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- EMDB-45510: The WIPI3:TSC lysosomal docking complex (consensus reconstruction) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45510
タイトルThe WIPI3:TSC lysosomal docking complex (consensus reconstruction)
マップデータConsensus reconstruction of WIPI3:TSC lysosomal docking complex.
試料
  • 複合体: TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex
キーワードTuberous sclerosis complex / tumour suppressor / GTPase-activating proteins (GAP) / TSC-mTORC pathway / ONCOPROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Bayly-Jones C / Lupton CJ / D'Andrea L / Ellisdon AM
資金援助 米国, オーストラリア, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-19-1-0182 米国
Australian Research Council (ARC)DE240100992 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)LE170100016 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structure of the human TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex.
著者: Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Laura D'Andrea / Yong-Gang Chang / Gareth D Jones / Joel R Steele / Hari Venugopal / Ralf B Schittenhelm / Michelle L Halls / Andrew M Ellisdon /
要旨: Tuberous sclerosis complex (TSC) is targeted to the lysosomal membrane, where it hydrolyzes RAS homolog-mTORC1 binding (RHEB) from its GTP-bound to GDP-bound state, inhibiting mechanistic target of ...Tuberous sclerosis complex (TSC) is targeted to the lysosomal membrane, where it hydrolyzes RAS homolog-mTORC1 binding (RHEB) from its GTP-bound to GDP-bound state, inhibiting mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1). Loss-of-function mutations in TSC cause TSC disease, marked by excessive tumor growth. Here, we overcome a high degree of continuous conformational heterogeneity to determine the 2.8-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the complete human TSC in complex with the lysosomal recruitment factor WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 3 (WIPI3). We discover a previously undetected amino-terminal TSC1 HEAT repeat dimer that clamps onto a single TSC wing and forms a phosphatidylinositol phosphate (PIP)-binding pocket, which specifically binds monophosphorylated PIPs. These structural advances provide a model by which WIPI3 and PIP-signaling networks coordinate to recruit TSC to the lysosomal membrane to inhibit mTORC1. The high-resolution TSC structure reveals previously unrecognized mutational hotspots and uncovers crucial insights into the mechanisms of TSC dysregulation in disease.
履歴
登録2024年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45510.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus reconstruction of WIPI3:TSC lysosomal docking complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 440 pix.
= 655.996 Å		1.49 Å/pix.
x 440 pix.
= 655.996 Å		1.49 Å/pix.
x 440 pix.
= 655.996 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4909 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.3990954 - 2.5240817
平均 (標準偏差)-0.0008272289 (±0.040323168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 655.99603 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map (A) of WIPI3:TSC lysosomal docking complex

ファイルemd_45510_half_map_1.map
注釈Half map (A) of WIPI3:TSC lysosomal docking complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (B) of WIPI3:TSC lysosomal docking complex

ファイルemd_45510_half_map_2.map
注釈Half map (B) of WIPI3:TSC lysosomal docking complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex

全体名称: TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex
要素
  • 複合体: TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex

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超分子 #1: TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex

超分子名称: TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 733 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid
250.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMDTTthreo-1,4-Dimercapto-2,3-butanediol

詳細: 20 mM HEPES (pH 7.6), 250 mM NaCl, 2 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12807 / 平均露光時間: 3.71 sec. / 平均電子線量: 46.54 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.01 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1176292 / 詳細: Template picking, blob picking, TOPAZ, crYOLO
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1), RELION (ver. 4.0))
最終 3次元分類平均メンバー数/クラス: 200000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

9815

chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

2574

chain_id: C, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

5ejc

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

9c9i

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 96.4
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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