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万見
- EMDB-48475: Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48475
タイトルCryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C
マップデータActivated protein C local refined map
試料
  • 複合体: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
    • 複合体: Coagulation Factor Va
    • 複合体: Activated Protein C
キーワードCoagulation / Activated Factor V / Activated Protein C / BLOOD CLOTTING
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Mohammed BM / Basore K / Di Cera E
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL049413, HL139554 and HL147821 米国
Childrens Discovery Institute of Washington University and St. Louis Childrens HospitalCDI-CORE-2015-505 and CDI-CORE-2019-813 米国
The Foundation for Barnes-Jewish Hospital3770 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK020579 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA091842 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of coagulation factor Va bound to activated protein C.
著者: Bassem M Mohammed / Katherine Basore / Enrico Di Cera /
要旨: Coagulation factor Va (fVa) is the cofactor component of the prothrombinase complex required for rapid generation of thrombin from prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In ...Coagulation factor Va (fVa) is the cofactor component of the prothrombinase complex required for rapid generation of thrombin from prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In addition, fVa is a target for proteolytic inactivation by activated protein C (APC). Like other protein-protein interactions in the coagulation cascade, the fVa-APC interaction has long posed a challenge to structural biology and its molecular underpinnings remain unknown. A recent cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of fVa has revealed the arrangement of its A1-A2-A3-C1-C2 domains and the environment of the sites of APC cleavage at R306 and R506. Here we report the cryo-EM structure of the fVa-APC complex at 3.15 Å resolution where the protease domain of APC engages R506 in the A2 domain of fVa mainly through electrostatic interactions between positively charged residues in the 30- and 70- loops of APC and an electronegative surface of fVa. The auxiliary Gla and EGF domains of APC are highly dynamic and point to solvent, without making contacts with fVa. Binding of APC displaces a large portion of the A2 domain of fVa and projects the 654VKCIPDDDEDSYEIFEP670 segment as a "latch", or exosite ligand, over the 70-loop of the enzyme. The latch induces a large conformational change of the autolysis loop of APC which in turn promotes docking of R506 into the primary specificity pocket. The cryo-EM structure of the fVa-APC complex validates the bulk of existing biochemical data and offers molecular context for a key regulatory interaction of the coagulation cascade.
履歴
登録2024年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48475.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48475.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Activated protein C local refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 365.442 Å		0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 365.442 Å		0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 365.442 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8701 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.241
最小 - 最大-1.400938 - 3.4830067
平均 (標準偏差)-0.000120424746 (±0.017684838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 365.44202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48475_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: mask for deepemhancer

ファイルemd_48475_additional_1.map
注釈mask for deepemhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEmhancer sharpened map

ファイルemd_48475_additional_2.map
注釈DeepEmhancer sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48475_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48475_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C

全体名称: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
要素
  • 複合体: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
    • 複合体: Coagulation Factor Va
    • 複合体: Activated Protein C

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超分子 #1: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C

超分子名称: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Coagulation activated Factor V (FVa) [from plasma] complex with Activated Protein C (APC) [made recombinantly with Ser360Ala mutation].

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超分子 #2: Coagulation Factor Va

超分子名称: Coagulation Factor Va / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood

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超分子 #3: Activated Protein C

超分子名称: Activated Protein C / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製 #1

Preparation ID1
濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Grids were coated with polylysine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細0.1 mg/mL

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試料調製 #2

Preparation ID2
濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Grids were coated with polylysine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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試料調製 #3

Preparation ID3
濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Grids were coated with polylysine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #0 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 3193 / #0 - 平均電子線量: 51.86 e/Å2 / #0 - 詳細: 30 degrees tilt / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#1 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 600 / #1 - 平均電子線量: 46.6 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#2 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #2 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #2 - 撮影したグリッド数: 1 / #2 - 実像数: 2655 / #2 - 平均電子線量: 46.89 e/Å2 / #2 - 詳細: 30 degrees tilt / #3 - Image recording ID: 4
#3 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#3 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #3 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #3 - 撮影したグリッド数: 1 / #3 - 実像数: 2379 / #3 - 平均電子線量: 47.19 e/Å2 / #4 - Image recording ID: 5
#4 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#4 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #4 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #4 - 撮影したグリッド数: 1 / #4 - 実像数: 420 / #4 - 平均電子線量: 46.89 e/Å2 / #5 - Image recording ID: 6
#5 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#5 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #5 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #5 - 撮影したグリッド数: 1 / #5 - 実像数: 3210 / #5 - 平均電子線量: 52.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 使用した粒子像数: 384239
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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