EMDB-44822: WT 12C IM50S fraction, E-b1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-44822

タイトル

WT 12C IM50S fraction, E-b1

マップデータ

WT 12C IM50S fraction, E-b1

試料

複合体: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate

キーワード

50S subunit / assembly intermediate / RNA-protein complex / ribosome

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.65 Å

データ登録者

Lee J / Sheng K / Williamson JR

資金援助

米国, 2件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM136412	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM053757	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 50S ribosome assembly intermediates at low temperature reveal bound RluB
著者: Lee J / Sheng K / Williamson JR / Gebert L

履歴

登録	2024年5月10日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年7月24日	-
マップ公開	2024年7月24日	-
更新	2024年7月24日	-
現状	2024年7月24日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_44822.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_44822.map.gz	136.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-44822-v30.xml emd-44822.xml	14.8 KB 14.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_44822_fsc.xml	11.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_44822.png	76.7 KB
Filedesc metadata	emd-44822.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_44822_half_map_1.map.gz emd_44822_half_map_2.map.gz	134.1 MB 134.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44822	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_44822_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_44822_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_44822_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	emd_44822_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44822	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44798C 44801C 44802C 44803C 44804C 44805C 44806C 44808C 44809C 44810C 44811C 44813C 44814C 44815C 44816C 44817C 44818C 44819C 44820C 44821C 44823C 44824C 44826C 44827C 44829C 44830C 44831C 44834C 45471C 45666C 9cl9C C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_44822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

WT 12C IM50S fraction, E-b1

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.15 Å/pix. x 336 pix. = 386.4 Å	1.15 Å/pix. x 336 pix. = 386.4 Å	1.15 Å/pix. x 336 pix. = 386.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.15 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.28
最小 - 最大	-0.3426727 - 0.9752468
平均 (標準偏差)	-0.0023972145 (±0.0692019)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: WT 12C IM50S fraction, E-b1, half map A

ファイル

emd_44822_half_map_1.map

注釈

WT 12C IM50S fraction, E-b1, half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: WT 12C IM50S fraction, E-b1, half map B

ファイル

emd_44822_half_map_2.map

注釈

WT 12C IM50S fraction, E-b1, half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate

全体	名称: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate
要素	複合体: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate

-
超分子 #1: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate

超分子	名称: WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW25113

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	式	名称
50.0 mM	C₄H₁₁NO₃	Tris Hydrochloride
100.0 mM	NH₄Cl	Ammonium Chloride
10.0 mM	MgCl₂	Magnesium Chloride
0.5 mM	C₁₀H₁₆N₂O₈	Ethylenediaminetetraacetic Acid
6.0 mM	C₂H₆OS	Beta-mercaptoethanol

詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration.

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 microliter of the sample was added..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
詳細	In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data were acquired using tilts at -20 degrees.
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction in CryoSPARC was used.
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 3036
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Non-uniform Refinement of cryoSPARC was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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