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- EMDB-45666: WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45666
タイトルWT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound
マップデータWT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound
試料
  • 複合体: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • RNA: x 1種
キーワード50S subunit / assembly intermediate / RNA-protein complex / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine2605 synthase / 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity ...23S rRNA pseudouridine2605 synthase / 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / : / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : ...Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / : / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / : / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / : / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / KOW motif / KOW / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.04 Å
データ登録者Lee J / Sheng K / Williamson JR
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136412 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053757 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 50S ribosome assembly intermediates at low temperature reveal bound RluB
著者: Lee J / Sheng K / Williamson JR / Gebert L
履歴
登録2024年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 336 pix.
= 386.4 Å		1.15 Å/pix.
x 336 pix.
= 386.4 Å		1.15 Å/pix.
x 336 pix.
= 386.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.37698114 - 1.2162967
平均 (標準偏差)-0.00025787394 (±0.058397323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 386.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

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ハーフマップ: WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound, half map B

ファイルemd_45666_half_map_1.map
注釈WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound, half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound, half map A

ファイルemd_45666_half_map_2.map
注釈WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound, half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate

全体名称: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate
要素
  • 複合体: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B
    • RNA: 23S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29

+
超分子 #1: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate

超分子名称: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW25113

+
分子 #1: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.144924 KDa
配列文字列:
EERLLKVLRA PHVSEKASTA MEKSNTIVLK VAKDATKAEI KAAVQKLFEV EVEVVNTLVV KGKVKRHGQR IGRRSDWKKA YVTLKEGQN L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 4.290116 KDa
配列文字列:
VLKRNRSHGF RARMATKNGR QVLARRRAKG RARLTVS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #5: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B

分子名称: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 23S rRNA pseudouridine2605 synthase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 32.01076 KDa
配列文字列: MSEKLQKVLA RAGHGSRREI ESIIEAGRVS VDGKIAKLGD RVEVTPGLKI RIDGHLISVR ESAEQICRVL AYYKPEGELC TRNDPEGRP TVFDRLPKLR GARWIAVGRL DVNTCGLLLF TTDGELANRL MHPSREVERE YAVRVFGQVD DAKLRDLSRG V QLEDGPAA ...文字列:
MSEKLQKVLA RAGHGSRREI ESIIEAGRVS VDGKIAKLGD RVEVTPGLKI RIDGHLISVR ESAEQICRVL AYYKPEGELC TRNDPEGRP TVFDRLPKLR GARWIAVGRL DVNTCGLLLF TTDGELANRL MHPSREVERE YAVRVFGQVD DAKLRDLSRG V QLEDGPAA FKTIKFSGGE GINQWYNVTL TEGRNREVRR LWEAVGVQVS RLIRVRYGDI PLPKGLPRGG WTELDLAQTN YL RELVELP PETSSKVAVE KDRRRMKANQ IRRAVKRHSQ VSGGRR

UniProtKB: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B

+
分子 #7: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 22.277535 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #11: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.078874 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.087256 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #6: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 6
詳細: Base U at position 2605 on 23S rRNA (Chain CA:1281) could also be PSU.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 941.625438 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAUGUCGAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCAAUC AAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACUGU UUCGGCAAGG GGGUCAUCC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACACG GCGGGUGCUA A CGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUGGGAA ACGAUGUGGG AA GGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCACUGG UCGAGUCGGC CUG CGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUUGG GUAGGGGAGC GUUC UGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUAA GUAACGAUAA AGCGG GUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUAA GGCGAG GCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG GGGACGGAGA AGGCUAU GU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AAAUCAAGGC UGAGGCGU G AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAUCAGGUAA CAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACACAGG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAAC UAGGCAAAAU GGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA GCUGAAAUCA GUCGAAGAUA C CAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AUACGGUGUG ACGCCUGCCC GG UGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCGG UAAACGGCGG CCGUAACUAU AAC GGUCCU AAGGUAGCGA AAUUCCUUGU CGGGUAAGUU CCGACCUGCA CGAAUGGCGU AAUGAUGGCC AGGCUGUCUC CACC CGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUGAAGAUG CAGUGUACCC GCGGCAAGAC GGAAAGACCC CGUGAACCUU UACUA UAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGAUGUGUA GGAUAGGUGG GAGGCUUUGA AGUGUGGACG CCAGUCUGCA UGGAGC CGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUUUGAUG UUCUAACGUU GACCCGUAAU CCGGGUUGCG GACAGUGUCU GGUGGGU AG UUUGACUGGG GCGGUCUCCU CCUAAAGAGU AACGGAGGAG CACGAAGGUU GGCUAAUCCU GGUCGGACAU CAGGAGGU U AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUUGACUGCG AGCGUGACGG CGCGAGCAGG UGCGAAAGCA GGUCAUAGUG AUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUCAACGGA UAAAAGGUAC UCCGGGGAUA ACAGGCUGAU ACCGCCCAAG AGUUCAUAUC GACGGCGGU GUUUGGCACC UCGAUGUCGG CUCAUCACAU CCUGGGGCUG AAGUAGGUCC CAAGGGUAUG GC(OMU)GUUC GC CAUUUAAAGU GGUACGCGAG CUGGGUUUAG AACGUCGUGA GACAGUUCGG UCCCUAUCUG CCGUGGGCGC UGGAGAAC U GAGGGGGGCU GCUCCUAGUA CGAGAGGACC GGAGUGGACG CAUCACUGGU GUUCGGGUUG UCAUGCCAAU GGCACUGCC CGGUAGCUAA AUGCGGAAGA GAUAAGUGCU GAAAGCAUCU AAGCACGAAA CUUGCCCCGA GAUGAGUUCU CCCUGACCCU UUAAGGGUC CUGAAGGAAC GUUGAAGACG ACGACGUUGA UAGGCCGGGU GUGUAAGCGC AGCGAUGCGU UGAGCUAACC G GUACUAAU GAACCGUGAG GCUUAACCUU

GENBANK: GENBANK: LN832404.1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris Hydrochloride
100.0 mMNH4ClAmmonium Chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic Acid
6.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol

詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 microliter of the sample was added..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
詳細In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data were acquired using tilts at -20 degrees.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction in CryoSPARC was used.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 22502
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Non-uniform Refinement of cryoSPARC was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4ybb

chain_id: CA, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: 2, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: Q, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: R, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: S, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: T, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: U, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: Y, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7-f1

chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
詳細The atomic model was fitted into a low resolution (5 angstrom) EM map; therefore the coordinates should only serve as a general visual representation and should not be looked into detail. Initial docking of the atomic model was done in ChimeraX. Coot and Phenix were used for real-space refinements. Geometry minimization in Phenix was used to improve the RNA atomic model.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 118.8
当てはまり具合の基準: Comprehensive validation (cryo-EM)
得られたモデル

PDB-9cl9:
WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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