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- EMDB-4577: Structure of fatty acid synthase complex with bound gamma subunit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4577
タイトルStructure of fatty acid synthase complex with bound gamma subunit from Saccharomyces cerevisiae at 2.8 angstrom
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Fatty acid synthase holoenzyme complex at 2.8 angstrom resolution
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation machinery-associated protein 17
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity ...fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / proteasome regulatory particle assembly / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / fatty acid biosynthetic process / protein-macromolecule adaptor activity / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation machinery-associated protein 17 / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical ...Translation machinery-associated protein 17 / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / : / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / Fatty acid synthase / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / HotDog domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase subunit alpha / Translation machinery-associated protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Singh K / Graf B / Linden A / Sautner V / Urlaub H / Tittmann K / Stark H / Chari A
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationSFB860-TP A5 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Regulatory Subunit of the Yeast Fatty Acid Synthase.
著者: Kashish Singh / Benjamin Graf / Andreas Linden / Viktor Sautner / Henning Urlaub / Kai Tittmann / Holger Stark / Ashwin Chari /
要旨: Fatty acid synthases (FASs) are central to metabolism but are also of biotechnological interest for the production of fine chemicals and biofuels from renewable resources. During fatty acid ...Fatty acid synthases (FASs) are central to metabolism but are also of biotechnological interest for the production of fine chemicals and biofuels from renewable resources. During fatty acid synthesis, the growing fatty acid chain is thought to be shuttled by the dynamic acyl carrier protein domain to several enzyme active sites. Here, we report the discovery of a γ subunit of the 2.6 megadalton α-βS. cerevisiae FAS, which is shown by high-resolution structures to stabilize a rotated FAS conformation and rearrange ACP domains from equatorial to axial positions. The γ subunit spans the length of the FAS inner cavity, impeding reductase activities of FAS, regulating NADPH turnover by kinetic hysteresis at the ketoreductase, and suppressing off-pathway reactions at the enoylreductase. The γ subunit delineates the functional compartment within FAS. As a scaffold, it may be exploited to incorporate natural and designed enzymatic activities that are not present in natural FAS.
履歴
登録2019年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ql5
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4577.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4577.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.057575833 - 0.14180543
平均 (標準偏差)0.0000703127 (±0.009491231)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.200339.200339.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0580.1420.000

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_4577_additional.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_4577_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_4577_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fatty acid synthase holoenzyme complex at 2.8 angstrom resolution

全体名称: Fatty acid synthase holoenzyme complex at 2.8 angstrom resolution
要素
  • 複合体: Fatty acid synthase holoenzyme complex at 2.8 angstrom resolution
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation machinery-associated protein 17
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

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超分子 #1: Fatty acid synthase holoenzyme complex at 2.8 angstrom resolution

超分子名称: Fatty acid synthase holoenzyme complex at 2.8 angstrom resolution
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: BJ2168 (MATa prc1-407 prb1-1122 pep4-3 leu2 trp1 ura3-52 gal2 tma17::kanMX)
分子量実験値: 2.6 MDa

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分子 #1: Fatty acid synthase subunit alpha

分子名称: Fatty acid synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 207.184422 KDa
配列文字列: MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIY YTPDPSELAA KEEPAKEEAP APTPAASAPA PAAAAPAPVA AAAPAAAAAE IADEPVKASL LLHVLVAHKL K KSLDSIPM ...文字列:
MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIY YTPDPSELAA KEEPAKEEAP APTPAASAPA PAAAAPAPVA AAAPAAAAAE IADEPVKASL LLHVLVAHKL K KSLDSIPM SKTIKDLVGG KSTVQNEILG DLGKEFGTTP EKPEETPLEE LAETFQDTFS GALGKQSSSL LSRLISSKMP GG FTITVAR KYLQTRWGLP SGRQDGVLLV ALSNEPAARL GSEADAKAFL DSMAQKYASI VGVDLSSAAS ASGAAGAGAA AGA AMIDAG ALEEITKDHK VLARQQLQVL ARYLKMDLDN GERKFLKEKD TVAELQAQLD YLNAELGEFF VNGVATSFSR KKAR TFDSS WNWAKQSLLS LYFEIIHGVL KNVDREVVSE AINIMNRSND ALIKFMEYHI SNTDETKGEN YQLVKTLGEQ LIENC KQVL DVDPVYKDVA KPTGPKTAID KNGNITYSEE PREKVRKLSQ YVQEMALGGP ITKESQPTIE EDLTRVYKAI SAQADK QDI SSSTRVEFEK LYSDLMKFLE SSKEIDPSQT TQLAGMDVED ALDKDSTKEV ASLPNKSTIS KTVSSTIPRE TIPFLHL RK KTPAGDWKYD RQLSSLFLDG LEKAAFNGVT FKDKYVLITG AGKGSIGAEV LQGLLQGGAK VVVTTSRFSK QVTDYYQS I YAKYGAKGST LIVVPFNQGS KQDVEALIEF IYDTEKNGGL GWDLDAIIPF AAIPEQGIEL EHIDSKSEFA HRIMLTNIL RMMGCVKKQK SARGIETRPA QVILPMSPNH GTFGGDGMYS ESKLSLETLF NRWHSESWAN QLTVCGAIIG WTRGTGLMSA NNIIAEGIE KMGVRTFSQK EMAFNLLGLL TPEVVELCQK SPVMADLNGG LQFVPELKEF TAKLRKELVE TSEVRKAVSI E TALEHKVV NGNSADAAYA QVEIQPRANI QLDFPELKPY KQVKQIAPAE LEGLLDLERV IVVTGFAEVG PWGSARTRWE ME AFGEFSL EGCVEMAWIM GFISYHNGNL KGRPYTGWVD SKTKEPVDDK DVKAKYETSI LEHSGIRLIE PELFNGYNPE KKE MIQEVI VEEDLEPFEA SKETAEQFKH QHGDKVDIFE IPETGEYSVK LLKGATLYIP KALRFDRLVA GQIPTGWNAK TYGI SDDII SQVDPITLFV LVSVVEAFIA SGITDPYEMY KYVHVSEVGN CSGSGMGGVS ALRGMFKDRF KDEPVQNDIL QESFI NTMS AWVNMLLISS SGPIKTPVGA CATSVESVDI GVETILSGKA RICIVGGYDD FQEEGSFEFG NMKATSNTLE EFEHGR TPA EMSRPATTTR NGFMEAQGAG IQIIMQADLA LKMGVPIYGI VAMAATATDK IGRSVPAPGK GILTTAREHH SSVKYAS PN LNMKYRKRQL VTREAQIKDW VENELEALKL EAEEIPSEDQ NEFLLERTRE IHNEAESQLR AAQQQWGNDF YKRDPRIA P LRGALATYGL TIDDLGVASF HGTSTKANDK NESATINEMM KHLGRSEGNP VIGVFQKFLT GHPKGAAGAW MMNGALQIL NSGIIPGNRN ADNVDKILEQ FEYVLYPSKT LKTDGVRAVS ITSFGFGQKG GQAIVVHPDY LYGAITEDRY NEYVAKVSAR EKSAYKFFH NGMIYNKLFV SKEHAPYTDE LEEDVYLDPL ARVSKDKKSG SLTFNSKNIQ SKDSYINANT IETAKMIENM T KEKVSNGG VGVDVELITS INVENDTFIE RNFTPQEIEY CSAQPSVQSS FAGTWSAKEA VFKSLGVKSL GGGAALKDIE IV RVNKNAP AVELHGNAKK AAEEAGVTDV KVSISHDDLQ AVAVAVSTKK

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分子 #2: Fatty acid synthase subunit beta

分子名称: Fatty acid synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 227.785141 KDa
配列文字列: STRPLTLSHG SLEHVLLVPT ASFFIASQLQ EQFNKILPEP TEGFAADDEP TTPAELVGKF LGYVSSLVEP SKVGQFDQVL NLCLTEFEN CYLEGNDIHA LAAKLLQEND TTLVKTKELI KNYITARIMA KRPFDKKSNS ALFRAVGEGN AQLVAIFGGQ G NTDDYFEE ...文字列:
STRPLTLSHG SLEHVLLVPT ASFFIASQLQ EQFNKILPEP TEGFAADDEP TTPAELVGKF LGYVSSLVEP SKVGQFDQVL NLCLTEFEN CYLEGNDIHA LAAKLLQEND TTLVKTKELI KNYITARIMA KRPFDKKSNS ALFRAVGEGN AQLVAIFGGQ G NTDDYFEE LRDLYQTYHV LVGDLIKFSA ETLSELIRTT LDAEKVFTQG LNILEWLENP SNTPDKDYLL SIPISCPLIG VI QLAHYVV TAKLLGFTPG ELRSYLKGAT GHSQGLVTAV AIAETDSWES FFVSVRKAIT VLFFIGVRCY EAYPNTSLPP SIL EDSLEN NEGVPSPMLS ISNLTQEQVQ DYVNKTNSHL PAGKQVEISL VNGAKNLVVS GPPQSLYGLN LTLRKAKAPS GLDQ SRIPF SERKLKFSNR FLPVASPFHS HLLVPASDLI NKDLVKNNVS FNAKDIQIPV YDTFDGSDLR VLSGSISERI VDCII RLPV KWETTTQFKA THILDFGPGG ASGLGVLTHR NKDGTGVRVI VAGTLDINPD DDYGFKQEIF DVTSNGLKKN PNWLEE YHP KLIKNKSGKI FVETKFSKLI GRPPLLVPGM TPCTVSPDFV AATTNAGYTI ELAGGGYFSA AGMTAAIDSV VSQIEKG ST FGINLIYVNP FMLQWGIPLI KELRSKGYPI QFLTIGAGVP SLEVASEYIE TLGLKYLGLK PGSIDAISQV INIAKAHP N FPIALQWTGG RGGGHHSFED AHTPMLQMYS KIRRHPNIML IFGSGFGSAD DTYPYLTGEW STKFDYPPMP FDGFLFGSR VMIAKEVKTS PDAKKCIAAC TGVPDDKWEQ TYKKPTGGIV TVRSEMGEPI HKIATRGVML WKEFDETIFN LPKNKLVPTL EAKRDYIIS RLNADFQKPW FATVNGQARD LATMTYEEVA KRLVELMFIR STNSWFDVTW RTFTGDFLRR VEERFTKSKT L SLIQSYSL LDKPDEAIEK VFNAYPAARE QFLNAQDIDH FLSMCQNPMQ KPVPFVPVLD RRFEIFFKKD SLWQSEHLEA VV DQDVQRT CILHGPVAAQ FTKVIDEPIK SIMDGIHDGH IKKLLHQYYG DDESKIPAVE YFGGESPVDV QSDSEDSAVF KAT SSTDEE SWFKALAGSE INWRHASFLC SFITQDKMFV SNPIRKVFKP SQGMVVEISN GNTSSKTVVT LSEPVQGELK PTVI LKLLK ENIIQMEMIE NRTMDGKPVS LPLLYNFNPD NGFAPISEVM EDRNQRIKEM YWKLWIDEPF NLDFDPRDVI KGKDF EITA KEVYDFTHAV GNNCEDFVSR PDRTMLAPMD FAIVVGWRAI IKAIFPNTVD GDLLKLVHLS NGYKMIPGAK PLQVGD VVS TTAVIESVVN QPTGKIVDVV GTLSRNGKPV MEVTSSFFYR GNYTDFENTF QKTVEPVYQM HIKTSKDIAV LRSKEWF QL DDEDFDLLNK TLTFETETEV TFKNANIFSS VKCFGPIKVE LPTKETVEIG IVDYEAGASH GNPVVDFLKR NGSTLEQK V NLENPIPIAV LDSYTPSTNE PYARVSGDLN PIHVSRHFAS YANLPGTITH GMFSSASVRA LIENWAADSV SSRVRGYTC QFVDMVLPNT ALKTSIQHVG MINGRKLIKF ETRNEDDVVV LTGEAEIEQP VTTFVFTGQG SQEQGMGMDL YKTSKAAQDV WNRADNHFK DTYGFSILDI VINNPVNLTI HFGGEKGKRI RENYSAMIFE TIVDGKLKTE KIFKEINEHS TSYTFRSEKG L LSATQFTQ PALTLMEKAA FEDLKSKGLI PADATFAGHS LGEYAALASL ADVMSIESLV EVVFYRGMTM QVAVPRDELG RS NYGMIAI NPGRVAASFS QEALQYVVER VGKRTGWLVE IVNYNVENQQ YVAAGDLRAL DTVTNVLNFI KLQKIDIIEL QKS LSLEEV EGHLFEIIDE ASKKSAVKPR PLKLERGFAC IPLVGISVPF HSTYLMNGVK PFKSFLKKNI IKENVKVARL AGKY IPNLT AKPFQVTKEY FQDVYDLTGS EPIKEIIDNW EKYEQ

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分子 #3: Translation machinery-associated protein 17

分子名称: Translation machinery-associated protein 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.558117 KDa
配列文字列:
SAGGIRRPIQ IEEFKTAISG MSDMELAQIK TEIENSINHL QRSNARLGKY IAKLEGADDR LEADDSDDLE NIDSGDLALY KDSVRENEI VLNNYNERVD ALEQETVYRK TGHGKSKHEV EAKDNTNKGP DVDMDNSNVD VVTPNSIFI

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分子 #4: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

分子名称: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: PNS
分子量理論値: 358.348 Da
Chemical component information

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

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分子 #5: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称
50.0 mMBisTris pH 6.5
50.0 mMPotassium acetate
10.0 mMMagnesium acetate
10.0 mMDithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 5441 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 132000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 856940
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1623

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 110597
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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