[日本語] English
万見
- EMDB-48227: Structure of zebrafish OTOP1 in nanodisc in complex with inhibito... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48227
タイトルStructure of zebrafish OTOP1 in nanodisc in complex with inhibitor C2.2
マップデータsharpened map of zebrafish OTOP1 protein in nanodisc in complex with small molecule C2.2
試料
  • 複合体: zebrafish OTOP1 in MSP2N2 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Proton channel OTOP1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 4-methyl-N-{2-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}-1H-imidazole-5-carboxamide
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードproton channel / ion channel / OTOP / Otopetrin / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


otolith formation / otolith mineralization / proton channel activity / inner ear morphogenesis / cholesterol binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / microvillus / proton transmembrane transport / cellular response to insulin stimulus / identical protein binding ...otolith formation / otolith mineralization / proton channel activity / inner ear morphogenesis / cholesterol binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / microvillus / proton transmembrane transport / cellular response to insulin stimulus / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton channel OTOP1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Burendei B / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure-guided discovery of Otopetrin 1 inhibitors reveals druggable binding sites at the intrasubunit interface.
著者: Batuujin Burendei / Joshua P Kaplan / Gerardo M Orellana / Emily R Liman / Stefano Forli / Andrew B Ward /
要旨: Proton conductance across cell membranes serves many biological functions, ranging from the regulation of intracellular and extracellular pH to the generation of electrical signals that lead to ...Proton conductance across cell membranes serves many biological functions, ranging from the regulation of intracellular and extracellular pH to the generation of electrical signals that lead to sour taste perception. Otopetrins (OTOPs) are a conserved, eukaryotic family of proton-selective ion channels, one of which (OTOP1) serves as a gustatory sensor for sour tastes and ammonium chloride. As the functional properties and structures of OTOP channels were only recently described, there are presently few tools available to modulate their activity. Here, we perform subsequent rounds of molecular docking-based virtual screening against the structure of zebrafish OTOP1, followed by functional testing using whole-cell patch-clamp electrophysiology, and identify several small molecule inhibitors that are effective in the low-to-mid µM range. Cryo-electron microscopy structures reveal inhibitor binding sites in the intrasubunit interface that are validated by functional testing of mutant channels. Our findings reveal pockets that can be targeted for small molecule discovery to develop modulators for Otopetrins. Such modulators can serve as useful toolkit molecules for future investigations of structure-function relationships or physiological roles of Otopetrins.
履歴
登録2024年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48227.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map of zebrafish OTOP1 protein in nanodisc in complex with small molecule C2.2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.248 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.248 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.248 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06624 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.539
最小 - 最大-4.2765427 - 6.4826455
平均 (標準偏差)0.002256853 (±0.16524027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 213.24799 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_48227_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B of zebrafish OTOP1 protein in...

ファイルemd_48227_half_map_1.map
注釈half map B of zebrafish OTOP1 protein in nanodisc in complex with small molecule C2.2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A of zebrafish OTOP1 protein in...

ファイルemd_48227_half_map_2.map
注釈half map A of zebrafish OTOP1 protein in nanodisc in complex with small molecule C2.2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : zebrafish OTOP1 in MSP2N2 nanodisc

全体名称: zebrafish OTOP1 in MSP2N2 nanodisc
要素
  • 複合体: zebrafish OTOP1 in MSP2N2 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Proton channel OTOP1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 4-methyl-N-{2-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}-1H-imidazole-5-carboxamide
  • リガンド: CHOLESTEROL

-
超分子 #1: zebrafish OTOP1 in MSP2N2 nanodisc

超分子名称: zebrafish OTOP1 in MSP2N2 nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 131 KDa

-
分子 #1: Proton channel OTOP1

分子名称: Proton channel OTOP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: first two residues (GP) are leftover residues from a 3C protease cleavage site. 3rd residue (V) corresponds to the 2nd residue of the zebrafish OTOP1 sequence (Uniprot:Q7ZWK8)
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 65.817 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPVEHGGTDS MWLNKYNPAA ASSASSSSSS DAENKLFSRL KVSLTKKYPQ KNAELLSAQY GTNLLLLGVS VMLALAAQSG PVKEEHLLS FITVLMLVQL VWMLCYMIRR ERERSPVPER DAHAGASWIR GGLTMLALLS LIMDAFRIGY FVGYHSCISA A LGVYPIVH ...文字列:
GPVEHGGTDS MWLNKYNPAA ASSASSSSSS DAENKLFSRL KVSLTKKYPQ KNAELLSAQY GTNLLLLGVS VMLALAAQSG PVKEEHLLS FITVLMLVQL VWMLCYMIRR ERERSPVPER DAHAGASWIR GGLTMLALLS LIMDAFRIGY FVGYHSCISA A LGVYPIVH ALHTISQVHF LWFHIKDVIK KYETFERFGV IHAVFTNLLL WCNGVMSETE HFMHNHRRRL IEMGYANLST VD VQPHCNC TTSVCSMFST SLYYLYPFNI EYHIFVSAML FVMWKNIGRT LDRHSNRKRR STGSTGLLLG PLGGLVALAS SVS VLVVYL IHLEKTEEMH EAAVSMFYYY GVAMMACMCV GSGTGLLVYR MENRPMDTGS NPARTLDTEL LLASSLGSWL MSWC SVVAS VAEAGQKSPS FSWTSLTYSL LLVLEKCIQN LFIVESLYRR HSEEEEDAAA PQVFSVAVPP YDGILNHGYE AHDKH REAE PAAGSHALSR KQPDAPLPAG QRLDVTPGRK RQILKNICMF LFMCNISLWI LPAFGCRPQY DNPLENETFG TSVWTT VLN VAIPLNLFYR MHSVASLFEV FRKV

UniProtKB: Proton channel OTOP1

-
分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

-
分子 #3: 4-methyl-N-{2-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}-1H-imidazole-5...

分子名称: 4-methyl-N-{2-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}-1H-imidazole-5-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: A1BKU
分子量理論値: 271.314 Da

-
分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTris
150.0 mMNaCl
2.0 mMdithiothreitol
0.5 %dimethylsulfoxide
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細sample was complexed with small molecule C2.2, reaching a final concentration of <= 10.85 mM, and 0.5% DMSO

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9435 / 平均露光時間: 3.48 sec. / 平均電子線量: 49.9 e/Å2
詳細: One-hundred-sixteen frames of 30 ms exposure time were collected per movie
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Micrographs with CTF estimates (CTFFIND4) worse than 6A were discarded.
粒子像選択選択した数: 6147309
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9360

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
詳細: final reported resolution of 3.23A was obtained through the Remote 3DFSC Processing server
使用した粒子像数: 155580
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 70000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nf4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9mff:
Structure of zebrafish OTOP1 in nanodisc in complex with inhibitor C2.2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る