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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4435 | ||||||||||||
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タイトル | Portal and tail of native bacteriophage P68 | ||||||||||||
マップデータ | C12 symmetrized portal and tail of native P68 virion. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | structural proteins / bacteriophage portal / bacteriophage tail / native complex / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Phage 5-bladed beta propeller receptor binding platform domain / Portal protein Gp10 / Phage Connector (GP10) / Portal protein Gp10 superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||
生物種 | Staphylococcus phage P68 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hrebik D / Skubnik K | ||||||||||||
資金援助 | チェコ, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019 タイトル: Structure and genome ejection mechanism of phage P68. 著者: Dominik Hrebík / Dana Štveráková / Karel Škubník / Tibor Füzik / Roman Pantůček / Pavel Plevka / 要旨: Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect ...Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect Gram-positive bacteria. Here, we present the structures of native phage P68, genome ejection intermediate, and empty particle. The P68 head contains 72 subunits of inner core protein, 15 of which bind to and alter the structure of adjacent major capsid proteins and thus specify attachment sites for head fibers. Unlike in the previously studied phages, the head fibers of P68 enable its virion to position itself at the cell surface for genome delivery. The unique interaction of one end of P68 DNA with one of the 12 portal protein subunits is disrupted before the genome ejection. The inner core proteins are released together with the DNA and enable the translocation of phage genome across the bacterial membrane into the cytoplasm. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4435.map.gz | 18.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4435-v30.xml emd-4435.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4435_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4435.png | 165.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4435.cif.gz | 7.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4435 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4435 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4435_validation.pdf.gz | 271 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4435_full_validation.pdf.gz | 270.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4435_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4435 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4435 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6iacMC 4436C 4437C 4438C 4440C 4442C 4449C 4450C 4451C 4453C 4454C 4455C 4456C 4457C 4458C 4459C 6iabC 6iatC 6iawC 6ib1C 6q3gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C12 symmetrized portal and tail of native P68 virion. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Staphylococcus phage P68
+超分子 #1: Staphylococcus phage P68
+超分子 #2: Portal protein complex in native virion
+超分子 #3: Lower collar protein
+超分子 #4: Portal protein
+超分子 #5: Inner core protein
+超分子 #6: Tail fiber protein
+分子 #1: Portal protein
+分子 #2: Lower collar protein
+分子 #3: Minor structural protein
+分子 #4: inner core protein
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 2s; blot force -2; 3.6 ul of sample. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2891 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.003 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.001 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6iac: |