7: Human NatE with GST tag

超分子名称: Human NatE with GST tag / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 4 / 含まれる分子: #10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23034
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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