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万見
- EMDB-4628: Cryo-EM structure of Tobacco Mossaic Virus from microfluidic grid... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4628
タイトルCryo-EM structure of Tobacco Mossaic Virus from microfluidic grid preparation.
マップデータ
試料
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Schmidli C / Albiez S / Rima L / Righetto R / Mohammed I / Oliva P / Kovacik L / Stahlberg H / Braun T
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation200021_162521 スイス
Swiss National Science Foundation205320_166164 スイス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Microfluidic protein isolation and sample preparation for high-resolution cryo-EM.
著者: Claudio Schmidli / Stefan Albiez / Luca Rima / Ricardo Righetto / Inayatulla Mohammed / Paolo Oliva / Lubomir Kovacik / Henning Stahlberg / Thomas Braun /
要旨: High-resolution structural information is essential to understand protein function. Protein-structure determination needs a considerable amount of protein, which can be challenging to produce, often ...High-resolution structural information is essential to understand protein function. Protein-structure determination needs a considerable amount of protein, which can be challenging to produce, often involving harsh and lengthy procedures. In contrast, the several thousand to a few million protein particles required for structure determination by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) can be provided by miniaturized systems. Here, we present a microfluidic method for the rapid isolation of a target protein and its direct preparation for cryo-EM. Less than 1 μL of cell lysate is required as starting material to solve the atomic structure of the untagged, endogenous human 20S proteasome. Our work paves the way for high-throughput structure determination of proteins from minimal amounts of cell lysate and opens more opportunities for the isolation of sensitive, endogenous protein complexes.
履歴
登録2019年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月3日-
マップ公開2019年7月3日-
更新2019年7月31日-
現状2019年7月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0511
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0511
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r7m
  • 表面レベル: 0.0511
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6r7m
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4628.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 420 pix.
= 341.04 Å		0.81 Å/pix.
x 420 pix.
= 341.04 Å		0.81 Å/pix.
x 420 pix.
= 341.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.812 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0511 / ムービー #1: 0.0511
最小 - 最大-0.17561358 - 0.4090628
平均 (標準偏差)0.00027206176 (±0.009701207)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 341.03998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8120.8120.812
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z341.040341.040341.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.1760.4090.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tobacco mosaic virus

全体名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1: Tobacco mosaic virus

超分子名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 39.5 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CP / 直径: 180.0 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: CryoWriter..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 523 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.41 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.03 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 52776
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
Segment selection選択した数: 2676 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: beta
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2842

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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