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- EMDB-46464: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46464
タイトルCryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: G1/S-specific cyclin-E1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione
キーワードkinase / degrader / ternary complex / CDK2 / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RHOBTB3 ATPase cycle / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RHOBTB3 ATPase cycle / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / limb development / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / regulation of heterochromatin organization / WD40-repeat domain binding / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / G1/S-Specific Transcription / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / microtubule organizing center / G0 and Early G1 / locomotory exploration behavior / viral release from host cell / Telomere Extension By Telomerase / Activation of the pre-replicative complex / cullin family protein binding / DNA replication initiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Activation of ATR in response to replication stress / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / positive regulation of Wnt signaling pathway / Cyclin E associated events during G1/S transition / positive regulation of viral genome replication / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of protein-containing complex assembly / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of protein localization to chromatin / cellular response to nitric oxide / proteasomal protein catabolic process / post-translational protein modification / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of gluconeogenesis / telomere maintenance / cyclin binding / positive regulation of DNA replication / peptidyl-serine phosphorylation / male germ cell nucleus / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / potassium ion transport / sperm end piece / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Meiotic recombination / G2/M transition of mitotic cell cycle / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Orc1 removal from chromatin / Dual incision in TC-NER
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / : / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / PUA-like superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
G1/S-specific cyclin-E1 / Cyclin-dependent kinase 2 / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kwiatkowski N / Liang T / Sha Z / Collier PN / Yang A / Sathappa M / Paul A / Su L / Zheng X / Aversa R ...Kwiatkowski N / Liang T / Sha Z / Collier PN / Yang A / Sathappa M / Paul A / Su L / Zheng X / Aversa R / Li K / Mehovic R / Breitkopf SB / Chen D / Howarth CL / Yuan K / Jo H / Growney JD / Weiss M / Williams J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2025
タイトル: CDK2 heterobifunctional degraders co-degrade CDK2 and cyclin E resulting in efficacy in CCNE1-amplified and overexpressed cancers.
著者: Nicholas Kwiatkowski / Tong Liang / Zhe Sha / Philip N Collier / Annan Yang / Murugappan Sathappa / Atanu Paul / Lijing Su / Xiaozhang Zheng / Robert Aversa / Kunhua Li / Revonda Mehovic / ...著者: Nicholas Kwiatkowski / Tong Liang / Zhe Sha / Philip N Collier / Annan Yang / Murugappan Sathappa / Atanu Paul / Lijing Su / Xiaozhang Zheng / Robert Aversa / Kunhua Li / Revonda Mehovic / Christina Kolodzy / Susanne B Breitkopf / Dapeng Chen / Charles L Howarth / Karen Yuan / Hakryul Jo / Joseph D Growney / Matthew Weiss / Juliet Williams /
要旨: CCNE1 amplification drives aberrant CDK2-cyclin E1 activity in cancer. Despite activity of CDK2 inhibitors, their therapeutic margins are limited by poor CDK selectivity. We developed a degrader with ...CCNE1 amplification drives aberrant CDK2-cyclin E1 activity in cancer. Despite activity of CDK2 inhibitors, their therapeutic margins are limited by poor CDK selectivity. We developed a degrader with high selectivity for CDK2 over CDK1 that also unexpectedly led to cyclin E1 degradation and potent and complete suppression of RB phosphorylation at concentrations with low CDK2 occupancy and negligible CDK1 degradation. Co-depletion of CDK2 and cyclin E1 also resensitized palbociclib-adapted breast cancer cells to cell cycle blockade. Overall, the improved potency and selectivity of the degrader for CDK2 over small-molecule inhibitors drives antiproliferative activity with greater specificity for CCNE1 cancer cells and RB dependency. Using an orally administered degrader, we demonstrate deep and sustained RB pathway suppression, which is needed to induce stasis in CCNE1 tumors. These results highlight the potential of this modality to target CDK2 potently and selectivity in this biomarker-defined patient population with high unmet need.
履歴
登録2024年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46464.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46464.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.152 Å		1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.152 Å		1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04873 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.0058383564 - 1.9126251
平均 (標準偏差)0.00087967486 (±0.02214877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 369.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46464_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46464_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4

全体名称: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: G1/S-specific cyclin-E1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione

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超分子 #1: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4

超分子名称: Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 128.139578 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIHWSHPQF EK

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #2: Protein cereblon

分子名称: Protein cereblon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.465375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GSEAKKPNII NFDTSLPTSH TYLGADMEEF HGRTLHDDDS CQVIPVLPQV MMILIPGQTL PLQLFHPQEV SMVRNLIQKD RTFAVLAYS NVQEREAQFG TTAEIYAYRE EQDFGIEIVK VKAIGRQRFK VLELRTQSDG IQQAKVQILP ECVLPSTMSA V QLESLNKC ...文字列:
GSEAKKPNII NFDTSLPTSH TYLGADMEEF HGRTLHDDDS CQVIPVLPQV MMILIPGQTL PLQLFHPQEV SMVRNLIQKD RTFAVLAYS NVQEREAQFG TTAEIYAYRE EQDFGIEIVK VKAIGRQRFK VLELRTQSDG IQQAKVQILP ECVLPSTMSA V QLESLNKC QIFPSKPVSR EDQCSYKWWQ KYQKRKFHCA NLTSWPRWLY SLYDAETLMD RIKKQLREWD ENLKDDSLPS NP IDFSYRV AACLPIDDVL RIQLLKIGSA IQRLRCELDI MNKCTSLCCK QCQETEITTK NEIFSLSLCG PMAAYVNPHG YVH ETLTVY KACNLNLIGR PSTEHSWFPG YAWTVAQCKI CASHIGWKFT ATKKDMSPQK FWGLTRSALL PTIPDTEDEI SPDK VILCL

UniProtKB: Protein cereblon

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分子 #3: Cyclin-dependent kinase 2

分子名称: Cyclin-dependent kinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclin-dependent kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.056469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO) ...文字列:
MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO)HEVVTLWY RAPEILLGCK YYSTAVDIWS LGCIFAEMVT RRALFPGDSE IDQLFRIFRT LGTPDEVVWP GVTSMPD YK PSFPKWARQD FSKVVPPLDE DGRSLLSQML HYDPNKRISA KAALAHPFFQ DVTKPVPHLR L

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 2

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分子 #4: G1/S-specific cyclin-E1

分子名称: G1/S-specific cyclin-E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.140578 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SGSIIAPSRG SPLPVLSWAN REEVWKIMLN KEKTYLRDQH FLEQHPLLQP KMRAILLDWL MEVCEVYKLH RETFYLAQDF FDRYMATQE NVVKTLLQLI GISSLFIAAK LEEIYPPKLH QFAYVTDGAC SGDEILTMEL MIMKALKWRL SPLTIVSWLN V YMQVAYLN ...文字列:
SGSIIAPSRG SPLPVLSWAN REEVWKIMLN KEKTYLRDQH FLEQHPLLQP KMRAILLDWL MEVCEVYKLH RETFYLAQDF FDRYMATQE NVVKTLLQLI GISSLFIAAK LEEIYPPKLH QFAYVTDGAC SGDEILTMEL MIMKALKWRL SPLTIVSWLN V YMQVAYLN DLHEVLLPQY PQQIFIQIAE LLDLCVLDVD CLEFPYGILA ASALYHFSSS ELMQKVSGYQ WCDIENCVKW MV PFAMVIR ETGSSKLKHF RGVADEDAHN IQTHRDSLDL LDKARAKKA

UniProtKB: G1/S-specific cyclin-E1

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d...

分子名称: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo- ...名称: (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1A1I
分子量理論値: 880.041 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 537511
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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