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万見
- EMDB-48619: Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48619
タイトルStructure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome
マップデータRefined, unsharpened Coulomb potential density map. Particles extracted in 440x440 Fourier cropped to 360x360. Map refined in cryoSPARC
試料
  • 複合体: Natively purified octameric nucleosome from Drosophila melanogaster
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (164-MER)
    • DNA: DNA (164-MER)
キーワードNucleosome / histones / histone / chromatin / DNA / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex ...HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / polytene chromosome band / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / larval somatic muscle development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / HATs acetylate histones / UCH proteinases / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B / Histone H3 / Histone H4 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Venette-Smith NL / Vishwakarma RK / Dollinger R / Schultz J / Venkatakrishnan V / Babitzke P / Anand G / Gilmour DS / Armache J-P / Murakami K
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131860 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM047477 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098399 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Characterization of Native RNA Polymerase II Transcription Complexes in Drosophila melanogaster
著者: Venette-Smith NL / Vishwakarma RK / Dollinger R / Schultz J / Venkatakrishnan V / Babitzke P / Anand G / Gilmour DS / Armache J-P / Murakami K
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48619.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48619.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined, unsharpened Coulomb potential density map. Particles extracted in 440x440 Fourier cropped to 360x360. Map refined in cryoSPARC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 415.368 Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 415.368 Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 415.368 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1538 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.0 - 2.4776704
平均 (標準偏差)0.005810098 (±0.038797896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 415.368 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Refined, auto-sharpened Coulomb potential density map with Bfactor...

ファイルemd_48619_additional_1.map
注釈Refined, auto-sharpened Coulomb potential density map with Bfactor = -50
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1 from cryoSPARC

ファイルemd_48619_half_map_1.map
注釈Half map 1 from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 from cryoSPARC

ファイルemd_48619_half_map_2.map
注釈Half map 2 from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Natively purified octameric nucleosome from Drosophila melanogaster

全体名称: Natively purified octameric nucleosome from Drosophila melanogaster
要素
  • 複合体: Natively purified octameric nucleosome from Drosophila melanogaster
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (164-MER)
    • DNA: DNA (164-MER)

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超分子 #1: Natively purified octameric nucleosome from Drosophila melanogaster

超分子名称: Natively purified octameric nucleosome from Drosophila melanogaster
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: This entry represents a native octameric nucleosome (i.e. containing two H2A/H2B dimers and two H3/H4 dimers), purified from Drosophila melanogaster embryos
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 240 kDa/nm

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分子 #1: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.552494 KDa
配列文字列:
AKSRSNRAGL QFPVGRIHRL LRKGNYAERV GAGAPVYLAA VMEYLAAEVL ELAGNAARDN KKTRIIPRHL QLAIRNDEEL NKLLSGVTI AQGGVLPNIQ AVLLPKK

UniProtKB: Histone H2A

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分子 #2: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 10.979741 KDa
配列文字列:
KKRKRKESYA IYIYKVLKQV HPDTGISSKA MSIMNSFVND IFERIAAEAS RLAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKA VTKYTSSK

UniProtKB: Histone H2B

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分子 #3: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.74677 KDa
配列文字列:
KKPHRYRPGT VALREIRRYQ KSTELLIRKL PFQRLVREIA QDFKTDLRFQ SSAVMALQEA SEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDI QLARRIRGER A

UniProtKB: Histone H3

-
分子 #4: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 9.279875 KDa
配列文字列:
VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYAL KRQGRTLYGF GG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #5: DNA (164-MER)

分子名称: DNA (164-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 50.381172 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)

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分子 #6: DNA (164-MER)

分子名称: DNA (164-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 50.861461 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
10.0 mMHEPES-HClHEPES
5.0 percentGlycerolGlycerol
1.0 mMEDTAEDTA
350.0 ug/mLFLAGFLAG peptide

詳細: 10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細double FLAG-tagged Pol II subunit Rpb1 was used for purification of Pol II complexes. We aimed to purify Pol II in tandem with nucleosomes. The free nucleosomes were co-purified with this sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 31103 / 平均電子線量: 50.65 e/Å2
詳細: Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was ...詳細: Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was achieved by extracting particles in box size 440x440 and Fourier-cropping it to box size 360x360
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1848096
詳細: Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (1,848,096) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D ...詳細: Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (1,848,096) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D classification of the data.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: 'Ab initio' function in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
詳細: The data was processed using cryoSPARC to 3.34 A from 319,428 particles. It was later post-processed using CryoSieve to select the final number of particles, yielding 3.29 A.
使用した粒子像数: 66988
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: 'Non-Uniform Refinement' in cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3lz0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2299

chain_id: a, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4040

chain_id: b, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4051

chain_id: c, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

2283

chain_id: d, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

2299

chain_id: e, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4040

chain_id: f, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4051

chain_id: g, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

2283

chain_id: h, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
詳細The model was based on PDB: 3LZ0. First, 3LZ0 was rigid-body fit in the cryo-EM Coulomb potential density map using UCSF ChimeraX. Next, AlphaFold2 models for individual Drosophila melanogaster histones were aligned to their 3LZ0 counterparts, and further optimized in the density using rigid-body fit. Then, in Coot, the models were Real-space refined in conjunction with DNA 601 Widom sequence. The DNA sequence was extended, to fit into the density. For the final model optimization, phenix.real_space_refine was used
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 50
得られたモデル

PDB-9mu4:
Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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