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- EMDB-46465: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46465
タイトルCryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 (local mask)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN and Cpd 4
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: G1/S-specific cyclin-E1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione
キーワードkinase / degrader / ternary complex / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / G1/S-Specific Transcription / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / locomotory exploration behavior / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / positive regulation of Wnt signaling pathway / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein-containing complex assembly / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / positive regulation of protein-containing complex assembly / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Wnt signaling pathway / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Orc1 removal from chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / kinase activity / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of protein localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / endosome / protein ubiquitination / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cyclin, C-terminal domain ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / PUA-like superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
G1/S-specific cyclin-E1 / Cyclin-dependent kinase 2 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Kwiatkowski N / Liang T / Sha Z / Collier PN / Yang A / Sathappa M / Paul A / Su L / Zheng X / Aversa R ...Kwiatkowski N / Liang T / Sha Z / Collier PN / Yang A / Sathappa M / Paul A / Su L / Zheng X / Aversa R / Li K / Mehovic R / Breitkopf SB / Chen D / Howarth CL / Yuan K / Jo H / Growney JD / Weiss M / Williams J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2025
タイトル: CDK2 heterobifunctional degraders co-degrade CDK2 and cyclin E resulting in efficacy in CCNE1-amplified and overexpressed cancers.
著者: Nicholas Kwiatkowski / Tong Liang / Zhe Sha / Philip N Collier / Annan Yang / Murugappan Sathappa / Atanu Paul / Lijing Su / Xiaozhang Zheng / Robert Aversa / Kunhua Li / Revonda Mehovic / ...著者: Nicholas Kwiatkowski / Tong Liang / Zhe Sha / Philip N Collier / Annan Yang / Murugappan Sathappa / Atanu Paul / Lijing Su / Xiaozhang Zheng / Robert Aversa / Kunhua Li / Revonda Mehovic / Christina Kolodzy / Susanne B Breitkopf / Dapeng Chen / Charles L Howarth / Karen Yuan / Hakryul Jo / Joseph D Growney / Matthew Weiss / Juliet Williams /
要旨: CCNE1 amplification drives aberrant CDK2-cyclin E1 activity in cancer. Despite activity of CDK2 inhibitors, their therapeutic margins are limited by poor CDK selectivity. We developed a degrader with ...CCNE1 amplification drives aberrant CDK2-cyclin E1 activity in cancer. Despite activity of CDK2 inhibitors, their therapeutic margins are limited by poor CDK selectivity. We developed a degrader with high selectivity for CDK2 over CDK1 that also unexpectedly led to cyclin E1 degradation and potent and complete suppression of RB phosphorylation at concentrations with low CDK2 occupancy and negligible CDK1 degradation. Co-depletion of CDK2 and cyclin E1 also resensitized palbociclib-adapted breast cancer cells to cell cycle blockade. Overall, the improved potency and selectivity of the degrader for CDK2 over small-molecule inhibitors drives antiproliferative activity with greater specificity for CCNE1 cancer cells and RB dependency. Using an orally administered degrader, we demonstrate deep and sustained RB pathway suppression, which is needed to induce stasis in CCNE1 tumors. These results highlight the potential of this modality to target CDK2 potently and selectivity in this biomarker-defined patient population with high unmet need.
履歴
登録2024年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46465.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.152 Å		1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.152 Å		1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04873 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.026820803 - 2.900454
平均 (標準偏差)0.00051717454 (±0.01757224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 369.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46465_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46465_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46465_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN and Cpd 4

全体名称: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN and Cpd 4
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN and Cpd 4
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: G1/S-specific cyclin-E1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione

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超分子 #1: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN and Cpd 4

超分子名称: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN and Cpd 4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein cereblon

分子名称: Protein cereblon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.465375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GSEAKKPNII NFDTSLPTSH TYLGADMEEF HGRTLHDDDS CQVIPVLPQV MMILIPGQTL PLQLFHPQEV SMVRNLIQKD RTFAVLAYS NVQEREAQFG TTAEIYAYRE EQDFGIEIVK VKAIGRQRFK VLELRTQSDG IQQAKVQILP ECVLPSTMSA V QLESLNKC ...文字列:
GSEAKKPNII NFDTSLPTSH TYLGADMEEF HGRTLHDDDS CQVIPVLPQV MMILIPGQTL PLQLFHPQEV SMVRNLIQKD RTFAVLAYS NVQEREAQFG TTAEIYAYRE EQDFGIEIVK VKAIGRQRFK VLELRTQSDG IQQAKVQILP ECVLPSTMSA V QLESLNKC QIFPSKPVSR EDQCSYKWWQ KYQKRKFHCA NLTSWPRWLY SLYDAETLMD RIKKQLREWD ENLKDDSLPS NP IDFSYRV AACLPIDDVL RIQLLKIGSA IQRLRCELDI MNKCTSLCCK QCQETEITTK NEIFSLSLCG PMAAYVNPHG YVH ETLTVY KACNLNLIGR PSTEHSWFPG YAWTVAQCKI CASHIGWKFT ATKKDMSPQK FWGLTRSALL PTIPDTEDEI SPDK VILCL

UniProtKB: Protein cereblon

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分子 #2: Cyclin-dependent kinase 2

分子名称: Cyclin-dependent kinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclin-dependent kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.056469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO) ...文字列:
MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO)HEVVTLWY RAPEILLGCK YYSTAVDIWS LGCIFAEMVT RRALFPGDSE IDQLFRIFRT LGTPDEVVWP GVTSMPD YK PSFPKWARQD FSKVVPPLDE DGRSLLSQML HYDPNKRISA KAALAHPFFQ DVTKPVPHLR L

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 2

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分子 #3: G1/S-specific cyclin-E1

分子名称: G1/S-specific cyclin-E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.140578 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SGSIIAPSRG SPLPVLSWAN REEVWKIMLN KEKTYLRDQH FLEQHPLLQP KMRAILLDWL MEVCEVYKLH RETFYLAQDF FDRYMATQE NVVKTLLQLI GISSLFIAAK LEEIYPPKLH QFAYVTDGAC SGDEILTMEL MIMKALKWRL SPLTIVSWLN V YMQVAYLN ...文字列:
SGSIIAPSRG SPLPVLSWAN REEVWKIMLN KEKTYLRDQH FLEQHPLLQP KMRAILLDWL MEVCEVYKLH RETFYLAQDF FDRYMATQE NVVKTLLQLI GISSLFIAAK LEEIYPPKLH QFAYVTDGAC SGDEILTMEL MIMKALKWRL SPLTIVSWLN V YMQVAYLN DLHEVLLPQY PQQIFIQIAE LLDLCVLDVD CLEFPYGILA ASALYHFSSS ELMQKVSGYQ WCDIENCVKW MV PFAMVIR ETGSSKLKHF RGVADEDAHN IQTHRDSLDL LDKARAKKA

UniProtKB: G1/S-specific cyclin-E1

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d...

分子名称: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo- ...名称: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1A1I
分子量理論値: 880.041 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 537511
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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