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- EMDB-46592: Human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) monomer in 200 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46592
タイトルHuman excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) monomer in 200 mM NaCl, 10 mM L-Cysteine at IFS
マップデータEAAT3 monomer at IFS in 200 mM NaCl, 10 mM L-Cysteine
試料
  • 複合体: human excitatory amino acid transporter 3
    • タンパク質・ペプチド: human Human excitatory amino acid transporter 3
キーワードhuman EAAT3 / IFS / sodium bound / TRANSPORT PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Qiu B / Boudker O
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R37NS085318 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the excitatory amino acid transporter 3 substrate recognition.
著者: Biao Qiu / Olga Boudker /
要旨: Excitatory amino acid transporters (EAATs) reside on cell surfaces and uptake substrates, including L-glutamate, L-aspartate, and D-aspartate, using ion gradients. Among five EAATs, EAAT3 is the only ...Excitatory amino acid transporters (EAATs) reside on cell surfaces and uptake substrates, including L-glutamate, L-aspartate, and D-aspartate, using ion gradients. Among five EAATs, EAAT3 is the only isoform that can efficiently transport L-cysteine, a substrate for glutathione synthesis. Recent work suggests that EAAT3 also transports the oncometabolite R-2-hydroxyglutarate (R-2HG). Here, we examined the structural basis of substrate promiscuity by determining the cryo-EM structures of EAAT3 bound to different substrates. We found that L-cysteine binds to EAAT3 in thiolate form, and EAAT3 recognizes different substrates by fine-tuning local conformations of the coordinating residues. However, using purified human EAAT3, we could not observe R-2HG binding or transport. Imaging of EAAT3 bound to L-cysteine revealed several conformational states, including an outward-facing state with a semi-open gate and a disrupted sodium-binding site. These structures illustrate that the full gate closure, coupled with the binding of the last sodium ion, occurs after substrate binding. Furthermore, we observed that different substrates affect how the transporter distributes between a fully outward-facing conformation and intermediate occluded states on a path to the inward-facing conformation, suggesting that translocation rates are substrate-dependent.
履歴
登録2024年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46592.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EAAT3 monomer at IFS in 200 mM NaCl, 10 mM L-Cysteine
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.43
最小 - 最大-4.464724 - 6.3331957
平均 (標準偏差)0.005562926 (±0.112203695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46592_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_46592_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_46592_half_map_2.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human excitatory amino acid transporter 3

全体名称: human excitatory amino acid transporter 3
要素
  • 複合体: human excitatory amino acid transporter 3
    • タンパク質・ペプチド: human Human excitatory amino acid transporter 3

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超分子 #1: human excitatory amino acid transporter 3

超分子名称: human excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: human Human excitatory amino acid transporter 3

分子名称: human Human excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PL IISSMIT GVAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVD AMLDLI RNMFPENLVQ AAFQQYKTKR ...文字列:
GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PL IISSMIT GVAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVD AMLDLI RNMFPENLVQ AAFQQYKTKR EEVKPPSDPE MTMTEESFTA VMTTAISKTK TKEYKIVGMY SDGI NVLGL IVFALVFGLV IGKMGEKGQI LVDFFNALSD ATMKIVQIIM WYMPLGILFL IAGCIIEVED WEIFR KLGL YMATVLTGLA IHSIVILPLI YFIVVRKNPF RFAMGMAQAL LTALMISSSS ATLPVTFRCA EENNQV DKR ITRFVLPVGA TINMDGTALY EAVAAVFIAQ LNDLDLGIGQ IITISITATS ASIGAAGVPQ AGLVTMV IV LSAVGLPAED VTLIIAVDCL LDRFRTMVNV LGDAFGTGIV EKLSKKELEQ MDVSSEVNIV NPFALEST I LDNEDSDTKK SYVNGGFAVD KSDTISFTQT SQF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Hepes-Tris pH 7.4, 200 mM NaCl and 0.01% GDN, 10 mM L-Cysteine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4180263
詳細: This is the number of trimer particle from the image.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
詳細: This is number of monomer from C3 expanded particles.
使用した粒子像数: 159538
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 20 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
詳細: This is local classification for monomers on expanded particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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