[日本語] English
万見
- EMDB-4608: Human Adenovirus type 3 fiber knob in complex with one copy of De... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4608
タイトルHuman Adenovirus type 3 fiber knob in complex with one copy of Desmoglein-2
マップデータHuman Adenovirus type 3 fiber knob in complex with one DSG-2
試料
  • 複合体: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
    • 複合体: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
      • タンパク質・ペプチド: Fiber protein
    • 複合体: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
      • タンパク質・ペプチド: Desmoglein-2
キーワードvirus receptor / adenovirus / vector / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / maternal process involved in female pregnancy / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cell junction / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / host cell nucleus / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Desmosomal cadherin / : / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...Desmosomal cadherin / : / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fiber protein / Desmoglein-2
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Effantin G
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-18-CE11-0001 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: CryoEM structure of adenovirus type 3 fibre with desmoglein 2 shows an unusual mode of receptor engagement.
著者: Emilie Vassal-Stermann / Gregory Effantin / Chloe Zubieta / Wim Burmeister / Frédéric Iseni / Hongjie Wang / André Lieber / Guy Schoehn / Pascal Fender /
要旨: Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo- ...Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a <100 kDa non-symmetrical complex comprising the trimeric HAd type 3 fibre knob (HAd3K) and human desmoglein 2 (DSG2). The structure reveals a unique stoichiometry of 1:1 and 2:1 (DSG2: knob trimer) not previously observed for other HAd-receptor complexes. We demonstrate that mutating Asp261 in the fibre knob is sufficient to totally abolish receptor binding. These data shed new light on adenovirus infection strategies and provide insights for adenoviral vector development and structure-based design.
履歴
登録2019年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qnt
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4608.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Adenovirus type 3 fiber knob in complex with one DSG-2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.4 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.4 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.19289026 - 0.33513376
平均 (標準偏差)-0.000031167077 (±0.009299881)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 213.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.400213.400213.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1930.335-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of De...

全体名称: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
要素
  • 複合体: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
    • 複合体: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
      • タンパク質・ペプチド: Fiber protein
    • 複合体: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
      • タンパク質・ペプチド: Desmoglein-2

-
超分子 #1: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of De...

超分子名称: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 96 KDa

-
超分子 #2: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of De...

超分子名称: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)

-
超分子 #3: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of De...

超分子名称: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with one copy of Desmoglein 2
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Fiber protein

分子名称: Fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 20.95467 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
NNTLWTGPKP EANCIIEYGK QNPDSKLTLI LVKNGGIVNG YVTLMGASDY VNTLFKNKNV SINVELYFDA TGHILPDSSS LKTDLELKY KQTADFSARG FMPSTTAYPF VLPNGTHNEN YIFGQCYYKA SDGALFPLEV TVMLNKRLPD SRTSYVMTFL W SLNAGLAP ETTQATLITS PFTFSYIRED

UniProtKB: Fiber protein

-
分子 #2: Desmoglein-2

分子名称: Desmoglein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.268219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PVFTQDVFVG SVEELSAAHT LVMKINATDA EPNTLSKISY RIVSLEPAYP PVFYLNKDTG EIYTTSVTLD REEHSSYTLT VEARDGVKQ AQVQIRILDV NDNIPVVELE GMVEENQVNV EVTRIKVFDA DEIGSDNWLA NFTFASGNEG GYFHIETDAQ T NEGIVTLI ...文字列:
PVFTQDVFVG SVEELSAAHT LVMKINATDA EPNTLSKISY RIVSLEPAYP PVFYLNKDTG EIYTTSVTLD REEHSSYTLT VEARDGVKQ AQVQIRILDV NDNIPVVELE GMVEENQVNV EVTRIKVFDA DEIGSDNWLA NFTFASGNEG GYFHIETDAQ T NEGIVTLI KEVYMKNLDF SVIVANKAAF HKSIRSKYKP TPIPIKVKVK

UniProtKB: Desmoglein-2

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1h7z

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139958
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る