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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Icosahedral T=4 cage of PP7-AY-PP7: Pseudomonas phage PP7 coat protein dimer | |||||||||
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![]() | VLP / PP7 / coat protein dimer / cage / C2 symmetry / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
![]() | Kopylov M / Hernandez C / Bobe D / Keshavarz-Joud P / Finn MG | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Pleomorphism in wild-type and engineered PP7 virus-like particles 著者: Keshavarz-Joud P / Kopylov M / Zhao L / Hernandez C / Bobe D / Paraan M / Finn MG | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 483.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 134.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half b
ファイル | emd_44788_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half b | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half a
ファイル | emd_44788_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half a | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Icosahedral T=4 cage self-assembly of PP7-AY-PP7 coat protein dim...
全体 | 名称: Icosahedral T=4 cage self-assembly of PP7-AY-PP7 coat protein dimer of PP7 bacteriophage protein expressed in E.coli |
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要素 |
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-超分子 #1: Icosahedral T=4 cage self-assembly of PP7-AY-PP7 coat protein dim...
超分子 | 名称: Icosahedral T=4 cage self-assembly of PP7-AY-PP7 coat protein dimer of PP7 bacteriophage protein expressed in E.coli タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 0.1 M / 構成要素 - 名称: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |