EMDB-49716: Cryo-EM map of cerebellar GluA1/A4 with disordered ATD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-49716

タイトル

Cryo-EM map of cerebellar GluA1/A4 with disordered ATD

マップデータ

Cryo-EM map of cerebellar GluA1/A4 with disordered ATD

試料

複合体: CP-AMPA receptors

キーワード

iGluR / CP-AMPA receptors / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.76 Å

データ登録者

Fang CF / Gouaux E

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Gating and noelin clustering of native Ca2+-permeable AMPA receptors
著者: Fang C / Spangler CJ / Park J / Sheldon N / Trussell LO / Gouaux E

履歴

登録	2025年3月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年7月2日	-
マップ公開	2025年7月2日	-
更新	2025年7月2日	-
現状	2025年7月2日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_49716.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_49716.map.gz	323.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-49716-v30.xml emd-49716.xml	14.4 KB 14.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_49716_fsc.xml	14.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_49716.png	105.9 KB
Filedesc metadata	emd-49716.cif.gz	3.7 KB
その他	emd_49716_additional_1.map.gz emd_49716_half_map_1.map.gz emd_49716_half_map_2.map.gz	170 MB 318.7 MB 318.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49716 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49716	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49711C 49712C 49713C 49714C 49715C 49717C 49718C 49719C 49720C 49721C 49722C 49723C 49724C 49725C 49726C 49727C 9nr6C 9nr7C 9nr8C 9nr9C 9nraC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_49716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Cryo-EM map of cerebellar GluA1/A4 with disordered ATD

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.94 Å/pix. x 448 pix. = 421.12 Å	0.94 Å/pix. x 448 pix. = 421.12 Å	0.94 Å/pix. x 448 pix. = 421.12 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.94 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.08
最小 - 最大	-0.37248263 - 0.525344
平均 (標準偏差)	0.0005377473 (±0.011641696)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: Additional Map

ファイル

emd_49716_additional_1.map

注釈

Additional Map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイル

emd_49716_half_map_1.map

注釈

Half Map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイル

emd_49716_half_map_2.map

注釈

Half Map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : CP-AMPA receptors

全体	名称: CP-AMPA receptors
要素	複合体: CP-AMPA receptors

-
超分子 #1: CP-AMPA receptors

超分子	名称: CP-AMPA receptors / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.1 mg/mL
緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 60712
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
追加マップ: Additional Map

-
ハーフマップ: Half Map A

-
ハーフマップ: Half Map B

-
試料の構成要素

-
全体 : CP-AMPA receptors

-
超分子 #1: CP-AMPA receptors

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-追加マップ: Additional Map

-ハーフマップ: Half Map A

-ハーフマップ: Half Map B

-試料の構成要素

-全体 : CP-AMPA receptors

-超分子 #1: CP-AMPA receptors

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

+画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
追加マップ: Additional Map

-
ハーフマップ: Half Map A

-
ハーフマップ: Half Map B

-
試料の構成要素

-
全体 : CP-AMPA receptors

-
超分子 #1: CP-AMPA receptors

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)