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万見
- EMDB-4896: Single particle cryo-EM reconstruction of a 20-mer assembly of re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4896
タイトルSingle particle cryo-EM reconstruction of a 20-mer assembly of reduced recombinant human alphaA-crystallin.
マップデータSingle particle cryo-EM reconstruction of a 20-mer assembly of reduced recombinant human alphaA-crystallin.
試料
  • 複合体: Reduced recombinant human alphaA-crystallin
    • タンパク質・ペプチド: alphaA-crystallin
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Peters C / Kaiser CJO / Buchner J / Weinkauf S
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationCRC 1035 ドイツ
German Research FoundationEXC 114 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: The structure and oxidation of the eye lens chaperone αA-crystallin.
著者: Christoph J O Kaiser / Carsten Peters / Philipp W N Schmid / Maria Stavropoulou / Juan Zou / Vinay Dahiya / Evgeny V Mymrikov / Beate Rockel / Sam Asami / Martin Haslbeck / Juri Rappsilber / ...著者: Christoph J O Kaiser / Carsten Peters / Philipp W N Schmid / Maria Stavropoulou / Juan Zou / Vinay Dahiya / Evgeny V Mymrikov / Beate Rockel / Sam Asami / Martin Haslbeck / Juri Rappsilber / Bernd Reif / Martin Zacharias / Johannes Buchner / Sevil Weinkauf /
要旨: The small heat shock protein αA-crystallin is a molecular chaperone important for the optical properties of the vertebrate eye lens. It forms heterogeneous oligomeric ensembles. We determined the ...The small heat shock protein αA-crystallin is a molecular chaperone important for the optical properties of the vertebrate eye lens. It forms heterogeneous oligomeric ensembles. We determined the structures of human αA-crystallin oligomers by combining cryo-electron microscopy, cross-linking/mass spectrometry, NMR spectroscopy and molecular modeling. The different oligomers can be interconverted by the addition or subtraction of tetramers, leading to mainly 12-, 16- and 20-meric assemblies in which interactions between N-terminal regions are important. Cross-dimer domain-swapping of the C-terminal region is a determinant of αA-crystallin heterogeneity. Human αA-crystallin contains two cysteines, which can form an intramolecular disulfide in vivo. Oxidation in vitro requires conformational changes and oligomer dissociation. The oxidized oligomers, which are larger than reduced αA-crystallin and destabilized against unfolding, are active chaperones and can transfer the disulfide to destabilized substrate proteins. The insight into the structure and function of αA-crystallin provides a basis for understanding its role in the eye lens.
履歴
登録2019年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月11日-
マップ公開2019年12月11日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0119
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0119
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4896.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single particle cryo-EM reconstruction of a 20-mer assembly of reduced recombinant human alphaA-crystallin.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 128 pix.
= 172.8 Å		1.35 Å/pix.
x 128 pix.
= 172.8 Å		1.35 Å/pix.
x 128 pix.
= 172.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0119 / ムービー #1: 0.0119
最小 - 最大-0.00000001640 - 0.124002606
平均 (標準偏差)0.0041572717 (±0.014406236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 172.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z172.800172.800172.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0000.1240.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reduced recombinant human alphaA-crystallin

全体名称: Reduced recombinant human alphaA-crystallin
要素
  • 複合体: Reduced recombinant human alphaA-crystallin
    • タンパク質・ペプチド: alphaA-crystallin

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超分子 #1: Reduced recombinant human alphaA-crystallin

超分子名称: Reduced recombinant human alphaA-crystallin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinant wild type full-length human alphaA-crystallin purified in the presence of reductant.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: eye / 組織: lens / 細胞中の位置: cytoplasm
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28
分子量理論値: 398 KDa

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分子 #1: alphaA-crystallin

分子名称: alphaA-crystallin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Wild type full sequence / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: eye / 組織: lens
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MDVTIQHPWF KRTLGPFYPS RLFDQFFGEG LFEYDLLPFL SSTISPYYRQ SLFRTVLDSG ISEVRSDRD KFVIFLDVKH FSPEDLTVKV QDDFVEIHGK HNERQDDHGY ISREFHRRYR L PSNVDQSA LSCSLSADGM LTFCGPKIQT GLDATHAERA IPVSREEKPT SAPSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
8.1 mMNa2HPO4sodium phosphate dibasic
1.76 mMKH2PO4potassium phosphate monobasic
1.0 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid
1.0 mMC4H10O2S21,4-Dithiothreit

詳細: Buffer was prepared without EDTA and DTT. EDTA stock (500mM) was titrated to pH 8 and added to 1 mM. DTT stock (1M) was added to 1mM.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 293 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Diluted equilibrated specimen was added to glow-discharged (30s) grids. Sample was blotted 30s after sample application and immediately plunged..
詳細Specimen was thawed, diluted to the final concentration and equilibrated at 310K for 3h.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 74068 / 詳細: particles were picked manually
CTF補正ソフトウェア - 名称: Bsoft
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: simple artificial model of symmetrically arranged pillars
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 5) / 使用した粒子像数: 14336
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 5)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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