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- EMDB-45453: Cryo-EM structure of the prepore-like EaCDCL short oligomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45453
タイトルCryo-EM structure of the prepore-like EaCDCL short oligomer
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: EaCDCL pore embedded in POPC liposome
    • タンパク質・ペプチド: Thiol-activated cytolysin family protein
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードpore-forming toxin / cholesterol-dependent cytolysin like / Elizabethkingia anophelis / MACPF / complement / TOXIN
機能・相同性Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / cholesterol binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / Thiol-activated cytolysin family protein
機能・相同性情報
生物種Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Johnstone BA / Christie MP / Morton CM / Brown HG / Hanssen E / Parker MW
資金援助 オーストラリア, 3件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP160101874 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP200102871 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1194263 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the pore-forming activity of a complement-like toxin.
著者: Bronte A Johnstone / Michelle P Christie / Riya Joseph / Craig J Morton / Hamish G Brown / Eric Hanssen / Tristan C Sanford / Hunter L Abrahamsen / Rodney K Tweten / Michael W Parker /
要旨: Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, ...Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, which all form gigantic pores (>150 angstroms). A recently found family of pore-forming toxins, called CDC-like proteins (CDCLs), are wide-spread in gut microbes and are a prevalent means of antibacterial antagonism. However, the structural aspects of how CDCLs assemble a pore remain a mystery. Here, we report the crystal structure of a proteolytically activated CDCL and cryo-electron microscopy structures of a prepore-like intermediate and a transmembrane pore providing detailed snapshots across the entire pore-forming pathway. These studies reveal a sophisticated array of regulatory features to ensure productive pore formation, and, thus, CDCLs straddle the MACPF, CDC, and gasdermin lineages of the giant pore superfamilies.
履歴
登録2024年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45453.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 512 pix.
= 675.84 Å		1.32 Å/pix.
x 512 pix.
= 675.84 Å		1.32 Å/pix.
x 512 pix.
= 675.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.62
最小 - 最大-3.0911393 - 5.6277256
平均 (標準偏差)-0.0064608045 (±0.10311733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 675.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45453_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw, unsharpened map

ファイルemd_45453_additional_1.map
注釈Raw, unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_45453_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_45453_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EaCDCL pore embedded in POPC liposome

全体名称: EaCDCL pore embedded in POPC liposome
要素
  • 複合体: EaCDCL pore embedded in POPC liposome
    • タンパク質・ペプチド: Thiol-activated cytolysin family protein
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: EaCDCL pore embedded in POPC liposome

超分子名称: EaCDCL pore embedded in POPC liposome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)

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分子 #1: Thiol-activated cytolysin family protein

分子名称: Thiol-activated cytolysin family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
分子量理論値: 39.494047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSHMRQDSEV NPLQVQNSSK VLNPNVTLPA NNLLYDEFFV SKESKLIEDS RNNKRKTSKI ASLNPYASTK AVLTTTSSTL TSDQIVVTV PQKTFIGGVY NSTTLDNLDY TPISYPLDPI TVSYSFPSDF IVDTIERPSL SSMRASVFKA MRAANFSGEQ S LAFDYNIK ...文字列:
GSHMRQDSEV NPLQVQNSSK VLNPNVTLPA NNLLYDEFFV SKESKLIEDS RNNKRKTSKI ASLNPYASTK AVLTTTSSTL TSDQIVVTV PQKTFIGGVY NSTTLDNLDY TPISYPLDPI TVSYSFPSDF IVDTIERPSL SSMRASVFKA MRAANFSGEQ S LAFDYNIK QFSYYSELKI AFGSNVNIGK IFSIDISGSN NKIKRTTGVF AKFTQKNFTI DMDLPADGNI FKNNSDLALT NG KNPVYIS SVTYGRLGII SIESNASYNE VNFALKAALT AGIVNGSLNI DSNSKKILEE SDLSVYLVGG RGTDAVQVIK GFA GFSNFI VNGGQFTPEA PGVPIYFSAS HASDNSVYYT TFTIDK

UniProtKB: Thiol-activated cytolysin family protein

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: HBS pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Proteoliposome sample. Act-EaCDCLL + act-EaCDCLS (1:2 molar ratio) were added to liposomes to yield a final sample with a liposome concentration of 3.95 mM and a 1:500 protein:lipid molar ratio. Sample was incubated at 37 degrees for 15 - 20 min before applying to grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15971 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 559234
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C30 (30回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91117
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8g32


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9ccq:
Cryo-EM structure of the prepore-like EaCDCL short oligomer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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