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- EMDB-48267: CryoEM structure of G protein-gated inwardly rectifying potassium... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48267
タイトルCryoEM structure of G protein-gated inwardly rectifying potassium channel GIRK2 R92F (State 2)
マップデータ
試料
  • 複合体: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel 2 R92F (State 2)
    • タンパク質・ペプチド: G protein-activated inward rectifier potassium channel 2
キーワードG protein gated-inwardly rectifying potassium channels / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifier potassium channel complex
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir3.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
G protein-activated inward rectifier potassium channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Nguyen H / Mount J / Yuan P / Slesinger P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)5R01AA018734-13 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Key residue Unlocks Dual PIP2-Dependent and Independent Gating in G Protein-Gated Inwardly Rectifying Potassium Channels
著者: Nguyen H / Mount J / Hutchinson K / Zhao Y / Zhao Y / Glaaser I / Yuan P / Schlessinger A / Slesinger P
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48267.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48267.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.664 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.664 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.664 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.069 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-3.0184042 - 4.3393064
平均 (標準偏差)0.007970346 (±0.08277242)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48267_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48267_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : G protein-gated inwardly rectifying potassium channel 2 R92F (State 2)

全体名称: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel 2 R92F (State 2)
要素
  • 複合体: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel 2 R92F (State 2)
    • タンパク質・ペプチド: G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

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超分子 #1: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel 2 R92F (State 2)

超分子名称: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel 2 R92F (State 2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

分子名称: G protein-activated inward rectifier potassium channel 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.685371 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MTMAKLTESM TNVLEGDSMD QDVESPVAIH QPKLPKQARD DLPRHISRDR TKRKIQRYVR KDGKCNVHHG NVRETYRYLT DIFTTLVDL KWFFNLLIFV MVYTVTWLFF GMIWWLIAYI RGDMDHIEDP SWTPCVTNLN GFVSAFLFSI ETETTIGYGY R VITDKCPE ...文字列:
MTMAKLTESM TNVLEGDSMD QDVESPVAIH QPKLPKQARD DLPRHISRDR TKRKIQRYVR KDGKCNVHHG NVRETYRYLT DIFTTLVDL KWFFNLLIFV MVYTVTWLFF GMIWWLIAYI RGDMDHIEDP SWTPCVTNLN GFVSAFLFSI ETETTIGYGY R VITDKCPE GIILLLIQSV LGSIVNAFMV GCMFVKISQP KKRAETLVFS THAVISMRDG KLCLMFRVGD LRNSHIVEAS IR AKLIKSK QTSEGEFIPL NQTDINVGYY TGDDRLFLVS PLIISHEINQ QSPFWEISKA QLPKEELEIV VILEGMVEAT GMT CQARSS YITSEILWGY RFTPVLTLED GFYEVDYNSF HETYETSTPS LSAKELAELA NRAESPLSWS VSSKLNQHAE LETE EEEKN PEELTERNGD VANLENESKS

UniProtKB: G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20083 / 平均電子線量: 53.92 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xeu

最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 753746
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xeu


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9mh8:
CryoEM structure of G protein-gated inwardly rectifying potassium channel GIRK2 R92F (State 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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