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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4632 | ||||||||||||
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タイトル | A dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from ZZ explant liver tissue and decorated with Fab 4B12 (component A with ~60 degree rotation around the dimer axis) | ||||||||||||
マップデータ | Unmasked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis. | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Elliston ELK / Faull SV / Orlova EV / Gooptu B / Lomas DA / Irving JA | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: The structural basis for Z α-antitrypsin polymerization in the liver. 著者: Sarah V Faull / Emma L K Elliston / Bibek Gooptu / Alistair M Jagger / Ibrahim Aldobiyan / Adam Redzej / Magd Badaoui / Nina Heyer-Chauhan / S Tamir Rashid / Gary M Reynolds / David H Adams / ...著者: Sarah V Faull / Emma L K Elliston / Bibek Gooptu / Alistair M Jagger / Ibrahim Aldobiyan / Adam Redzej / Magd Badaoui / Nina Heyer-Chauhan / S Tamir Rashid / Gary M Reynolds / David H Adams / Elena Miranda / Elena V Orlova / James A Irving / David A Lomas / 要旨: The serpinopathies are among a diverse set of conformational diseases that involve the aberrant self-association of proteins into ordered aggregates. α-Antitrypsin deficiency is the archetypal ...The serpinopathies are among a diverse set of conformational diseases that involve the aberrant self-association of proteins into ordered aggregates. α-Antitrypsin deficiency is the archetypal serpinopathy and results from the formation and deposition of mutant forms of α-antitrypsin as "polymer" chains in liver tissue. No detailed structural analysis has been performed of this material. Moreover, there is little information on the relevance of well-studied artificially induced polymers to these disease-associated molecules. We have isolated polymers from the liver tissue of Z α-antitrypsin homozygotes (E342K) who have undergone transplantation, labeled them using a Fab fragment, and performed single-particle analysis of negative-stain electron micrographs. The data show structural equivalence between heat-induced and ex vivo polymers and that the intersubunit linkage is best explained by a carboxyl-terminal domain swap between molecules of α-antitrypsin. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4632.map.gz | 12 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4632-v30.xml emd-4632.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4632_fsc.xml | 6.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4632.png | 40.5 KB | ||
マスクデータ | emd_4632_msk_1.map | 12.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4632_additional.map.gz emd_4632_additional_1.map.gz | 1.7 MB 1.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4632 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4632 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4632_validation.pdf.gz | 245.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4632_full_validation.pdf.gz | 244.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4632_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4632 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4632 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unmasked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4632_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers...
ファイル | emd_4632_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers...
ファイル | emd_4632_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsi...
全体 | 名称: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsin labelled with 4B12 Fab fragments |
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要素 |
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-超分子 #1: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsi...
超分子 | 名称: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsin labelled with 4B12 Fab fragments タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Polymers of alpha-1 antitrypsin were isolated from patient explant tissue and labelled with the Fab fragment of a non-conformationally selective monoclonal antibody (4B12). |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver / 組織: Explant tissue |
-超分子 #2: Complex between two 4B12 Fab fragments and a dimer component of p...
超分子 | 名称: Complex between two 4B12 Fab fragments and a dimer component of polymers of the severe deficiency Z alpha-1 antitrypsin variant タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver |
分子量 | 実験値: 200 KDa |
-分子 #1: Alpha-1 antitrypsin
分子 | 名称: Alpha-1 antitrypsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: 'Z' severe deficiency variant of alpha-1 antitrypsin 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver / 組織: Explant tissue |
配列 | 文字列: EDPQGDAAQK TDTSHHDQDH PTFNKITPNL AEFAFS LYR QLAHQSNSTN IFFSPVSIAT AFAMLSLGTK ADTHDEILEG LNFNLTEIPE AQIHEGF QE LLRTLNQPDS QLQLTTGNGL FLSEGLKLVD KFLEDVKKLY HSEAFTVNFG DTEEAKKQ I NDYVEKGTQG ...文字列: EDPQGDAAQK TDTSHHDQDH PTFNKITPNL AEFAFS LYR QLAHQSNSTN IFFSPVSIAT AFAMLSLGTK ADTHDEILEG LNFNLTEIPE AQIHEGF QE LLRTLNQPDS QLQLTTGNGL FLSEGLKLVD KFLEDVKKLY HSEAFTVNFG DTEEAKKQ I NDYVEKGTQG KIVDLVKELD RDTVFALVNY IFFKGKWERP FEVKDTEEED FHVDQVTTV KVPMMKRLGM FNIQHCKKLS SWVLLMKYLG NATAIFFLPD EGKLQHLENE LTHDIITKFL ENEDRRSAS LHLPKLSITG TYDLKSVLGQ LGITKVFSNG ADLSGVTEEA PLKLSKAVHK A VLTIDKKG TEAAGAMFLE AIPMSIPPEV KFNKPFVFLM IEQNTKSPLF MGKVVNPTQK |
-分子 #2: 4B12 Fab heavy chain
分子 | 名称: 4B12 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Heavy chain of the Fab fragment of a non-conformationally-selective antibody (4B12) that binds to alpha-1-antitrypsin 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 器官: Spleen |
配列 | 文字列: QVKLEESGPE LVKPGASVKI SCKASGYSFI GYYMHWVKQS HVKSLEWIGR INPYNGATRY NQNFQDRATL TVDKSSSTAY MDFHSLTSED SAVYYCVRWP GDYWGQGTSV TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL SSGVHTFPAV ...文字列: QVKLEESGPE LVKPGASVKI SCKASGYSFI GYYMHWVKQS HVKSLEWIGR INPYNGATRY NQNFQDRATL TVDKSSSTAY MDFHSLTSED SAVYYCVRWP GDYWGQGTSV TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCTS |
-分子 #3: 4B12 Fab light chain
分子 | 名称: 4B12 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: Light chain of the Fab fragment of a non-conformationally-selective antibody (4B12) that binds to alpha-1-antitrypsin 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 器官: Spleen |
配列 | 文字列: DIVMTQTPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN NYIAWYQLKP GKGPRQLIHY TSKLQPGIPS RFSGSGSGSD YSFSISNLEP EDIGTYYCLR YEDLWTFGGG TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS ...文字列: DIVMTQTPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN NYIAWYQLKP GKGPRQLIHY TSKLQPGIPS RFSGSGSGSD YSFSISNLEP EDIGTYYCLR YEDLWTFGGG TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS TYSMSSTLTL TKDEYERHNS YTCEATHKTS TSPIVKSFN |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate 詳細: 3 microlitres of prepared sample was applied to glow-discharged carbon film on 300 mesh copper (CF300-Cu) grids. Sample was bound to the grid for 1 minute before blotting excess solution. 5 ...詳細: 3 microlitres of prepared sample was applied to glow-discharged carbon film on 300 mesh copper (CF300-Cu) grids. Sample was bound to the grid for 1 minute before blotting excess solution. 5 microlitres of 2% w/v uranyl acetate was applied for 1 minute before blotting; this staining step was repeated once. | ||||||||||||
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
詳細 | The sample comprised a mixed population of unbranched polymers of varying lengths, labelled with the Fab fragment of the 4B12 antibody. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.009 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.888 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 41470 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |