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- EMDB-49491: Structure of native homodimer of D. discoideum polyketide synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49491
タイトルStructure of native homodimer of D. discoideum polyketide synthase Pks16
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimer assembly of polyketide synthase Pks16
    • タンパク質・ペプチド: Probable polyketide synthase 16
キーワードfatty acid synthase activity / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Fatty acyl-CoA biosynthesis / sexual reproduction / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Highly reducing polyketide synthase sdgA, C-terminal ACP domain / : / Anamorsin, N-terminal / : / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily ...Highly reducing polyketide synthase sdgA, C-terminal ACP domain / : / Anamorsin, N-terminal / : / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable polyketide synthase 16
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Hoogerbrugge G / Keatinge-Clay AT / Marcotte EM
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM106112 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122480 米国
Department of Defense (DOD, United States)W911NF-12-1-0390 米国
Welch FoundationF-1712 米国
Welch FoundationF-1515 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Serendipity and the slime mold: a visual survey of megadalton protein assemblies reveals the structure of the polyketide synthase Pks16
著者: Hoogerbrugge G / Keatinge-Clay AT / Marcotte EM
履歴
登録2025年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49491.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.75 Å/pix.
x 256 pix.
= 447.846 Å		1.75 Å/pix.
x 256 pix.
= 447.846 Å		1.75 Å/pix.
x 256 pix.
= 447.846 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7494 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.239
最小 - 最大-0.7127824 - 1.4440316
平均 (標準偏差)0.000146439 (±0.04827559)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 447.8464 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49491_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49491_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49491_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimer assembly of polyketide synthase Pks16

全体名称: Homodimer assembly of polyketide synthase Pks16
要素
  • 複合体: Homodimer assembly of polyketide synthase Pks16
    • タンパク質・ペプチド: Probable polyketide synthase 16

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超分子 #1: Homodimer assembly of polyketide synthase Pks16

超分子名称: Homodimer assembly of polyketide synthase Pks16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)

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分子 #1: Probable polyketide synthase 16

分子名称: Probable polyketide synthase 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
分子量理論値: 291.20675 KDa
配列文字列: MTFNNIKDEN NDDIAIIGMG FRFPGGGNNP DQFWNQLSNK MDGISKISQE KWSRSFYEQK YINNEYGGVL KDEEWKNFDP LFFGISPKE APTIDPQQRL LMTTLWEAFE DANIKPSTLR GSDTAVFIGM MNLDYQRCQF RDISYINPYT VTGSAGSFVS N RLSFSFDL ...文字列:
MTFNNIKDEN NDDIAIIGMG FRFPGGGNNP DQFWNQLSNK MDGISKISQE KWSRSFYEQK YINNEYGGVL KDEEWKNFDP LFFGISPKE APTIDPQQRL LMTTLWEAFE DANIKPSTLR GSDTAVFIGM MNLDYQRCQF RDISYINPYT VTGSAGSFVS N RLSFSFDL RGPSMTLDTA CSSSLNAVYL GCQAIATGDS KMAIVGGVNG IFDPSISMTF SGLNMLGHKG QCRSFDAGAD GY IRSEGGG VCILKKYSDA IKDGDRIYCV IKGGSSNVDG YNAKTNITQP SMKAQGENIE IALKKSGVNP SDIYYIEAHG TGT PVGDPI EIEAISRIFK DNHTPDAPLY IGSVKSNIGH LESAAGIASL IKVALSLKNR SLVPNIHFEK PNPLIKFEDW NIRV VTDEI QFPTNKLINM GINCFGLSGS NCHMILSEAP INYDELLKTT NNNSTSSSSN DDKKEYLIPF SANCNISLDK YIEKL ISNQ SIYKDTILFK DFVKHQTISK SNLIKRKVIT ASDWDDFLNK RNETTSTSSL TSTISAPASS TPVIYVFTGQ GPQWRD MGK ALYETESVFK DAIDHCDKLL ANYFGYSILQ KLRSLESDDS PEIHHPILAQ PSIFLIQVGL VALYKSFGIS PSIVVGH SF GEVSSALFSG VISLETAVKI VYYRGLAQNL TMGTGRLLSI GIGADAYLEK CALLYPEIEI ACYNDPNSIV ITGSEQDL L GAKSTLSAEG VFCAFLGTPC SFHSSKQEMI KEKIFKDLSD LPESNVPCVP FFSTITGSQL SHKGFYNVQY IYDNLRMPV EFTKAISNIF NFIEENESYK NAIFLEIGPH PTLGFYIPKC KPSNSTITSK PIIVSPLHKK KEELTQFKLA ISTLYCNGVE IDFASGQQL LPTSSSSGGG DISSFKESTN KLPRYQWDFE EYWDEPNQSK MVKRGPSNNL LGHDQFAGNT LMELFIDINK S AHQYLKGH KIKGKYLFPG SGYIDNILRQ FNGQDITIFN LEFSNPFFLK DGVQHHLQTS ITPTTKGEFK VEFFIKDNRN ST KWTKTSN GRIGLFKHNP KNNKLDIEKL KSQCSFTTLT KSEVYNKLLL LSLPYGPTFQ RVESCSIGDG CSFFKLSMSP CSE FDKDFL NPSIIDCAFH GLLVLSEGPQ EIVFDRLQDM KFYSSNVPST RPQFIYAFAK FDKIVGNSTH GSLDIMLEDG TLLI SIKNV KCTSLIRLKK QSIKYPSQNV YSHHWQSKDS PLTLIENQLI EEKSSESKIN FEKLLNDKLF NDYLIRLLNQ SIKSE FIEF DYKTSTVDTL EIDSNNTKLL EKIQSILKTI DSLDQSIDLA SLKQVIIEKS SSFKKEINLI EKSIKRIVSL LKGGES EHF SPSNPSSPND TPRYNSNNCS SKSNNTSSGA DDDTNNEETI NQLNNEPFNF SNSQFISNQN QLISKTIVNS FDRLINS IE IGEKKLIKII DLSSIYQNNQ LSKLLLLQLN QLLINLSNNN NIEIEYTIPS NTKNIDSIKE ETKSISNLLN IKYRSFDL Q DDLESNGYLN SNYDLIITSL LLVSTNSIDS NEVLSKLYKL LLPKGQLILM EPPKDVLSFN LLFANDFKQS LEIKSEQEI KSLIRYCGFT KIETNNITQD DEEEQQQPPS ILIVQTEKRD IESMSLTFSS DPESLNSSYS NCIFIVSKEQ KENPTSYIQE YFDITEVFC DNTTIIEAGD SELLTKTIES GIGKNDIIFF LVSLEELTIE NYKQVTMQYT LVNQILLRNN LSTRFALLTY D SQNGGKNY LGSSLIGTFR YFLEFPSLNT FSIDVDKDSI DNLTLFLRLV DLSTIGDRET IVRNNKIFVQ KIFKEPKLLS PS NNYEKDT NNLYLNTNSN LDFSFQCKEK LPHGSVEIKV MSTGINYKDN LFYRGLLPQE IFTKGDIYSP PFGLECAGYI TRV APSGVT RFKVGDQVVG FASHSLSSLA ITHQDKIVLK PENISFNEAA AVCVVYATSY YSIFHIGAFM ADKESILVHS ATGG VGLAT LNLLKWKRNQ LKKHGNSEIS NDASIYATVG SKEKVDYLQE KYGDLITAIY NSRDTEYCDE IKQQSAQGGV DLILN TLSG DYLSANFRSL SQVGRIMDLS VTQLVENDSL DFSNFKYHVT YSTIDLERAT TYNSKIVRDI LTEVFDAISD GSLENI PVK VFPATQVKTA IEYINERVHI GKIVVDFENF EQDILKPALQ EKENPIQLNK VKKLEHTCDT LNNTILITGQ TGIAVHI LK WIISGSVLNS NKSQQQVTDF IILSRSSLKW ELENLINQTK HKYGDRFRFH YKSVNIADLN STRTAIDQVY SSCKNVSP I KSVLHFATVY EYILPEDITQ TVIDNTHNPK AVGAINLHNL SIEKDWKLEN FILFSSIGAI IGGSKQCAYS SANLVLDSL SNYRKSIGLA STSINWGGLD AGGVAATDKS VASFLEGQGI LLVSLSKILG CLDSVFQPSN SHLSNFMLSS FNIDNLLSSA PQMKRKMGH HLTNYKTSSA SSDDSLGDSS STQAKVISTI SELLSIHPSK LNLDTRLKDY GIDSLLTVQL KNWIDKEFTK N LFTHLQLS SSSINSIIQR ISSKSTSTST PNPTNTTKQT ATTKT

UniProtKB: Probable polyketide synthase 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5611
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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