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- PDB-9d66: Human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) with bound L-As... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d66
タイトルHuman excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) with bound L-Aspartate in an intermediate outward facing state
要素Excitatory amino acid transporter 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / EAAT3 / L-Asp / iOFS
機能・相同性
機能・相同性情報


D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / response to decreased oxygen levels / L-glutamate import / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transporter activity / cellular response to ammonium ion / L-glutamate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / D-aspartate import across plasma membrane / L-aspartate transmembrane transport / righting reflex / zinc ion transmembrane transport / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transporter activity / grooming behavior / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / proximal dendrite / monoatomic anion channel activity / L-glutamate import across plasma membrane / apical dendrite / transepithelial transport / response to anesthetic / conditioned place preference / intracellular zinc ion homeostasis / cellular response to cocaine / chloride transmembrane transporter activity / blood vessel morphogenesis / motor neuron apoptotic process / response to morphine / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / motor behavior / glutamate receptor signaling pathway / glutamate binding / neurotransmitter transport / superoxide metabolic process / heart contraction / maintenance of blood-brain barrier / perisynaptic space / dopamine metabolic process / adult behavior / : / asymmetric synapse / glial cell projection / response to axon injury / behavioral fear response / synaptic cleft / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / transport across blood-brain barrier / positive regulation of heart rate / monoatomic ion transport / neurogenesis / axon terminus / response to amphetamine / chloride transmembrane transport / dendritic shaft / cell periphery / locomotory behavior / synapse organization / cytokine-mediated signaling pathway / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / long-term synaptic potentiation / recycling endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / early endosome membrane / gene expression / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / apical plasma membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / : / Excitatory amino acid transporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Qiu, B. / Boudker, O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R37NS085318 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the excitatory amino acid transporter 3 substrate recognition.
著者: Biao Qiu / Olga Boudker /
要旨: Excitatory amino acid transporters (EAATs) reside on cell surfaces and uptake substrates, including L-glutamate, L-aspartate, and D-aspartate, using ion gradients. Among five EAATs, EAAT3 is the only ...Excitatory amino acid transporters (EAATs) reside on cell surfaces and uptake substrates, including L-glutamate, L-aspartate, and D-aspartate, using ion gradients. Among five EAATs, EAAT3 is the only isoform that can efficiently transport L-cysteine, a substrate for glutathione synthesis. Recent work suggests that EAAT3 also transports the oncometabolite R-2-hydroxyglutarate (R-2HG). Here, we examined the structural basis of substrate promiscuity by determining the cryo-EM structures of EAAT3 bound to different substrates. We found that L-cysteine binds to EAAT3 in thiolate form, and EAAT3 recognizes different substrates by fine-tuning local conformations of the coordinating residues. However, using purified human EAAT3, we could not observe R-2HG binding or transport. Imaging of EAAT3 bound to L-cysteine revealed several conformational states, including an outward-facing state with a semi-open gate and a disrupted sodium-binding site. These structures illustrate that the full gate closure, coupled with the binding of the last sodium ion, occurs after substrate binding. Furthermore, we observed that different substrates affect how the transporter distributes between a fully outward-facing conformation and intermediate occluded states on a path to the inward-facing conformation, suggesting that translocation rates are substrate-dependent.
履歴
登録2024年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excitatory amino acid transporter 3
B: Excitatory amino acid transporter 3
C: Excitatory amino acid transporter 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,57118
ポリマ－171,3633
非ポリマー1,20815
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Excitatory amino acid transporter 3 / Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent ...Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 3 / Solute carrier family 1 member 1


分子量: 57120.863 Da / 分子数: 3
変異: C9A, C100A, C158A, N178T, N195T, C219A, C256W, K269C, W441C
由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 2 residues "GP" is from the prescission protease cutting site.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A1, EAAC1, EAAT3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43005
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Hg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EAAT3 with L-Asp bound at iOFS* / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Hepes-Tris pH 7.4, 200 mM NaCl , 10 mM L-Aspartate, and 0.01% GDN
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4初期オイラー角割当
11cryoSPARC4最終オイラー角割当
12cryoSPARC4分類
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 12668720
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 908281 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 51.23 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8CTC

8ctc


Accession code: 8CTC / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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