EMDB-49493: 20S proteasome complex from D. discoideum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-49493

タイトル

20S proteasome complex from D. discoideum

マップデータ

試料

複合体: 20S proteasome from D. discoideum

キーワード

proteostasis / CYTOSOLIC PROTEIN

生物種

Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.52 Å

データ登録者

Hoogerbrugge G / Marcotte EM / Keatinge-Clay AT

資金援助

米国, 5件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM106112	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM122480	米国
Department of Defense (DOD, United States)	W911NF-12-1-0390	米国
Welch Foundation	F-1712	米国
Welch Foundation	F-1515	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Serendipity and the slime mold: a visual survey of megadalton protein assemblies reveals the structure of the polyketide synthase Pks16
著者: Hoogerbrugge G / Keatinge-Clay AT / Marcotte EM

履歴

登録	2025年2月27日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年3月12日	-
マップ公開	2025年3月12日	-
更新	2025年3月12日	-
現状	2025年3月12日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_49493.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_49493.map.gz	167.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-49493-v30.xml emd-49493.xml	14.1 KB 14.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_49493_fsc.xml	13.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_49493.png	45.4 KB
マスクデータ	emd_49493_msk_1.map	178 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-49493.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_49493_half_map_1.map.gz emd_49493_half_map_2.map.gz	165.1 MB 165.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49493	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_49493_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_49493_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_49493_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_49493_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-49493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-49493	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49490C 49491C 49492C 9njtC 9njuC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_49493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.33 Å/pix. x 360 pix. = 477.696 Å	1.33 Å/pix. x 360 pix. = 477.696 Å	1.33 Å/pix. x 360 pix. = 477.696 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.32693 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.269
最小 - 最大	-0.41439396 - 0.68207186
平均 (標準偏差)	0.0000014449032 (±0.034783788)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_49493_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_49493_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_49493_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 20S proteasome from D. discoideum

全体	名称: 20S proteasome from D. discoideum
要素	複合体: 20S proteasome from D. discoideum

-
超分子 #1: 20S proteasome from D. discoideum

超分子	名称: 20S proteasome from D. discoideum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
グリッド	モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 549
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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