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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Tomograms of isolated synaptic vesicles from Syp-/- mouse brain | |||||||||
![]() | tomogram of Syp-/- isolated synaptic vesicles | |||||||||
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![]() | V-ATPase / synaptic vesicle / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Wang C / Jiang W / Yang K / Wang X / Guo Q / Brunger AT | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and topography of the synaptic V-ATPase-synaptophysin complex. 著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang / ...著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang / Michael H B Stowell / Wolfgang Baumeister / Qiang Guo / Axel T Brunger / ![]() ![]() ![]() 要旨: Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here, we discovered a ...Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here, we discovered a well-defined interface between the synaptic vesicle V-ATPase and synaptophysin by in situ cryo-electron tomography and single particle cryo-electron microscopy of functional synaptic vesicles isolated from mouse brains. The synaptic vesicle V-ATPase is an ATP-dependent proton pump that establishes the protein gradient across the synaptic vesicle, which in turn drives the uptake of neurotransmitters. Synaptophysin and its paralogs synaptoporin and synaptogyrin belong to a family of abundant synaptic vesicle proteins whose function is still unclear. We performed structural and functional studies of synaptophysin knockout mice, confirming the identity of synaptophysin as an interaction partner with the V-ATPase. Although there is little change in the conformation of the V-ATPase upon interaction with synaptophysin, the presence of synaptophysin in synaptic vesicles profoundly affects the copy number of V-ATPases. This effect on the topography of synaptic vesicles suggests that synaptophysin assists in their biogenesis. In support of this model, we observed that synaptophysin knockout mice exhibit severe seizure susceptibility, suggesting an imbalance of neurotransmitter release as a physiological consequence of the absence of synaptophysin. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 242.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 30.6 KB 30.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 165.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 242.3 MB 242.2 MB 242.2 MB 242.2 MB 242.3 MB 242.4 MB 242.3 MB 242.2 MB 242.2 MB 242.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 542.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 542 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | tomogram of Syp-/- isolated synaptic vesicles | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.888 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+追加マップ: tomogram of Syp-/- isolated synaptic vesicles
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+追加マップ: tomogram of Syp-/- isolated synaptic vesicles
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試料の構成要素
-全体 : Mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles
全体 | 名称: Mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles
超分子 | 名称: Mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | The specimen state should be an intact subcellular component. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 41 |
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-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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