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- EMDB-44845: V0-only V-ATPase in synaptophysin gene knock-out mouse brain isol... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44845
タイトルV0-only V-ATPase in synaptophysin gene knock-out mouse brain isolated synaptic vesicles
マップデータFull map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d 1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease kappa
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor cytoplasmic fragment
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 2
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
キーワードV0only V-ATPase / synaptic vesicle (シナプス小胞) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / Transferrin endocytosis and recycling / ヒトの虹彩の色 / Insulin receptor recycling / central nervous system maturation / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / RHOA GTPase cycle / rostrocaudal neural tube patterning ...Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / Transferrin endocytosis and recycling / ヒトの虹彩の色 / Insulin receptor recycling / central nervous system maturation / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / RHOA GTPase cycle / rostrocaudal neural tube patterning / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / P-type proton-exporting transporter activity / ROS and RNS production in phagocytes / intracellular organelle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / osteoclast development / ATPase activator activity / autophagosome membrane / regulation of MAPK cascade / transmembrane transporter complex / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / angiotensin maturation / regulation of macroautophagy / 細胞内膜系 / axon terminus / proton transmembrane transport / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / メラノソーム / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / シナプス小胞 / signaling receptor activity / cell body / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / エンドソーム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome membrane / エンドソーム / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / 神経繊維 / external side of plasma membrane / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / protein-containing complex / extracellular space / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / V-type proton ATPase subunit e 2 / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang C / Jiang W / Yang K / Wang X / Guo Q / Brunger AT
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1MH63105 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structure and topography of the synaptic V-ATPase-synaptophysin complex.
著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang / ...著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang / Michael H B Stowell / Wolfgang Baumeister / Qiang Guo / Axel T Brunger /
要旨: Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here, we discovered a ...Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here, we discovered a well-defined interface between the synaptic vesicle V-ATPase and synaptophysin by in situ cryo-electron tomography and single particle cryo-electron microscopy of functional synaptic vesicles isolated from mouse brains. The synaptic vesicle V-ATPase is an ATP-dependent proton pump that establishes the protein gradient across the synaptic vesicle, which in turn drives the uptake of neurotransmitters. Synaptophysin and its paralogs synaptoporin and synaptogyrin belong to a family of abundant synaptic vesicle proteins whose function is still unclear. We performed structural and functional studies of synaptophysin knockout mice, confirming the identity of synaptophysin as an interaction partner with the V-ATPase. Although there is little change in the conformation of the V-ATPase upon interaction with synaptophysin, the presence of synaptophysin in synaptic vesicles profoundly affects the copy number of V-ATPases. This effect on the topography of synaptic vesicles suggests that synaptophysin assists in their biogenesis. In support of this model, we observed that synaptophysin knockout mice exhibit severe seizure susceptibility, suggesting an imbalance of neurotransmitter release as a physiological consequence of the absence of synaptophysin.
履歴
登録2024年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44845.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44845.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
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x 288 pix.
= 318.643 Å		1.11 Å/pix.
x 288 pix.
= 318.643 Å		1.11 Å/pix.
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= 318.643 Å

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対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 318.6432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: EMhancer full map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.

ファイルemd_44845_additional_1.map
注釈EMhancer full map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
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追加マップ: Unsharpened map

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注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Half map B of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.

ファイルemd_44845_half_map_1.map
注釈Half map B of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Half map A of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.

ファイルemd_44845_half_map_2.map
注釈Half map A of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic syn...

全体名称: Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d 1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease kappa
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor cytoplasmic fragment
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 2
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose

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超分子 #1: Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic syn...

超分子名称: Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: V-type proton ATPase subunit S1

分子名称: V-type proton ATPase subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: V-type proton ATPase subunit S1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 51.046215 KDa
配列文字列: MMAATVVSRI RTGTGRAPVM WLSLSLVAVA AAVATEQQVP LVLWSSDRNL WAPVADTHEG HITSDMQLST YLDPALELGP RNVLLFLQD KLSIEDFTAY GGVFGNKQDS AFSNLENALD LAPSSLVLPA VDWYAISTLT TYLQEKLGAS PLHVDLATLK E LKLNASLP ...文字列:
MMAATVVSRI RTGTGRAPVM WLSLSLVAVA AAVATEQQVP LVLWSSDRNL WAPVADTHEG HITSDMQLST YLDPALELGP RNVLLFLQD KLSIEDFTAY GGVFGNKQDS AFSNLENALD LAPSSLVLPA VDWYAISTLT TYLQEKLGAS PLHVDLATLK E LKLNASLP ALLLIRLPYT ASSGLMAPRE VLTGNDEVIG QVLSTLKSED VPYTAALTAV RPSRVARDIT MVAGGLGRQL LQ TQVASPA IHPPVSYNDT APRILFWAQN FSVAYKDEWK DLTSLTFGVE NLNLTGSFWN DSFAMLSLTY EPLFGATVTF KFI LASRFY PVSARYWFAM ERLEIHSNGS VAHFNVSQVT GPSIYSFHCE YVSSVSKKGN LLVTNVPSVW QMTLHNFQIQ AFNV TGEQF SYASDCAGFF SPGIWMGLLT TLFMLFIFTY GLHMILSLKT MDRFDDHKGP TITLTQIV

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit S1

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分子 #2: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''

分子名称: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 21.618553 KDa
配列文字列: MTGLELLYLG IFVAFWACMV VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATEPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ ...文字列:
MTGLELLYLG IFVAFWACMV VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATEPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ NPSLFVKILI VEIFGSAIGL FGVIVAILQT SRVKMGD

UniProtKB: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''

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分子 #3: V-type proton ATPase subunit d 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit d 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: V-type proton ATPase subunit d 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 40.341934 KDa
配列文字列: MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDKLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI ...文字列:
MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDKLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI SEQDLDEMNI EIIRNTLYKA YLESFYKFCT LLGGTTADAM CPILEFEADR RAFIITINSF GTELSKEDRA KL FPHCGRL YPEGLAQLAR ADDYEQVKNV ADYYPEYKLL FEGAGSNPGD KTLEDRFFEH EVKLNKLAFL NQFHFGVFYA FVK LKEQEC RNIVWIAECI AQRHRAKIDN YIPIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d 1

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分子 #4: Ribonuclease kappa

分子名称: Ribonuclease kappa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Ribonuclease kappa / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.000004 KDa
配列文字列:
MASLLCCGPK LAACGIVLSA WGVIMLIMLG IFFNVHSAVL IEDVPFTEKD FENGPQNIYN LYEQVSYNCF IAAGLYLLLG GFSFCQVRL NKRKEYMVR

UniProtKB: Ribonuclease kappa

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分子 #5: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

分子名称: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.815833 KDa
配列文字列:
MADIKNNPEY SSFFGVMGAS SAMVFSAMGA AYGTAKSGTG IAAMSVMRPE LIMKSIIPVV MAGIIAIYGL VVAVLIANSL TDGITLYRS FLQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GTAQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LILSTK

UniProtKB: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

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分子 #6: Renin receptor cytoplasmic fragment

分子名称: Renin receptor cytoplasmic fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Renin receptor / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.751381 KDa
配列文字列: WPGLAVGNLF HRPRATIMVM VKGVDKLALP AGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLS VTLRQLRNRL FQENSLLNSL PLNSLSRNNE VDLLFLSELQ VLHDISSLLS RHKHLAKDHS PDLYSLELAG L DELGKRYG ...文字列:
WPGLAVGNLF HRPRATIMVM VKGVDKLALP AGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLS VTLRQLRNRL FQENSLLNSL PLNSLSRNNE VDLLFLSELQ VLHDISSLLS RHKHLAKDHS PDLYSLELAG L DELGKRYG EDSEQFRDAS KILVDALQKF ADDMYSLYGG NAVVELVTVK SFDTSLVRKS RTILEAKQEN TQSPYNLAYK YN LEYSVVF NLVLWIMIGL ALAVIITSYN IWNMDPGYDS IIYRMTNQKI RID

UniProtKB: Renin receptor

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分子 #7: V-type proton ATPase subunit e 2

分子名称: V-type proton ATPase subunit e 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: V-type proton ATPase subunit e 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.20302 KDa
配列文字列:
MTAHSFALPV IIFTTFWGLI GIAGPWFVPK GPNRGVIITM LVATAVCCYL FWLIAILAQL NPLFGPQLKN ETIWYVRFLW E

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e 2

+
分子 #8: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1

分子名称: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 96.4425 KDa
配列文字列: MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEAELHHQQM ADPDLLEESS S LLEPNEMG ...文字列:
MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEAELHHQQM ADPDLLEESS S LLEPNEMG RGAPLRLGFV AGVINRERIP TFERMLWRVC RGNVFLRQAE IENPLEDPVT GDYVHKSVFI IFFQGDQLKN RV KKICEGF RASLYPCPET PQERKEMASG VNTRIDDLQM VLNQTEDHRQ RVLQAAAKNI RVWFIKVRKM KAIYHTLNLC NID VTQKCL IAEVWCPVTD LDSIQFALRR GTEHSGSTVP SILNRMQTNQ TPPTYNKTNK FTHGFQNIVD AYGIGTYREI NPAP YTVIT FPFLFAVMFG DFGHGILMTL FAVWMVLRES RILSQKHENE MFSMVFSGRY IILLMGLFSI YTGLIYNDCF SKSLN IFGS SWSVRPMFTQ GNWTEETLLG SSVLQLNPAI PGVFGGPYPF GIDPIWNIAT NKLTFLNSFK MKMSVILGII HMLFGV SLS LFNHIYFKKP LNIYFGFIPE IIFMSSLFGY LVILIFYKWT AYDAHSSRNA PSLLIHFINM FLFSYPESGN AMLYSGQ KG IQCFLIVVAM LCVPWMLLFK PLILRHQYLR KKHLGTLNFG GIRVGNGPTE EDAEIIQHDQ LSTHSEDAEE FDFGDTMV H QAIHTIEYCL GCISNTASYL RLWALSLAHA QLSEVLWTMV IHIGLHVRSL AGGLGLFFIF AAFATLTVAI LLIMEGLSA FLHALRLHWV EFQNKFYTGT GFKFLPFSFE HIREGKFD

UniProtKB: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #12: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス / マンノース

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The specimen state should be an intact subcellular component.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53390

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原子モデル構築 1

詳細The initial model is the model of wild-type V0-only V-ATPase. For fitting and refinement details, see https://doi.org/10.1038/s41586-024-07610-x.
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9bry:
V0-only V-ATPase in synaptophysin gene knock-out mouse brain isolated synaptic vesicles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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