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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114 | ||||||||||||||||||
![]() | Composite map of consensus and locally refined map of Nap1 and histone region. | ||||||||||||||||||
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![]() | Histone / Chaperone / Import / Nucleosome Assembly / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / : / : / : ![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Jiou J / Fung HYJ / Chook YM | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nap1 and Kap114 co-chaperone H2A-H2B and facilitate targeted histone release in the nucleus. 著者: Ho Yee Joyce Fung / Jenny Jiou / Ashley B Niesman / Natalia E Bernardes / Yuh Min Chook / ![]() 要旨: Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast ...Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast nucleus, where RanGTP facilitates histone release. Kap114 and H2A-H2B also bind the histone chaperone Nap1, but how Nap1 and Kap114 cooperate in transport and nucleosome assembly remains unclear. Here, biochemical and structural analyses show that Kap114, H2A-H2B, and a Nap1 dimer (Nap12) associate in the absence and presence of RanGTP to form equimolar complexes. A previous study had shown that RanGTP reduces Kap114's ability to chaperone H2A-H2B, but a new cryo-EM structure of the Nap12•H2A-H2B•Kap114•RanGTP complex explains how both Kap114 and Nap12 interact with H2A-H2B, restoring its chaperoning within the assembly while effectively depositing it into nucleosomes. Together, our results suggest that Kap114 and Nap12 provide a sheltered path that facilitates the transfer of H2A-H2B from Kap114 to Nap12, ultimately directing its specific deposition into nucleosomes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 48.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 349.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 348.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of consensus and locally refined map of Nap1 and histone region. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Crosslinked mixture of Kap114 with Nap1 and H2A-H2B
全体 | 名称: Crosslinked mixture of Kap114 with Nap1 and H2A-H2B |
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要素 |
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-超分子 #1: Crosslinked mixture of Kap114 with Nap1 and H2A-H2B
超分子 | 名称: Crosslinked mixture of Kap114 with Nap1 and H2A-H2B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Nap1 and H2A-H2B were pre-complexed with excess histones, and Kap114 was added before mild crosslinking and SEC separation. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 72 KDa |
-分子 #1: NAP1 isoform 1
分子 | 名称: NAP1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 36.182355 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLGSLVGQDS GYVGGLPKNV KEKLLSLKTL QSELFEVEKE FQVEMFELEN KFLQKYKPIW EQRSRIISG QEQPKPEQIA KGQEIVESLN ETELLVDEEE KAQNDSEEEQ VKGIPSFWLT ALENLPIVCD TITDRDAEVL E YLQDIGLE ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLGSLVGQDS GYVGGLPKNV KEKLLSLKTL QSELFEVEKE FQVEMFELEN KFLQKYKPIW EQRSRIISG QEQPKPEQIA KGQEIVESLN ETELLVDEEE KAQNDSEEEQ VKGIPSFWLT ALENLPIVCD TITDRDAEVL E YLQDIGLE YLTDGRPGFK LLFRFDSSAN PFFTNDILCK TYFYQKELGY SGDFIYDHAE GCEISWKDNA HNVTVDLEMR KQ RNKTTKQ VRTIEKITPI ESFFNFFDPP KIQNEDQDEE LEEDLEERLA LDYSIGEQLK DKLIPRAVDW FTGAAL UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H4BY55 |
-分子 #2: KAP114 isoform 1
分子 | 名称: KAP114 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 114.220867 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GGSMDINELI IGAQSADKHT REVAETQLLQ WCDSDASQVF KALANVALQH EASLESRQFA LLSLRKLITM YWSPGFESYR STSNVEIDV KDFIREVLLK LCLNDNENTK IKNGASYCIV QISAVDFPDQ WPQLLTVIYD AISHQHSLNA MSLLNEIYDD V VSEEMFFE ...文字列: GGSMDINELI IGAQSADKHT REVAETQLLQ WCDSDASQVF KALANVALQH EASLESRQFA LLSLRKLITM YWSPGFESYR STSNVEIDV KDFIREVLLK LCLNDNENTK IKNGASYCIV QISAVDFPDQ WPQLLTVIYD AISHQHSLNA MSLLNEIYDD V VSEEMFFE GGIGLATMEI VFKVLNTETS TLIAKIAALK LLKACLLQMS SHNEYDEASR KSFVSQCLAT SLQILGQLLT LN FGNVDVI SQLKFKSIIY ENLVFIKNDF SRKHFSSELQ KQFKIMAIQD LENVTHINAN VETTESEPLL ETVHDCSIYI VEF LTSVCT LQFSVEEMNK IITSLTILCQ LSSETREIWT SDFNTFVSKE TGLAASYNVR DQANEFFTSL PNPQLSLIFK VVSN DIEHS TCNYSTLESL LYLLQCILLN DDEITGENID QSLQILIKTL ENILVSQEIP ELILARAILT IPRVLDKFID ALPDI KPLT SAFLAKSLNL ALKSDKELIK SATLIAFTYY CYFAELDSVL GPEVCSETQE KVIRIINQVS SDAEEDTNGA LMEVLS QVI SYNPKEPHSR KEILQAEFHL VFTISSEDPA NVQVVVQSQE CLEKLLDNIN MDNYKNYIEL CLPSFINVLD SNNANNY RY SPLLSLVLEF ITVFLKKKPN DGFLPDEINQ YLFEPLAKVL AFSTEDETLQ LATEAFSYLI FNTDTRAMEP RLMDIMKV L ERLLSLEVSD SAAMNVGPLV VAIFTRFSKE IQPLIGRILE AVVVRLIKTQ NISTEQNLLS VLCFLTCNDP KQTVDFLSS FQIDNTDALT LVMRKWIEAF EVIRGEKRIK ENIVALSNLF FLNDKRLQKV VVNGNLIPYE GDLIITRSMA KKMPDRYVQV PLYTKIIKL FVSELSFQSK QPNPEQLITS DIKQEVVNAN KDDDNDDWED VDDVLDYDKL KEYIDDDVDE EADDDSDDIT G LMDVKESV VQLLVRFFKE VASKDVSGFH CIYETLSDSE RKVLSEALL UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H4BZV8 |
-分子 #3: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.88198 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SGGKGGKAGS AAKASQSRSA KAGLTFPVGR VHRLLRRGNY AQRIGSGAPV YLTAVLEYLA AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDDELNKLLG NVTIAQGGVL PNIHQNLLPK KSAKTAKASQ EL UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q402 |
-分子 #4: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.133145 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SSAAEKKPAS KAPAEKKPAA KKTSTSVDGK KRSKVRKETY SSYIYKVLKQ THPDTGISQK SMSILNSFVN DIFERIATEA SKLAAYNKK STISAREIQT AVRLILPGEL AKHAVSEGTR AVTKYSSSTQ A UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q1U6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | Crosslinked sample. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1080 / 平均露光時間: 5.4 sec. / 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||
得られたモデル | ![]() PDB-9b3f: |