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万見
- EMDB-49183: Augmin1345-Extended-Tripod -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49183
タイトルAugmin1345-Extended-Tripod
マップデータ
試料
  • 複合体: Augmin tetramer complex tripod
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 5,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 3
キーワードAugmin1345-extended-Tripod / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phragmoplast microtubule organization / HAUS complex / phragmoplast / microtubule minus-end binding / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle microtubule / spindle / microtubule ...phragmoplast microtubule organization / HAUS complex / phragmoplast / microtubule minus-end binding / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle microtubule / spindle / microtubule / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
AUGMIN subunit 5, plant / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 3, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 3 / Green fluorescent protein, GFP ...AUGMIN subunit 5, plant / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 3, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 3 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
AUGMIN subunit 1 / Green fluorescent protein / AUGMIN subunit 3 / AUGMIN subunit 4 / AUGMIN subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Ashaduzzaman M / Al-Bassam J / Taheri A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NIH-5R01GM110283 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of the Plant Augmin reveal its intertwined coiled-coil assembly, antiparallel dimerization and NEDD1 binding mechanisms.
著者: Md Ashaduzzaman / Aryan Taheri / Yuh-Ru Julie Lee / Yuqi Tang / Fei Guo / Stephen D Fried / Bo Liu / Jawdat Al-Bassam /
要旨: Microtubule (MT) branch nucleation is fundamental for building parallel MT networks in eukaryotic cells. In plants and metazoans, MT branch nucleation requires Augmin and NEDD1 proteins which bind ...Microtubule (MT) branch nucleation is fundamental for building parallel MT networks in eukaryotic cells. In plants and metazoans, MT branch nucleation requires Augmin and NEDD1 proteins which bind along MTs and then recruit and activate the gamma-tubulin ring complex (γ-TuRC). Augmin is a fork-shaped assembly composed of eight coiled-coil subunits, while NEDD1 is a WD40 β-propellor protein that bridges across MTs, Augmin, and γ-TuRC during MT branch nucleation. Here, we reconstitute hetero-tetrameric and hetero-octameric Arabidopsis thaliana Augmin assemblies, resolve their subunit interactions using crosslinking mass spectrometry and determine 3.7 to 7.3-Å cryo-EM structures for the V-junction and extended regions of Augmin. These structures allowed us to generate a complete de novo plant Augmin model that reveals the long-range multi coiled-coil interfaces that stabilize its 40-nm hetero-octameric fork-shaped organization. We discovered the dual calponin homology (CH) domain forming its MT binding site at the end of its V-junction undertake open and closed conformations. We determined a 12-Å dimeric Augmin cryo-EM structure revealing Augmin undergoes anti-parallel dimerization through two conserved surfaces along Augmin's extended region. We reconstituted the NEDD1 WD40 β-propellor with Augmin revealing it directly binds on top its V-junction and enhances Augmin dimerization. Our studies suggest that cooperativity between the Augmin dual CH domains and NEDD1 WD40 binding site may regulate Augmin V-junction dual binding to MT lattices. This unique V-shaped dual binding and organization anchors Augmins along MTs generating a platform to recruit γ-TuRC and activate branched MT nucleation.
履歴
登録2025年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49183.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 352. Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 352. Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.0005209652 - 2.184774
平均 (標準偏差)0.00057787425 (±0.018655399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49183_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49183_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Augmin tetramer complex tripod

全体名称: Augmin tetramer complex tripod
要素
  • 複合体: Augmin tetramer complex tripod
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 5,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: AUGMIN subunit 3

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超分子 #1: Augmin tetramer complex tripod

超分子名称: Augmin tetramer complex tripod / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 310 KDa

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分子 #1: AUGMIN subunit 1

分子名称: AUGMIN subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 33.537996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDVTGDLAA VSEAKGGSDA ARISEVKAWL TSQFEAVGKE VPNFEYTHRS ITHLYNLATA SQAKSQAATI VANDFRLKAS EYRAQAARI REILESAGMS QESLPSNVVS SAQVLANVAN LLNIRDTELS SFLVAMGDIS LRKTGVEEKR AKAQKESNAL L DYTRKAIQ ...文字列:
MSDVTGDLAA VSEAKGGSDA ARISEVKAWL TSQFEAVGKE VPNFEYTHRS ITHLYNLATA SQAKSQAATI VANDFRLKAS EYRAQAARI REILESAGMS QESLPSNVVS SAQVLANVAN LLNIRDTELS SFLVAMGDIS LRKTGVEEKR AKAQKESNAL L DYTRKAIQ RLTYLKKILA QLEDDVVPCE SQMENWKTNL EVMAVKEEQY IQQYKKYEML LNRVGYTPKI SHRELVEMAE HR KELDKMT KPVLDTLRSY QDLPPDKALA ALAIEDKKRQ FTAAEKYLEE VLQSALETND E

UniProtKB: AUGMIN subunit 1

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分子 #2: AUGMIN subunit 4

分子名称: AUGMIN subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 47.825855 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVKALQGAAQ NLPADVNQLI DQLERHCLAP DGSLVTKSVY SDLQLAREEM SRERLRYLEA MAIYCEAVAM VEEYQQAISV ANHGGIRDV QGLYPQLGLK NSPQVYETLE HRLVVAEAAQ KLRLPLISDG GEIHEEEIEK WSILSRSSLD SASTSFTISS T SNSVNYAN ...文字列:
MVKALQGAAQ NLPADVNQLI DQLERHCLAP DGSLVTKSVY SDLQLAREEM SRERLRYLEA MAIYCEAVAM VEEYQQAISV ANHGGIRDV QGLYPQLGLK NSPQVYETLE HRLVVAEAAQ KLRLPLISDG GEIHEEEIEK WSILSRSSLD SASTSFTISS T SNSVNYAN SSANSVAGGI SLSAVDTDVV GGVPNRFLGI TPAYLSYVQL QNTISMDMAD YQMFLAREIE GRLKEKCDKL AD AIVDDTD SSTGNRNSSA RLPERVKFII EEIERDEAAL REDLYSADRK FAEYYNVLEQ ILGVLIKLVK DLKLEHQHKY NEM QKTWLC KRCETMNAKL RVLENVLLLE TYTPDSISAL HNIRNYLVEA TEEASAAYNK AVTRLREYQG VDPHFDTIAR QYHD IVKKL ENMQWTIHQV EMDLKSHD

UniProtKB: AUGMIN subunit 4

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分子 #3: AUGMIN subunit 5,Green fluorescent protein

分子名称: AUGMIN subunit 5,Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 116.629992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQSLSSSAPT PEAILEWLQK EMGYRQLGPY NGSSKSHVPS IDAIRKICRG NMIPIWNFLI NRVKSEKTVE RIRRNITVHG GSSNASIGS SVNPGKEESK SKGRRKDKTV TGESSSYAED REAALQEREL AAKEVERLRN IVRRQRKDLK ARMLEVSREE A ERKRMLDE ...文字列:
MQSLSSSAPT PEAILEWLQK EMGYRQLGPY NGSSKSHVPS IDAIRKICRG NMIPIWNFLI NRVKSEKTVE RIRRNITVHG GSSNASIGS SVNPGKEESK SKGRRKDKTV TGESSSYAED REAALQEREL AAKEVERLRN IVRRQRKDLK ARMLEVSREE A ERKRMLDE RANYRHKQAL LEAYDQQCDE ATRIFAEYHK RLQVYVNQAN DAQRSVNSSN EVLSSLSANS EREAVYSTVK GT KSADDVI LMETTRERNI RIVCDLLASR MIERIRNSFP AYEGNGICSL PELETAKLGF EYDGEITDEM KTVIVNSLRG PPL LLQAIA AYTLRIKTLI SREMEKIDVR ADAEMLRYKF ENNRVTDNSS SDVSSPLSYQ FNGNGKIGTD THFQGSNNQL LERQ KAHVQ QFLATEDALN KAAEARDLCH KFINRLHGSA DTATHSFVGG TTQSGSNLRQ FELDVWGKER EAAGLRASLN TLLSE IQRL NKLCAERKEA EDSLKKKWKK IEEFDARRSE LETIYTTLLK ANMDAVAFWN QQPLAAREYA SATVIPASEV VVDISN SAK DFIEKEVSAF FQSPDNSLYM LPATPQGLLE SMGANGSTGP EAVAYAEKNA ALLTARAGAR DPSAIPSICR ISAALQY PA GLEGSDASLA SVLESLEFCL RVRGSEACVL EDLAKAIDLV HIRQDLVESG HSLLDHAFRA QQKYERTTNY CLDLASEQ E NTISDQWLPE LRTAVQNAQA SSEHCKYVRG LLDEWWEQPA STVVDWVTVD GQSVAAWQNH VKQLLAFYDK ESLRTGAGA GMVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTFTYGV QCFSRYPDHM KQHDFFKSA MPEGYVQERT IFFKDDGNYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNYNS HNVYIMADKQ K NGIKVNFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQSA LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AGITHGMDEL YK

UniProtKB: AUGMIN subunit 5, Green fluorescent protein

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分子 #4: AUGMIN subunit 3

分子名称: AUGMIN subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 69.809453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSARLCSLV AELGYEGAGK LDPDSFEWPF QYDDARPILD WICSSLRPSN VLSLAELSLY EQFQRDGKLL EGDDLDQAYD SISAFSSRR NNQEAVFGAE ESIKEVRDAT LAHKAEALEL QRQLRRLQTQ YDLLTGQSSA LIQGRRARVA ATSAVSGQIT A IEDSLSAR ...文字列:
MSSARLCSLV AELGYEGAGK LDPDSFEWPF QYDDARPILD WICSSLRPSN VLSLAELSLY EQFQRDGKLL EGDDLDQAYD SISAFSSRR NNQEAVFGAE ESIKEVRDAT LAHKAEALEL QRQLRRLQTQ YDLLTGQSSA LIQGRRARVA ATSAVSGQIT A IEDSLSAR NLQMNGVLGR LASTSQELAH YHSGEEDGIY LAYSDFHAYL AGDSACTKEL NQWFAKQLDT GPYRLVAEEG KS KCSWVSL DDTSNMLRDL EKSQHQRVAE LQRLRSIFGT SERQWIEAQV ENAKQQAILL TLKSQVTSVE AHIHFDLHSL RRK HADLVE EISTLYQKEE KLLSETIPEL CWELAQLQDT YILQGDYDLK VMRQELYISK QKVFINHLVN QLARHQFLKL ACQL EKKNM LGAFSLLKVI ESELQGYLSA TRSRVGRCSA LIQAASDVQE QGAVDDRDSF LHGVRDLLSI HSNTQAGLST YVSAP AIIQ QIVALQSDLS SLQSDLENSL PDDRNRCINE LCTHIQNLQQ LLFASSTTAQ PILTPWPLMK ELDEMGKINS KLSTAV EEV TLEHRNKREI VKHHAKDVEL QRRVFVDFFC NPERLRNQVR ELNALVRARQ ASSS

UniProtKB: AUGMIN subunit 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
ソフトウェア名称: SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72002
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 12900 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る