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- EMDB-44141: Cryo-EM structure of yeast (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114-RanGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44141
タイトルCryo-EM structure of yeast (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114-RanGTP
マップデータComposite map.
試料
  • 複合体: Complex of Kap114 bound to Ran GTPase Gsp1, H2A-H2B and Nap1
    • タンパク質・ペプチド: KAP114 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein
    • タンパク質・ペプチド: NAP1 isoform 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードHistone / Chaperone / Import / Nucleosome Assembly / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性: / : / : / : / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Fung HYJ / Jiou J / Chook YM
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141461 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM069909 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008203 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP220582 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2025
タイトル: Nap1 and Kap114 co-chaperone H2A-H2B and facilitate targeted histone release in the nucleus.
著者: Ho Yee Joyce Fung / Jenny Jiou / Ashley B Niesman / Natalia E Bernardes / Yuh Min Chook /
要旨: Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast ...Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast nucleus, where RanGTP facilitates histone release. Kap114 and H2A-H2B also bind the histone chaperone Nap1, but how Nap1 and Kap114 cooperate in transport and nucleosome assembly remains unclear. Here, biochemical and structural analyses show that Kap114, H2A-H2B, and a Nap1 dimer (Nap12) associate in the absence and presence of RanGTP to form equimolar complexes. A previous study had shown that RanGTP reduces Kap114's ability to chaperone H2A-H2B, but a new cryo-EM structure of the Nap12•H2A-H2B•Kap114•RanGTP complex explains how both Kap114 and Nap12 interact with H2A-H2B, restoring its chaperoning within the assembly while effectively depositing it into nucleosomes. Together, our results suggest that Kap114 and Nap12 provide a sheltered path that facilitates the transfer of H2A-H2B from Kap114 to Nap12, ultimately directing its specific deposition into nucleosomes.
履歴
登録2024年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44141.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 527.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 517 pix.
= 381.546 Å		0.74 Å/pix.
x 517 pix.
= 381.546 Å		0.74 Å/pix.
x 517 pix.
= 381.546 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.738 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.03740375 - 0.700464
平均 (標準偏差)0.00036833077 (±0.0054988614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-2-2-2
サイズ517517517
Spacing517517517
セルA=B=C: 381.546 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Kap114 bound to Ran GTPase Gsp1, H2A-H2B and Nap1

全体名称: Complex of Kap114 bound to Ran GTPase Gsp1, H2A-H2B and Nap1
要素
  • 複合体: Complex of Kap114 bound to Ran GTPase Gsp1, H2A-H2B and Nap1
    • タンパク質・ペプチド: KAP114 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein
    • タンパク質・ペプチド: NAP1 isoform 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Complex of Kap114 bound to Ran GTPase Gsp1, H2A-H2B and Nap1

超分子名称: Complex of Kap114 bound to Ran GTPase Gsp1, H2A-H2B and Nap1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: Complex was formed and dialyzed overnight, then mildly crosslinked and separated by size-exclusion chromatography.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: KAP114 isoform 1

分子名称: KAP114 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 114.833539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSPNSRVDMD INELIIGAQS ADKHTREVAE TQLLQWCDSD ASQVFKALAN VALQHEASLE SRQFALLSLR KLITMYWSPG FESYRSTSN VEIDVKDFIR EVLLKLCLND NENTKIKNGA SYCIVQISAV DFPDQWPQLL TVIYDAISHQ HSLNAMSLLN E IYDDVVSE ...文字列:
GSPNSRVDMD INELIIGAQS ADKHTREVAE TQLLQWCDSD ASQVFKALAN VALQHEASLE SRQFALLSLR KLITMYWSPG FESYRSTSN VEIDVKDFIR EVLLKLCLND NENTKIKNGA SYCIVQISAV DFPDQWPQLL TVIYDAISHQ HSLNAMSLLN E IYDDVVSE EMFFEGGIGL ATMEIVFKVL NTETSTLIAK IAALKLLKAC LLQMSSHNEY DEASRKSFVS QCLATSLQIL GQ LLTLNFG NVDVISQLKF KSIIYENLVF IKNDFSRKHF SSELQKQFKI MAIQDLENVT HINANVETTE SEPLLETVHD CSI YIVEFL TSVCTLQFSV EEMNKIITSL TILCQLSSET REIWTSDFNT FVSKETGLAA SYNVRDQANE FFTSLPNPQL SLIF KVVSN DIEHSTCNYS TLESLLYLLQ CILLNDDEIT GENIDQSLQI LIKTLENILV SQEIPELILA RAILTIPRVL DKFID ALPD IKPLTSAFLA KSLNLALKSD KELIKSATLI AFTYYCYFAE LDSVLGPEVC SETQEKVIRI INQVSSDAEE DTNGAL MEV LSQVISYNPK EPHSRKEILQ AEFHLVFTIS SEDPANVQVV VQSQECLEKL LDNINMDNYK NYIELCLPSF INVLDSN NA NNYRYSPLLS LVLEFITVFL KKKPNDGFLP DEINQYLFEP LAKVLAFSTE DETLQLATEA FSYLIFNTDT RAMEPRLM D IMKVLERLLS LEVSDSAAMN VGPLVVAIFT RFSKEIQPLI GRILEAVVVR LIKTQNISTE QNLLSVLCFL TCNDPKQTV DFLSSFQIDN TDALTLVMRK WIEAFEVIRG EKRIKENIVA LSNLFFLNDK RLQKVVVNGN LIPYEGDLII TRSMAKKMPD RYVQVPLYT KIIKLFVSEL SFQSKQPNPE QLITSDIKQE VVNANKDDDN DDWEDVDDVL DYDKLKEYID DDVDEEADDD S DDITGLMD VKESVVQLLV RFFKEVASKD VSGFHCIYET LSDSERKVLS EALL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H4BZV8

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分子 #2: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.88198 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGGKGGKAGS AAKASQSRSA KAGLTFPVGR VHRLLRRGNY AQRIGSGAPV YLTAVLEYLA AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDDELNKLLG NVTIAQGGVL PNIHQNLLPK KSAKTAKASQ EL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q402

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分子 #3: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.133145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SSAAEKKPAS KAPAEKKPAA KKTSTSVDGK KRSKVRKETY SSYIYKVLKQ THPDTGISQK SMSILNSFVN DIFERIATEA SKLAAYNKK STISAREIQT AVRLILPGEL AKHAVSEGTR AVTKYSSSTQ A

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q1U6

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分子 #4: GTP-binding nuclear protein

分子名称: GTP-binding nuclear protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.28352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MASAPAANGE VPTFKLVLVG DGGTGKTTFV KRHLTGEFEK KYIATIGVEV HPLSFYTNFG EIKFDVWDTA GLEKFGGLRD GYYINAQCA IIMFDVTSRI TYKNVPNWHR DLVRVCENIP IVLCGNKVDV KERKVKAKTI TFHRKKNLQY YDISAKSNYN F EKPFLWLA RKLAGNPQLE FVENLYFQ

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PUD0

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分子 #5: NAP1 isoform 1

分子名称: NAP1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 48.035375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMGTDPIRT KPKSSMQIDN APTPHNTPAS VLNPSYLKNG NPVRAQAQEQ DDKIGTINEE DILANQPLLL QSIQDRLGSL VGQDSGYVG GLPKNVKEKL LSLKTLQSEL FEVEKEFQVE MFELENKFLQ KYKPIWEQRS RIISGQEQPK PEQIAKGQEI V ESLNETEL ...文字列:
GSMGTDPIRT KPKSSMQIDN APTPHNTPAS VLNPSYLKNG NPVRAQAQEQ DDKIGTINEE DILANQPLLL QSIQDRLGSL VGQDSGYVG GLPKNVKEKL LSLKTLQSEL FEVEKEFQVE MFELENKFLQ KYKPIWEQRS RIISGQEQPK PEQIAKGQEI V ESLNETEL LVDEEEKAQN DSEEEQVKGI PSFWLTALEN LPIVADTITD RDAEVLEYLQ DIGLEYLTDG RPGFKLLFRF DS SANPFFT NDILAKTYFY QKELGYSGDF IYDHAEGAEI SWKDNAHNVT VDLEMRKQRN KTTKQVRTIE KITPIESFFN FFD PPKIQN EDQDEELEED LEERLALDYS IGEQLKDKLI PRAVDWFTGA ALEFEFEEDE EEADEDEDEE DDDDHGLEDD DGES AEEQD DFAGRPEQAP ECKQS

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H4BY55

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
2.0 mMTCEP
0.003125 %Tyloxapol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Crosslinked sample.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9331 / 平均露光時間: 3.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1381753 / 詳細: Blob picker then followed by Topaz picking.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio reconstruction.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Composite map was generated by first applying vop multiply to the particle subtraction mask and the consensus volume (covering Kap114 and RanGTP), then composited with locally refined region ...詳細: Composite map was generated by first applying vop multiply to the particle subtraction mask and the consensus volume (covering Kap114 and RanGTP), then composited with locally refined region for the Nap1 and Histone region by vop maximum in Chimera X.
使用した粒子像数: 133516
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8f1e

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelFor Kap114 and RanGTP.

9b3f

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelFor Nap1, histone and C-terminal end of Kap114.
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9b3i:
Cryo-EM structure of yeast (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114-RanGTP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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