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- EMDB-49490: Structure of native octahedral assembly of D. discoideum Odo2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49490
タイトルStructure of native octahedral assembly of D. discoideum Odo2
マップデータ
試料
  • 複合体: Octahedral assembly of D. discoideum Odo2
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial
キーワードAcyltransferase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycine degradation / OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / Protein lipoylation / OADH complex synthesizes glutaryl-CoA from 2-OA / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Dihydrolipoamide succinyltransferase / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.72 Å
データ登録者Hoogerbrugge G / Keatinge-Clay AT / Marcotte EM
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM106112 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122480 米国
Department of Defense (DOD, United States)W911NF-12-1-0390 米国
Welch FoundationF-1712 米国
Welch FoundationF-1515 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Serendipity and the slime mold: a visual survey of megadalton protein assemblies reveals the structure of the polyketide synthase Pks16
著者: Hoogerbrugge G / Keatinge-Clay AT / Marcotte EM
履歴
登録2025年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49490.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.75 Å/pix.
x 256 pix.
= 447.846 Å		1.75 Å/pix.
x 256 pix.
= 447.846 Å		1.75 Å/pix.
x 256 pix.
= 447.846 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7494 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.147
最小 - 最大-0.20223145 - 0.48900616
平均 (標準偏差)0.00016622353 (±0.025589228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 447.8464 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49490_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49490_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49490_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octahedral assembly of D. discoideum Odo2

全体名称: Octahedral assembly of D. discoideum Odo2
要素
  • 複合体: Octahedral assembly of D. discoideum Odo2
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial

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超分子 #1: Octahedral assembly of D. discoideum Odo2

超分子名称: Octahedral assembly of D. discoideum Odo2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)

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分子 #1: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-ox...

分子名称: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
分子量理論値: 47.689219 KDa
配列文字列: MRSATKLIKN VNINRCVQSN VVRSTSRLIN NNSINTVRQF TSSSSSSFTS LFNNNNVNNT NIKYQRFYSS ANDVVIKVPS MGDSISEGT IVAWTKNVGD SVRVDEVVCS IETDKVTIDI NAPVSGTIVE LFAKEGENVT VGNDLYKIAK GEVAAAPKVE A PKAAEAPK ...文字列:
MRSATKLIKN VNINRCVQSN VVRSTSRLIN NNSINTVRQF TSSSSSSFTS LFNNNNVNNT NIKYQRFYSS ANDVVIKVPS MGDSISEGT IVAWTKNVGD SVRVDEVVCS IETDKVTIDI NAPVSGTIVE LFAKEGENVT VGNDLYKIAK GEVAAAPKVE A PKAAEAPK AAAPTPAPKA AETPKAAPAP KSEAPTPAPK STTTTTSTGP SETRVKMTRI RQRTAQRLKD SQNTAAMLTT FN ELDMSAL MNMRKTYKDE FEKKHGVKFG FMSAFVKAST IALKEQPIVN ASVEENDIVY HNNVNINVAV SAPRGLVVPV IRN CENLSF ADIEKEIGRL SGLARNDALA IEDSIGGTFT ISNGGVFGSM FGTPIINPPQ SAILGMHAIK DRPYVVNGQV VVRP IMYLA LTYDHRIIDG REAVTFLKKI KDVLENPERI LLEL

UniProtKB: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 836
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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